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Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Content with Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Content with Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features.
Mateos-Martínez, P., Coronel, R., Sachse, M., González-Sastre, R., Maeso, L., Rodriguez, M.J., Terron, M.C., López Alonso, V.*, Liste I. (2024). Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features. Front Cell Neurosci. Publicado (12.06.2024). IF = 5.3; Q1.
Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment
Hernández, J.A.; Rosca, A.; Suárez, S.; Coronel, R.; Suarez, O.J.; Peran-Ramos, P.; Marina, P.; Rabassa, L.E.; Mateos, P.; Liste, I.; López-Alonso, V.; Torres-Ruiz, M.; Febles, V.M.; Ramos V. (2024). Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment. Front Antennas Propag. 2, 1357649. IF = In progress (New Journal).
Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cels. Journal of Tissue Engineering.
Rosa González; Raquel Coronel; Adela Bernabeu; Patricia Mateos; Andreea Rosca; Victoria López*; Isabel Liste. 2024. Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cels. Journal of Tissue Engineering. SAGE. 15, pp.1-14. D1
Effects of 700 and 3500 MHz 5G radiofrequency exposure on developing zebrafish embryos
Torres-Ruiz M, Suárez OJ, López V, Marina P, Sanchis A, Liste I, de Alba M, Ramos V. Effects of 700 and 3500 MHz 5G radiofrequency exposure on developing zebrafish embryos. Sci Total Environ. 2024 Jan 8:169475. D1.
Low Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells
Coronel R, Lopez-Alonso V, Gallego, M., Liste I. Low Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Int J Mol Sci. 2023: 24(19):14635. Q1.
Liste I Amyloid Precursor Protein (APP) Regulates Gliogenesis and Neurogenesis of Human Neural Stem Cells by Several Signaling Pathways
Coronel R, Bernabeu-Zornoza A, Palmer C, González R, Mateos P, Rosca A., Lopez-Alonso V, Liste I Amyloid Precursor Protein (APP) Regulates Gliogenesis and Neurogenesis of Human Neural Stem Cells by Several Signaling Pathways, Int J Mol Sci. 2023: 24(16):12964. Q1.
Age-dependent nasal immune responses in non-hospitalized bronchiolitis children
Cortegano I, Rodriguez M, Hernan-Gomez S, Arrabal A, Garcia-Vao C, Rodriguez J, et al. Age-dependent nasal immune responses in non-hospitalized bronchiolitis children. Front Immunol. 2022;13:1011607. Q1.
Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data
Al Khleifat A, Iacoangeli A, Jones AR, van Vugt J, Moisse M, Shatunov A, et al. Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data. Front Cell Neurosci. 2022;16:1050596. Q1.
Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer
Montero-Calle A, Gomez de Cedron M, Quijada-Freire A, Solis-Fernandez G, Lopez-Alonso V, Espinosa-Salinas I, et al. Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer. Front Oncol. 2022;12:903033. Q1
The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence
Garcia-Corzo L, Calatayud-Baselga I, Casares-Crespo L, Mora-Martinez C, Julian Escribano-Saiz J, Hortiguela R, et al. The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence. Front Cell Dev Biol. 2022;10:912319. Q1
Prevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain
Varsaki A, Ortiz S, Santorum P, López P, López-Alonso V, Hernández M, Abad D, Rodríguez-Grande J, Ocampo-Sosa AA, Martínez-Suárez JV. Prevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain. Animals (Basel). 2022 Sep 19;12(18):2477. Q1
Neurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide
Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Lopez-Alonso V, Liste I. Neurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 5820. Q1
Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis
Al-Chalabi, Al Khleifat A, Iacoangeli A, van Vugt J, Moisse M, Zwamborn R, van der Spek R, Shatunov A, Cooper-Knock, Topp S, Byrne R, Gellera C, López Alonso V et al. “Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis". NPJ Genomic Medicine 2022, 7(1). Q1.
Oligomeric and Fibrillar Species of Abeta42 Diversely Affect Human Neural Stem Cells
Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Lopez-Alonso V, Liste I. Oligomeric and Fibrillar Species of Abeta42 Diversely Affect Human Neural Stem Cells. Int J Mol Sci. 2021,22(17). Q1
ATXN1 repeat expansions confer risk for amyotrophic lateral sclerosis and contribute to TDP-43 mislocalization
Tazelaar GHP, Boeynaems S, De Decker M, van Vugt J, Kool L, Goedee HS, et al. ATXN1 repeat expansions confer risk for amyotrophic lateral sclerosis and contribute to TDP-43 mislocalization. Brain Commun. 2020,2(2):fcaa064. Q1
Impact of environmental neurotoxic: current methods and usefulness of human stem cells
Rosca A, Coronel R, Moreno M, Gonzalez R, Oniga A, Martin A, et al. Impact of environmental neurotoxic: current methods and usefulness of human stem cells. Heliyon. 2020,6(12):e05773. Q1
Analysis of Benzalkonium Chloride Resistance and Potential Virulence of Listeria monocytogenes Isolates Obtained from Different Stages of a Poultry Production Chain in Spain
Lopez-Alonso V, Ortiz S, Corujo A, Martinez-Suarez JV. Analysis of Benzalkonium Chloride Resistance and Potential Virulence of Listeria monocytogenes Isolates Obtained from Different Stages of a Poultry Production Chain in Spain. J Food Prot. 2020,83(3):443-51. Q2
The project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public
van der Spek RAA, van Rheenen W, Pulit SL, Kenna KP, van den Berg LH, Veldink JH, et al. The project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public. Amyotroph Lateral Scler Frontotemporal Degener. 2019,20(5-6):432-40. Q1
Whole-Genome Sequences of Seven Listeria monocytogenes Strains from Different Stages of a Poultry Meat Production Chain
Lopez-Alonso V, Ortiz S, Martinez-Suarez JV. Whole-Genome Sequences of Seven Listeria monocytogenes Strains from Different Stages of a Poultry Meat Production Chain. Microbiol Resour Announc. 2019,8(11). Q4
Advances in Alzheimer’s Disease Research: Human Cerebral Organoids
Mateos P., González R., Coronel R., Rosca A, Martín S., Bernabeu A, López-Alonso V and Liste I. Advances in Alzheimer’s Disease Research: Human Cerebral Organoids. American Journal of Biomedical Science & Research. 2023; 715:719.
Content with Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
ORCID code: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
ORCID code: 0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
ORCID code: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
ORCID code: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
List of staff
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
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22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871