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Investigación

Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     
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Diagnostic Accuracy of Prion Disease Biomarkers in Iatrogenic Creutzfeldt-Jakob Disease

Llorens F, Villar-Piqué A, Hermann P, Schmitz M, Calero O, Stehmann C, Sarros S, Moda F, Ferrer I, Poleggi A, Pocchiari M, Catania M, Klotz S, O'Regan C, Brett F, Heffernan J, Ladogana A, Collins SJ, Calero M, Kovacs GG, Zerr I. Diagnostic Accuracy of Prion Disease Biomarkers in Iatrogenic Creutzfeldt-Jakob Disease. Biomolecules. 2020 10(2):290. doi: 10.3390/biom10020290.

DOI

Electrochemical immunosensor for IL-13 Receptor α2 determination and discrimination of metastatic colon cancer cells. Biosensors and Bioelectronics

Alejandro Valverde, Eloy Povedano, Víctor Ruiz-Valdepeñas Montiel, Paloma Yáñez-Sedeño, María Garranzo-Asensio, Rodrigo Barderas, Susana Campuzano, José M. Pingarrón. Electrochemical immunosensor for IL-13 Receptor α2 determination and discrimination of metastatic colon cancer cells. Biosensors and Bioelectronics. 2018; 117: 766-772.

DOI

An electrochemical immunosensor using gold nanoparticles-PAMAM-nanostructured screen-printed carbon electrodes for tau protein determination in plasma and brain tissues from Alzheimer patients

Razzino CA, Serafín V, Gamella M, Pedrero M, Montero-Calle A, Barderas R, Calero M, Lobo AO, Yáñez-Sedeño P, Campuzano S, Pingarrón JM. An electrochemical immunosensor using gold nanoparticles-PAMAM-nanostructured screen-printed carbon electrodes for tau protein determination in plasma and brain tissues from Alzheimer patients. Biosens Bioelectron. 2020 163:112238. doi: 10.1016/j.bios.2020.

DOI

Determination of Cadherin-17 in Tumor Tissues of Different Metastatic Grade Using a Single Incubation-Step Amperometric Immunosensor

Alejandro Valverde, Eloy Povedano, Víctor Ruiz-Valdepeñas Montiel, Paloma Yáñez-Sedeño, María Garranzo-Asensio, Nuria Rodríguez, Gemma Domínguez, Rodrigo Barderas, Susana Campuzano, José M. Pingarrón. Determination of Cadherin-17 in Tumor Tissues of Different Metastatic Grade Using a Single Incubation-Step Amperometric Immunosensor. Analytical Chemistry 2018 90 (18), 11161-11167

DOI

Prodromal Alzheimer's Disease: Constitutive Upregulation of Neuroglobin Prevents the Initiation of Alzheimer's Pathology

de Vidania S, Palomares-Perez I, Frank-García A, Saito T, Saido TC, Draffin J, Szaruga M, Chávez-Gutierrez L, Calero M, Medina M, Guix FX, Dotti CG. Prodromal Alzheimer's Disease: Constitutive Upregulation of Neuroglobin Prevents the Initiation of Alzheimer's Pathology. Front Neurosci. 2020 14:562581. doi: 10.3389/fnins.2020.562581.

DOI

Toward Liquid Biopsy: Determination of the Humoral Immune Response in Cancer Patients Using HaloTag Fusion Protein-Modified Electrochemical Bioplatforms

Garranzo-Asensio M, Guzmán-Aránguez A, Povés C, Fernández-Aceñero MJ, Torrente-Rodríguez RM, Ruiz-Valdepeñas Montiel V, Domínguez G, Frutos LS, Rodríguez N, Villalba M, Pingarrón JM, Campuzano S, Barderas R. Toward Liquid Biopsy: Determination of the Humoral Immune Response in Cancer Patients Using HaloTag Fusion Protein-Modified Electrochemical Bioplatforms. Anal Chem. 2016;88(24):12339-12345

DOI

Evaluation of Human Cerebrospinal Fluid Malate Dehydrogenase 1 as a Marker in Genetic Prion Disease Patients

Zerr I, Villar-Piqué A, Schmitz VE, Poleggi A, Pocchiari M, Sánchez-Valle R, Calero M, Calero O, Baldeiras I, Santana I, Kovacs GG, Llorens F, Schmitz M. Evaluation of Human Cerebrospinal Fluid Malate Dehydrogenase 1 as a Marker in Genetic Prion Disease Patients. Biomolecules. 2019 9(12):800. doi: 10.3390/biom9120800.

DOI

Identification of Alzheimer’s Disease Autoantibodies and Their Target Biomarkers by Phage Microarrays

Pablo San Segundo-Acosta, Ana Montero-Calle, Manuel Fuentes, Alberto Rábano, Mayte Villalba, and Rodrigo Barderas. Identification of Alzheimer’s Disease Autoantibodies and Their Target Biomarkers by Phage Microarrays. Journal of Proteome Research. 2019; 18: 2940-2953

DOI

Cerebrospinal Fluid Total Prion Protein in the Spectrum of Prion Diseases

Villar-Piqué A, Schmitz M, Lachmann I, Karch A, Calero O, Stehmann C, Sarros S, Ladogana A, Poleggi A, Santana I, Ferrer I, Mitrova E, Žáková D, Pocchiari M, Baldeiras I, Calero M, Collins SJ, Geschwind MD, Sánchez-Valle R, Zerr I, Llorens F. Cerebrospinal Fluid Total Prion Protein in the Spectrum of Prion Diseases. Mol Neurobiol. 2019 56(4):2811–2821. doi: 10.1007/s12035-018-1251-1.

DOI

The 2018 Nobel Prize in Chemistry: phage display of peptides and antibodies

Barderas, R., Benito-Peña, E. The 2018 Nobel Prize in Chemistry: phage display of peptides and antibodies. Anal Bioanal Chem 411, 2475–2479 (2019)

DOI

Age at onset in genetic prion disease and the design of preventive clinical trials

Minikel EV, Vallabh SM, Orseth MC, Brandel JP, Haïk S, Laplanche JL, Zerr I, Parchi P, Capellari S, Safar J, Kenny J, Fong JC, Takada LT, Ponto C, Hermann P, Knipper T, Stehmann C, Kitamoto T, Ae R, Hamaguchi T, Sanjo N, Tsukamoto T, Mizusawa H, Collins SJ, Chiesa R, Roiter I, de Pedro-Cuesta J, Calero M, Geschwind MD, Yamada M, Nakamura Y, Mead S. Age at onset in genetic prion disease and the design of preventive clinical trials. Neurology. 2019 93(2):e125-e134. doi: 10.1212/WNL.0000000000007745.

DOI

Mapping the Spatial Proteome of Metastatic Cells in Colorectal Cancer

Marta Mendes, Alberto Peláez-García, María López-Lucendo, Rubén A. Bartolomé, Eva Calviño, Rodrigo Barderas, J. Ignacio Casal. Mapping the Spatial Proteome of Metastatic Cells in Colorectal Cancer. Proteomics 2017;17: 1700094.

DOI

Genome-wide association analysis of dementia and its clinical endophenotypes reveal novel loci associated with Alzheimer's disease and three causality networks: The GR@ACE project

Moreno-Grau S, de Rojas I, Hernández I, Quintela I, Montrreal L, Alegret M, Hernández-Olasagarre B, Madrid L, González-Perez A, Maroñas O, Rosende-Roca M, Mauleón A, Vargas L, Lafuente A, Abdelnour C, Rodríguez-Gómez O, Gil S, Santos-Santos MÁ, Espinosa A, Ortega G, Sanabria Á, Pérez-Cordón A, Cañabate P, Moreno M, Preckler S, Ruiz S, Aguilera N, Pineda JA, Macías J, Alarcón-Martín E, Sotolongo-Grau O; GR@ACE consortium; DEGESCO consortium; Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative, Marquié M, Monté-Rubio G, Valero S, Benaque A, Clarimón J, Bullido MJ, García-Ribas G, Pástor P, Sánchez-Juan P, Álvarez V, Piñol-Ripoll G, García-Alberca JM, Royo JL, Franco E, Mir P, Calero M, Medina M, Rábano A, Ávila J, Antúnez C, Real LM, Orellana A, Carracedo Á, Sáez ME, Tárraga L, Boada M, Ruiz A. Genome-wide association analysis of dementia and its clinical endophenotypes reveal novel loci associated with Alzheimer's disease and three causality networks: The GR@ACE project. Alzheimers Dement. 2019 15(10):1333-1347. doi: 10.1016/j.jalz.2019.06.4950.

DOI

Proteomic mapping of p53 immunogenicity in pancreatic, ovarian, and breast cancers

Katchman BA, Barderas R, Alam R, Chowell D, Field MS, Esserman LJ, Wallstrom G, LaBaer J, Cramer DW, Hollingsworth MA, Anderson KS. Proteomic mapping of p53 immunogenicity in pancreatic, ovarian, and breast cancers. Proteomics Clin Appl. 2016 Jul;10(7):720-31.

DOI

Genetic Prion Disease Patients

Genetic Prion Disease Patients. Biomolecules. 2019 Nov 28;9(12):800. doi: 10.3390/biom9120800.

DOI

Elevated Plasma microRNA-206 Levels Predict Cognitive Decline and Progression to Dementia from Mild Cognitive Impairment

Kenny A, McArdle H, Calero M, Rabano A, Madden SF, Adamson K, Forster R, Spain E, Prehn JHM, Henshall DC, Medina M, Jimenez-Mateos EM, Engel T. Elevated Plasma microRNA-206 Levels Predict Cognitive Decline and Progression to Dementia from Mild Cognitive Impairment. Biomolecules. 2019 9(11):734. doi: 10.3390/biom9110734.

DOI

Reconciling etiological views on Parkinson's disease

de Pedro-Cuesta J, Martínez-Martín P, Calero M, Almazán-Isla J, García López FJ. Reconciling etiological views on Parkinson's disease. Mov Disord. 2019 34(11):1750-1752. doi: 10.1002/mds.27875.

DOI

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells

Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Calero M, Martínez-Serrano A, Cano E, Zambrano A, Liste I. Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Mol Neurobiol. 2019 56(6):4023-4036. doi: 10.1007/s12035-018-1355-7.

DOI

An Overview of the Role of Lipofuscin in Age-Related Neurodegeneration

Moreno-García A, Kun A, Calero O, Medina M, Calero M. An Overview of the Role of Lipofuscin in Age-Related Neurodegeneration. Front Neurosci. 2018 12:464. doi: 10.3389/fnins.2018.00464.

DOI

Frontotemporal lobar degeneration: Study of a clinicopathological cohort

Gil MJ, Manzano MS, Cuadrado ML, Fernández C, Góméz E, Matesanz C, Calero M, Rábano A. Frontotemporal lobar degeneration: Study of a clinicopathological cohort. J Clin Neurosci. 2018 58:172-180. doi: 10.1016/j.jocn.2018.10.024.

DOI

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Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

Noticias:

Sesiones comunicativas del grupo:

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