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Investigación

Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     
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Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features

Mateos-Martínez, P., Coronel, R., Sachse, M., González-Sastre, R., Maeso, L., Rodriguez, M.J., Terrón, M.C., López-Alonso, V., Liste, I. (2024). Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features. Front Cell Neurosci. 18. doi: 10.3389/fncel.2024.1406839.

DOI

Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology

Montero-Calle A, Coronel R, Garranzo-Asensio M, Solís-Fernández G, Rábano A, de los Ríos V, Fernández-Aceñero MJ, Mendes ML, Martínez-Useros J, Megías D, Moreno-Casbas MT, Peláez-García A, Liste I, Barderas R. Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology. Cell. Mol. Life Sci. 80, 141 (2023).

DOI

Bronchoalveolar cytokine profile differentiates Pulmonary Langerhans cell histiocytosis patients from other smoking-related interstitial lung diseases

Barril S, Acebo P, Millan-Billi P, Luque A, Sibila O, Tarín C, Tazi A, Castillo D, Hortelano S. Bronchoalveolar cytokine profile differentiates Pulmonary Langerhans cell histiocytosis patients from other smoking-related interstitial lung diseases. Respir Res. 2023 Dec 18;24(1):320. doi: 10.1186/s12931-023-02622-z.

DOI

Sprouty2 binds Grb2 at two different proline-rich regions, and the mechanism of ERK inhibition is independent of this interaction

Martínez N, García-Domínguez CA, Domingo B, Oliva JL, Zarich N, Sánchez A, Gutiérrez-Eisman S, Llopis J & Rojas JM. Sprouty2 binds Grb2 at two different proline-rich regions, and the mechanism of ERK inhibition is independent of this interaction. Cellular Signalling. 2007; 19: 2277-85. doi: 10.1016/j.cellsig.2007.07.008

DOI

Use of 2D minilungs from human embryonic stem cells to study the interaction of Cryptococcus neoformans with the respiratory tract

Use of 2D minilungs from human embryonic stem cells to study the interaction of Cryptococcus neoformans with the respiratory tract. Rossi SA, García-Barbazán I, Chamorro-Herrero I, Taborda CP, Zaragoza Ó, Zambrano A. Microbes Infect. 2024 Mar-Apr;26(3):105260. doi: 10.1016/j.micinf.2023.105260. Epub 2023 Nov 18. PMID: 37981028.

PUBMED DOI

Olfactory Receptor OR2K2 Expression in Human Choroid Plexus as a Potential Marker in Early Sporadic Alzheimer's Disease

Alves VC, Figueiro-Silva J, Trullas R, Ferrer I, Carro E. Olfactory Receptor OR2K2 Expression in Human Choroid Plexus as a Potential Marker in Early Sporadic Alzheimer's Disease. Genes (Basel). 2024 Mar 21;15(3):385. doi: 10.3390/genes15030385.

DOI

NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma

de Dios O, Ramírez-González MA, Gómez-Soria I, Segura-Collar B, de Andrea CE, Fernández-Rubio L, Hernández-Laín A, Sepúlveda-Sánchez JM, Jiménez-Roldán L, García-Posadas G, Rodríguez-Ruiz ME, Pérez-Núñez A, Wainwright D.A., Gargini R*, Sánchez-Gómez P*. (2024) NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma. J. Immunother. Cancer (in press). (IF: 10.3) (D1) (Immunology / Oncology)1. de Dios O, Ramírez-González MA, Gómez-Soria I, Segura-Collar B, de Andrea CE, Fernández-Rubio L, Hernández-Laín A, Sepúlveda-Sánchez JM, Jiménez-Roldán L, García-Posadas G, Rodríguez-Ruiz ME, Pérez-Núñez A, Wainwright D.A., Gargini R*, Sánchez-Gómez P*. (2024). J. Immunother. Cancer (in press). (IF: 10.3) (D1) (Immunology / Oncology)

Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis

Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis. Al Khleifat A, Iacoangeli A, van Vugt JJFA, Bowles H, Moisse M, Zwamborn RAJ, van der Spek RAA, Shatunov A, Cooper-Knock J, Topp S, Byrne R, Gellera C, López V, Jones AR, Opie-Martin S, Vural A, Campos Y, van Rheenen W, Kenna B, Van Eijk KR, Kenna K, Weber M, Smith B, Fogh I, Silani V, Morrison KE, Dobson R, van Es MA, McLaughlin RL, Vourc'h P, Chio A, Corcia P, de Carvalho M, Gotkine M, Panades MP, Mora JS, Shaw PJ, Landers JE, Glass JD, Shaw CE, Basak N, Hardiman O, Robberecht W, Van Damme P, van den Berg LH, Veldink JH, Al-Chalabi A. NPJ Genom Med. 2022;7(1):8. DOI: 10.1038/s41525-021-00267-9

DOI

Hedgehog signalling modulates immune response and protecs againts Experimental Autoimmune Encephalomyelitis

Ballester A, Guijarro A, Bravo B, Hernández J, Murillas R, Gallego MI and Ballester S. 2022. Hedgehog signalling modulates immune response and protecs againts Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. International Journal of Molecular Sciences (2022) 23, 3171. DOI: 10.3390/ijms23063171

DOI

Effects of nanomolar methylmercury on developing human neural stem cells and zebrafish embryo

Torres-Ruiz, M.; de Alba-Gonzalez, M.; Cañas-Portilla, A.I.; Coronel, R.; Liste, I.; González-Caballero, M.C. (2024). Effects of nanomolar methylmercury on developing human neural stem cells and zebrafish embryo. Food Chem Toxicol. 188, 114684. doi: 10.1016/j.fct.2024.114684

DOI

In Vivo Ultrafast Doppler Imaging Combined with Confocal Microscopy and Behavioral Approaches to Gain Insight into the Central Expression of Peripheral Neuropathy in Trembler-J Mice

Martínez Barreiro M, Vázquez Alberdi L, De León L, Avellanal G, Duarte A, Anzibar Fialho M, Baranger J, Calero M, Rubido N, Tanter M, Negreira C, Brum J, Damián JP, Kun A. In Vivo Ultrafast Doppler Imaging Combined with Confocal Microscopy and Behavioral Approaches to Gain Insight into the Central Expression of Peripheral Neuropathy in Trembler-J Mice. Biology (Basel). 2023 12(10):1324. doi: 10.3390/biology12101324.

DOI

Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment

Hernández, J.A.; Rosca, A.; Suárez, S.; Coronel, R.; Suarez, O.J.; Peran-Ramos, P.; Marina, P.; Rabassa, L.E.; Mateos, P.; Liste, I.; López-Alonso, V.; Torres-Ruiz, M.; Febles, V.M.; Ramos V. (2024). Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment. Front Antennas Propag. 2, 1357649. IF = In progress (New Journal).

Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein regulates tumorigenic and metastatic properties of colorectal cancer cells driving liver metastasis

Solís-Fernández G, Montero-Calle A, Sánchez-Martínez M, Pelaez-Garcia A, Fernandez-Aceñero MJ, Pallares P, Mendiola M, Hendrix J, Hardissom D, Bartolome RA, Hofkens J, Rocha S, Barderas R. Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein regulates tumorigenic and metastatic properties of colorectal cancer cells driving liver metastasis. Br J Cancer 126, 1604–1615 (2022)

DOI

Visualization of Lipid Droplets in the Alveolar Macrophage Cell Line MH-S with Live-cell Imaging by 3D Holotomographic Microscopy (Nanolive)

Pérez-Montero A, Zaragoza O, Luque A, Hortelano S, Acebo P. Visualization of Lipid Droplets in the Alveolar Macrophage Cell Line MH-S with Live-cell Imaging by 3D Holotomographic Microscopy (Nanolive). Bio Protoc. 2023 Mar 5;13(5):e4629. doi: 10.21769/BioProtoc.4629.

DOI

Endothelial nitric oxide synthase regulates N-Ras activation on the Golgi complex of antigen-stimulated T cells

Ibiza S, Pérez-Rodríguez A, Ortega A, Martínez-Ruiz A, Barreiro O, García-Domínguez CA, Víctor VM, Esplugues JV, Rojas JM, Sánchez-Madrid F & Serrador JM. Endothelial nitric oxide synthase regulates N-Ras activation on the Golgi complex of antigen-stimulated T cells. Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 2008; 105: 10507- 12. doi:10.1073/pnas.0711062105

DOI

Modeling of Respiratory Diseases Evolving with Fibrosis from Organoids Derived from Human Pluripotent Stem Cells

Modeling of Respiratory Diseases Evolving with Fibrosis from Organoids Derived from Human Pluripotent Stem Cells. Chamorro-Herrero I, Zambrano A. Int J Mol Sci. 2023 Feb 23;24(5):4413. doi: 10.3390/ijms24054413. PMID: 36901843; PMCID: PMC10002124.

PUBMED DOI

Circadian rhythm disruption and retinal dysfunction: a bidirectional link in Alzheimer's disease?

Carrero L, Antequera D, Municio C, Carro E. Circadian rhythm disruption and retinal dysfunction: a bidirectional link in Alzheimer's disease? Neural Regen Res. 2024 Sep 1;19(9):1967-1972. doi: 10.4103/1673-5374.390962.

DOI

Promising anticancer prodrugs based on Pt(IV) complexes with bis-organosilane ligands in axial positions

Navas F, Chocarro-Calvo A, Iglesias-Hernández P, Fernández-García P, Morales V, García-Martínez JM, Sanz R, De la Vieja A*, García Jiménez C* and García Muñoz R*. Promising anticancer prodrugs based on Pt(IV) complexes with bis-organosilane ligands in axial positions. Journal of Medicinal Chemistry. 2024. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c02393. PMID: 38592014

PUBMED DOI

Age-stratified comorbid and pharmacologic analysis of patients with glioblastoma

Rabin EE, Huang J, Kim M, Mozny A, Lauing KL, Penco-Campillo M, Zhai L, Bommi P, Mi X, Power EA, Prabhu VC, Anderson DE, Barton KP, Walunas TL, Schiltz GE, Amidei C, Sanchez-Gomez P, Thakkar JP, Lukas RV, Wainwright DA. (2024) Age-stratified comorbid and pharmacologic analysis of patients with glioblastoma. Brain Behav. Immun. Health Mar 15:38:100753. PMID: 38600951 doi: 10.1016/j.bbih.2024.100753

DOI

Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data

Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data. Al Khleifat A, Iacoangeli A, Jones AR, van Vugt JJFA, Moisse M, Shatunov A, Zwamborn RAJ, van der Spek RAA, Cooper-Knock J, Topp S, van Rheenen W, Kenna B, Van Eijk KR, Kenna K, Byrne R, López V, Opie-Martin S, Vural A, Campos Y, Weber M, Smith B, Fogh I, Silani V, Morrison KE, Dobson R, van Es MA, McLaughlin RL, Vourc'h P, Chio A, Corcia P, de Carvalho M, Gotkine M, Panades MP, Mora JS, Shaw PJ, Landers JE, Glass JD, Shaw CE, Basak N, Hardiman O, Robberecht W, Van Damme P, van den Berg LH, Veldink JH, Al-Chalabi A. Front Cell Neurosci. 2022; 16:1050596.

DOI

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Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

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