Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
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Validation of a novel and accurate ApoE4 assay for automated chemistry analyzers
Veiga S, Rodríguez-Martín A, Garcia-Ribas G, Arribas I, Menacho-Román M, Calero M. Validation of a novel and accurate ApoE4 assay for automated chemistry analyzers. Sci Rep. 2020 10(1):2138. doi: 10.1038/s41598-020-58841-7.
DOIAdvances in Alzheimer’s Disease Research: Human Cerebral Organoids
Mateos P., González R., Coronel R., Rosca A, Martín S., Bernabeu A, López-Alonso V and Liste I. Advances in Alzheimer’s Disease Research: Human Cerebral Organoids. American Journal of Biomedical Science & Research. 2023; 715:719.
Multiomics Profiling of Alzheimer’s Disease Serum for the Identification of Autoantibody Biomarkers
San Segundo-Acosta P, Montero-Calle A, Jernbom-Falk A, Alonso-Navarro M, Pin E, Andersson E, Hellström C, Sánchez-Martínez M, Rábano A, Solís-Fernández G, Peláez-García A, Martínez-Useros J, Fernández-Aceñero MJ, Månberg A, Nilsson P, Barderas R. Multiomics Profiling of Alzheimer’s Disease Serum for the Identification of Autoantibody Biomarkers. Journal of Proteome Research 2021 20 (11), 5115-5130.
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González-Sánchez M, Jiménez J, Narváez A, Antequera D, Llamas-Velasco S, Martín AH, Arjona JAM, Munain AL, Bisa AL, Marco MP, Rodríguez-Núñez M, Pérez-Martínez DA, Villarejo-Galende A, Bartolome F, Domínguez E, Carro E. Kynurenic Acid Levels are Increased in the CSF of Alzheimer's Disease Patients. Biomolecules. 2020 Apr 8;10(4):571. doi: 10.3390/biom10040571.
DOIEGFR-dependent mechanisms in glioblastoma: towards a better therapeutic strategy
Zahonero C and Sánchez-Gómez P. (2014) EGFR-dependent mechanisms in glioblastoma: towards a better therapeutic strategy. Cel. Mol. Life Sci. 71 (18): 3465-88. PMID: 24671641 doi: 10.1007/s00018-014-1608-1
DOIWorking Group on Disorders Related to Iodine Deficiency and Thyroid Dysfunction of the Spanish Society of Endocrinology and Nutrition. Iodine supplementation during pregnancy and lactation. Position statement of the working group on disorders related to iodine deficiency and thyroid dysfunction of the Spanish Society of Endocrinology and Nutrition
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PUBMED DOITreatment of Parkinson’s disease using human stem cells
Palmer, C.; Coronel, R.; Liste, I. (2016). Treatment of Parkinson’s disease using human stem cells. J Stem Cell Res Med. 1, 71-77. doi: 10.15761/JSCRM.1000113.
DOISpanish CJD Surveillance Group. Human prion disease surveillance in Spain, 1993-2018: an overview
De Pedro-Cuesta J, Almazán-Isla J, Tejedor-Romero L, Ruiz-Tovar M, Avellanal F, Rábano A, Calero M, García López FJ; Spanish CJD Surveillance Group. Human prion disease surveillance in Spain, 1993-2018: an overview. Prion. 2021. 15(1):94-106. doi: 10.1080/19336896.2021.1933873.
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Rosca A., Coronel R., López-Alonso V, Liste I, González-Caballero M. Carmen. Human neural stem cells in developmental neurotoxicology: Current scenario and future prospects. Alternative Methods in Neurotoxicology. Advances in Neurotoxicology. 2023; 197:226.
In-depth quantitative proteomics analysis revealed C1GALT1 depletion in ECC-1 cells mimics an aggressive endometrial cancer phenotype observed in cancer patients with low C1GALT1 expression
Montero-Calle A, López-Janeiro Á, Mendes ML, Perez-Hernandez D, Echevarría I, Ruz-Caracuel I, Heredia-Soto V, Mendiola M, Hardisson D, Argüeso P, Peláez-García A, Guzman-Aranguez A, Barderas R. In-depth quantitative proteomics analysis revealed C1GALT1 depletion in ECC-1 cells mimics an aggressive endometrial cancer phenotype observed in cancer patients with low C1GALT1 expression. Cell Oncol. 46, 697–715 (2023).
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García-Jiménez C, Garcia-Martinez JM, Chocarro-Calvo A, and De la Vieja A. A new link between diabetes and cancer: enhanced Wnt/beta-catening signaling by high glucose. Journal of Molecular Endocrinology 2014 52(1): R51-R66. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24049067) doi: 10.1530/JME-13-0152
PUBMED DOIDYRK1A destabilizes EGFR and reduces EGFR-dependent glioblastoma growth
Pozo Zahonero, Fernández P, Liñares JM, Ayuso A, Hagiwara M, Pérez A, Ricoy JR, Hernández-Laín A, Sepúlveda JM, Sánchez-Gómez P. (2013) Inhibition of DYRK1A destabilizes EGFR and reduces EGFR-dependent glioblastoma growth. J. Clin. Invest. 123(6):2475-87. PMID: 23635774 doi: 10.1172/JCI63623
DOIGenetic Diversity, Antimicrobial Resistance and Survival upon Manure Storage of Campylobacter jejuni Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabric Coast of Spain
Varsaki, A.; Ortiz, S.; Santorum, P.; López, P.; López-Alonso, V.; Martínez-Suárez, J.V. Genetic Diversity, Antimicrobial Resistance and Survival upon Manure Storage of Campylobacter jejuni Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabric Coast of Spain. Zoonotic Dis. 2022, 2, 82–94
Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative. Long runs of homozygosity are associated with Alzheimer's disease
Moreno-Grau S, Fernández MV, de Rojas I, Garcia-González P, Hernández I, Farias F, Budde JP, Quintela I, Madrid L, González-Pérez A, Montrreal L, Alarcón-Martín E, Alegret M, Maroñas O, Pineda JA, Macías J; GR@ACE study group; DEGESCO consortium, Marquié M, Valero S, Benaque A, Clarimón J, Bullido MJ, García-Ribas G, Pástor P, Sánchez-Juan P, Álvarez V, Piñol-Ripoll G, García-Alberca JM, Royo JL, Franco-Macías E, Mir P, Calero M, Medina M, Rábano A, Ávila J, Antúnez C, Real LM, Orellana A, Carracedo Á, Sáez ME, Tárraga L, Boada M, Cruchaga C, Ruiz A; Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative. Long runs of homozygosity are associated with Alzheimer's disease. Transl Psychiatry. 2021 11(1):142. doi: 10.1038/s41398-020-01145-1.
DOIEndothelial-specific deficiency of megalin in the brain protects mice against high-fat diet challenge
Bartolome F, Antequera D, de la Cueva M, Rubio-Fernandez M, Castro N, Pascual C, Camins A, Carro E. Endothelial-specific deficiency of megalin in the brain protects mice against high-fat diet challenge. J Neuroinflammation. 2020 Jan 14;17(1):22. doi: 10.1186/s12974-020-1702-2.
DOIPursuing precision in medicine and nutrition: the rise of electrochemical biosensing at the molecular level
Campuzano S, Barderas R, Moreno-Casbas MT, Almeida A. Pursuing precision in medicine and nutrition: the rise of electrochemical biosensing at the molecular level. Anal Bioanal Chem 416, 2151–2172 (2024)
DOIGlucose-Induced b-Catenin Acetylation Enhances Wnt Signaling in Cancer
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DOIExperimental Radiation System for Effects Assessment in Biological in Vitro and in Vivo Models
V. Ramos, P. Marina, M. Torres-Ruiz, O. J. Suárez, V. López, I. Liste, M. de Alba. "Experimental Radiation System for Effects Assessment in Biological in Vitro and in Vivo Models," 2021 Photonics & Electromagnetics Research Symposium (PIERS), 2021, pp. 2800-2807, doi: 10.1109/PIERS53385.2021.9695112
DOITREM2 expression in the brain and biological fluids in prion diseases
Diaz-Lucena D, Kruse N, Thüne K, Schmitz M, Villar-Piqué A, da Cunha JEG, Hermann P, López-Pérez Ó, Andrés-Benito P, Ladogana A, Calero M, Vidal E, Riggert J, Pineau H, Sim V, Zetterberg H, Blennow K, Del Río JA, Marín-Moreno A, Espinosa JC, Torres JM, Sánchez-Valle R, Mollenhauer B, Ferrer I, Zerr I, Llorens F. TREM2 expression in the brain and biological fluids in prion diseases. Acta Neuropathol. 2021 141(6):841-859. doi: 10.1007/s00401-021-02296-1.
DOIContenidos con Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
-
22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871