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Investigación

Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     
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Dendritic Cells and Microglia Have Non-redundant Functions in the Inflamed Brain with Protective Effects of Type 1 cDCs

Dendritic Cells and Microglia Have Non-redundant Functions in the Inflamed Brain with Protective Effects of Type 1 cDCs. Cell Reports 2020. Contributors: Gallizioli, M.; Miró-Mur, F.; Otxoa-de-Amezaga, A.; Cugota, R.; Salas-Perdomo, A.; Justicia, C.; Brait, V.H.; Ruiz-Jaén, F.; Arbaizar-Rovirosa, M.; Pedragosa, J. et al.

DOI

CD45 expression discriminates waves of embryonic megakaryocytes in the mouse

CD45 expression discriminates waves of embryonic megakaryocytes in the mouse. Haematologica 2018 |Contributors: Cortegano, I.; Serrano, N.; Ruiz, C.; Rodríguez, M.; Prado, C.; Alía, M.; Hidalgo, A.; Cano, E.; de Andrés, B.; Gaspar, M. L.

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Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells.

Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells. Mol Neurobiol 2018 Contributors: Coronel, R.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Muñiz-Moreno, M.; Zambrano, A.; Cano, E.; Liste, I.

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Altered marginal zone and innate-like B cells in aged senescence-accelerated SAMP8 mice with defective IgG1 responses

Altered marginal zone and innate-like B cells in aged senescence-accelerated SAMP8 mice with defective IgG1 responses. Cell Death & Disease 2017 | Contributors: Cortegano, Isabel; Rodriguez, Mercedes; Martin, Isabel; Carmen Prado, Maria; Ruiz, Carolina; Hortiguela, Rafael; Alia, Mario; Vilar, Marcal; Mira, Helena; Cano, Eva et al.

DOI

Senescent accelerated prone 8 (SAMP8) mice as a model of age dependent neuroinflammation

Senescent accelerated prone 8 (SAMP8) mice as a model of age dependent neuroinflammation. Journal of Neuroinflammation.2021-12. Contributors: Andrés Fernández; Elena Quintana; Patricia Velasco; Belén Moreno-Jimenez; Belén de Andrés; Maria Luisa Gaspar; Isabel Liste; Marçal Vilar; Helena Mira; Eva Cano.

DOI

The TLR4-MyD88 Signaling Axis Regulates Lung Monocyte Differentiation Pathways in Response to Streptococcus pneumoniae

The TLR4-MyD88 Signaling Axis Regulates Lung Monocyte Differentiation Pathways in Response to Streptococcus pneumoniae. Frontiers in Immunology 2020. Contributors: Sánchez-Tarjuelo, R.; Cortegano, I.; Manosalva, J.; Rodríguez, M.; Ruíz, C.; Alía, M.; Prado, M.C.; Cano, E.M.; Ferrándiz, M.J.; de la Campa, A.G. et al.

DOI

NFATc3 controls tumour growth by regulating proliferation and migration of human astroglioma cells

NFATc3 controls tumour growth by regulating proliferation and migration of human astroglioma cells. Scientific Reports 2019-06-27. Contributors: Katia Urso; Andrés Fernández; Patricia Velasco; Javier Cotrina; Belén de Andrés; Pilar Sánchez-Gómez; Aurelio Hernández-Laín; Sonsoles Hortelano; Juan Miguel Redondo; Eva Cano

DOI

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Mol Neurobiol 2018 | Contributors: Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Calero, M.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Zambrano, A.; Liste, I.

DOI

Neuronal and Glial Differentiation of Human Neural Stem Cells Is Regulated by Amyloid Precursor Protein (APP) Levels

Neuronal and Glial Differentiation of Human Neural Stem Cells Is Regulated by Amyloid Precursor Protein (APP) Levels. Mol Neurobiol 2018 | Contributors: Coronel, R.; Lachgar, M.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Domínguez-Alvaro, M.; Revilla, A.; Ocaña, I.; Fernández, A.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E. et al.

DOI

DNGR-1 in dendritic cells limits tissue damage by dampening neutrophil recruitment

DNGR-1 in dendritic cells limits tissue damage by dampening neutrophil recruitment. Science 2018-10-19 | Contributors: Carlos del Fresno; Paula Saz-Leal; Michel Enamorado; Stefanie K. Wculek; Sarai Martínez-Cano; Noelia Blanco-Menéndez; Oliver Schulz; Mattia Gallizioli; Francesc Miró-Mur; Eva Cano et al.

DOI

DNGR-1(+) Dendritic Cells are Located in Meningeal Membrane and Choroid Plexus of the Noninjured Brain

DNGR-1(+) Dendritic Cells are Located in Meningeal Membrane and Choroid Plexus of the Noninjured Brain. Glia 2015 | Contributors: Quintana, Elena; Fernandez, Andres; Velasco, Patricia; de Andres, Belen; Liste, Isabel; Sancho, David; Luisa Gaspar, Maria; Cano, Eva.

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NFATc3 promotes Ca2+-dependent MMP3 expression in astroglial cells

NFATc3 promotes Ca2+-dependent MMP3 expression in astroglial cells. Glia 2013 | Contributors: Neria, Fernando; del Carmen Serrano-Perez, Maria; Velasco, Patricia; Urso, Katia; Tranque, Pedro; Cano, Eva

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An update on human stem cell-based therapy in Parkinson’s disease

An update on human stem cell-based therapy in Parkinson’s disease. Current Stem Cell Research and Therapy 2016 | Contributors: González, C.; Bonilla, S.; Flores, A.I.; Cano, E.; Liste, I.

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NFAT transcription factors regulate survival, proliferation, migration, and differentiation of neural precursor cells. Glia 2015 | Contributors: Serrano-Pérez, M. C.; Fernández, M.; Neria, F.; Berjón-Otero, M.; Doncel-Pérez, E.; Cano, E.; Tranque,

DOI

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Regulator of calcineurin 1 (Rcan1) has a protective role in brain ischemia/reperfusion injury. Journal of Neuroinflammation 2012 | Contributors: Sobrado, Monica; Ramirez, Belen G.; Neria, Fernando; Lizasoain, Ignacio; Lourdes Arbones, Maria; Minami, Takashi; Miguel Redondo, Juan; Angeles Moro, Maria; Cano, Eva

DOI

A critical review to identify data gaps and improve risk assessment of bisphenol A alternatives for human health.

Mhaouty-Kodja S, Zalko D, Tait S, Testai E, Viguié C, Corsini E, Grova N, Buratti FM, Cabaton NJ, Coppola L, De la Vieja A, Dusinska M, El Yamani N, Galbiati V, Iglesias-Hernández P, Kohl Y, Maddalon A, Marcon F, Naulé L, Rundén-Pran E, Salani F, Santori N, Torres-Ruiz M, Turner JD, Adamovsky O, Aiello-Holden K, Dirven H, Louro H, Silva MJ.Crit Rev Toxicol. 2024 Nov;54(10):696-753.

PUBMED DOI

Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features.

Mateos-Martínez, P., Coronel, R., Sachse, M., González-Sastre, R., Maeso, L., Rodriguez, M.J., Terron, M.C., López Alonso, V.*, Liste I. (2024). Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features. Front Cell Neurosci. Publicado (12.06.2024). IF = 5.3; Q1.

PKD phosphorylation and COP9/Signalosome modulate intracelular Spry2 protein stability

Martínez N, Gragera T, de Lucas MP, Cámara AB, Ballester A, Anta B, Fernández-Medarde A, López-Briones T, Ortega J, Peña-Jiénez D, Barbáchano A, Montero-Calle A, Cordero V, Barderas R, Iglesias T, Yunta M, Oliva JL, Muñoz A, Santos E, Zarich N and Rojas JM. PKD phosphorylation and COP9/Signalosome modulate intracelular Spry2 protein stability. Oncogenesis (2023) 12:20. DOI:10.1038/s41389-023-00465-3

DOI

Isolation and characterization of milk exosomes for use in advanced therapies

Medel-Martínez A, Redrado-Osta A, Crespo-Barreda A, Sancho-Albero M, Sánchez-Paniagua L, Sebastián V, Pardo M, De la Vieja A, and Martín-Duque P. Isolation and characterization of milk exosomes for use in advanced therapies. Biomolecules 2024

Micromotor-based electrochemical immunoassays for reliable determination of amyloid-β (1-42) in Alzheimer's diagnosed clinical samples

Gordón Pidal JM, Moreno-Guzmán M, Montero-Calle A, Valverde A, Pingarrón JM, Campuzano S, Calero M, Barderas R, López MÁ, Escarpa A. Micromotor-based electrochemical immunoassays for reliable determination of amyloid-β (1-42) in Alzheimer's diagnosed clinical samples. Biosens Bioelectron. 2024 249:115988. doi: 10.1016/j.bios.2023.115988.

DOI

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

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