Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cells
González-Sastre, R.; Coronel, R.; Bernabeu-Zornoza, A.; Mateos-Martínez, P.; Rosca, A.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2024). Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cells. J Tissue Eng. 15, 20417314231226027. doi: 10.1177/20417314231226027
DOIEditorial: IL-2/IL-2R axis modulation by mesenchymal stromal cells: interaction with immunosuppressive drugs?
Ballester S and Ballester A. Editorial: IL-2/IL-2R axis modulation by mesenchymal stromal cells: interaction with immunosuppressive drugs? Journal of Leukocyte Biology (2017) 101-3, pp.617-619. ISSN 1938-3673, (editorial by invitation) doi:10.1189/jlb.5CE0916-393R
PUBMED DOISaliva is a Good Candidate to be the New Gold-Standard Sample for Neurodegenerative Diseases
Orive G, Lopera F, Carro E. Saliva is a Good Candidate to be the New Gold-Standard Sample for Neurodegenerative Diseases. J Alzheimers Dis. 2022;87(4):1497-1501. doi: 10.3233/JAD-220144.
DOIChoroid Plexus Aquaporins in CSF Homeostasis and the Glymphatic System: Their Relevance for Alzheimer's Disease
Municio C, Carrero L, Antequera D, Carro E. Choroid Plexus Aquaporins in CSF Homeostasis and the Glymphatic System: Their Relevance for Alzheimer's Disease. Int J Mol Sci. 2023 Jan 3;24(1):878. doi: 10.3390/ijms24010878.
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European mitochondrial haplogroups are associated with CD4+ T cell recovery in HIV-infected patients on combination antiretroviral therapy. María Guzmán Fulgencio; Juan Berenguer; Dariela Micheloud; Amanda Fernández Rodríguez; Mónica García Álvarez; María Angeles Jiménez Sousa; José María Bellón; Yolanda Campos; Jaime Cosín; Teresa Aldámiz Echevarría; Pilar Catalán; Juan Carlos López; Salvador Resino. The Journal of antimicrobial chemotherapy. 2013; 68: 2349 - 2406. DOI: 10.1093/jac/dkt206
DOIMultiplexed Biosensing Diagnostic Platforms Detecting Autoantibodies to Tumor-Associated Antigens from Exosomes Released by CRC Cells and Tissue Samples Showed High Diagnostic Ability for Colorectal Cancer
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DOIA hispanolone-derived diterpenoid inhibits M2-Macrophage polarization in vitro via JAK/STAT and attenuates chitin induced inflammation in vivo
Jiménez-García L; Higueras MA; Herranz S; Hernández-López M; Luque A; de las Heras B; Hortelano S. 2018. A hispanolone-derived diterpenoid inhibits M2-Macrophage polarization in vitro via JAK/STAT and attenuates chitin induced inflammation in vivo. Biochem Pharmacol. 2018 Aug;154:373-383. https://doi.org/10.1016/j.bcp.2018.06.002.
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Identification of AAV serotypes for lung gene therapy in human embryonic stem cell-derived lung organoids. Meyer-Berg H, Zhou Yang L, Pilar de Lucas M, Zambrano A, Hyde SC, Gill DR. Stem Cell Res Ther. 2020 Oct 23;11(1):448. doi: 10.1186/s13287-020-01950-x. PMID: 33097094; PMCID: PMC7582027.
PUBMED DOISPROUTY-2 and E-cadherin regulate reciprocally and dictate colon cancer cell tumourigenicity
Barbáchano A, Ordóñez-Morán P, García JM, Sánchez A, Pereira F, Larriba MJ, Martínez N, Hernández J, Landolfi S, Bonilla F, Pálmer HG, Rojas JM & Muñoz A. SPROUTY-2 and E-cadherin regulate reciprocally and dictate colon cancer cell tumourigenicity. Oncogene. 2010; 29:4800-13. doi:10.1038/onc.2010.225
DOIIDP-410: a Novel Therapeutic Peptide that Alters N-MYC Stability and Reduces Angiogenesis and Tumor Progression in Glioblastomas
Gargini R, Segura-Collar B, Garranzo-Asensio M, Hortigüela R, Iglesias-Hernández P, Lobato-Alonso D, Moreno-Raja M, Esteban-Martin S, Sepúlveda-Sánchez JM, Nevola L, Sánchez-Gómez P. (2022) IDP-410: a Novel Therapeutic Peptide that Alters N-MYC Stability and Reduces Angiogenesis and Tumor Progression in Glioblastomas. Neurotherapeutics. Jan;19(1):408-420. PMID: 35099769 doi: 10.1007/s13311-021-01176-6
DOIVitamin D induces SIRT1 activation through K610 deacetylation in colon cancer
García-Martínez JM, Chocarro-Calvo A, Gutiérrez-Salmerón M, Martinez-Useros J, Fernandez-Aceñedo MJ, Fiuza MC, Cáceres-Rentero J, De la Vieja A, Barbáchano A, Muñoz A, Larriba MJ, and García-Jiménez C*. Vitamin D induces SIRT1 activation through K610 deacetylation in colon cancer. eLife 2023. 12:RP86913. doi: 10.7554/eLife.86913. PMID: 37530744
PUBMED DOIHepatitis E Virus Seroprevalence is Associated with Neurodegenerative Disorders in Older People with Dementia: A Case-Control Study
Pérez-García F, Vázquez-Morón S, Burgueño-García I, Muñoz-Gómez MJ, Zea-Sevilla MA, Calero M, Martínez I, Rábano A, Resino S. Hepatitis E Virus Seroprevalence is Associated with Neurodegenerative Disorders in Older People with Dementia: A Case-Control Study. J Infect Dis. 2023 227(7):873-877. doi: 10.1093/infdis/jiac268.
DOILow Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells
Coronel R, Lopez-Alonso V, Gallego, M., Liste I. Low Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Int J Mol Sci. 2023: 24(19):14635. Q1.
Internalization and toxicity of polystyrene nanoplastics on inmortalized human neural stem cells
González-Caballero, M.C.; de Alba-González, M.; Torres-Ruiz, M.; Iglesias-Hernández, P.; Zapata, V.; Terrón, M.C.; Sachse, M.; Morales, M.; Martin-Folgar, R.; Liste, I.; Cañas-Portilla, A.I. (2024). Internalization and toxicity of polystyrene nanoplastics on inmortalized human neural stem cells. Chemosphere. 355, 141815. doi: 10.1016/j.chemosphere.2024.141815.
DOIRestrained Th17 response and myeloid cell infiltration into the central nervous system by human decidua-derived mesenchymal stem cells during experimental autoimmune encephalomyelitis
Bravo B, Gallego MI, Flores AI; Bornstein R, Puente-Bedia A, Hernández J, de la Torre P, García-Zaragoza E, Pérez-Tavarez R, Grande J, Ballester A and Ballester S. Restrained Th17 response and myeloid cell infiltration into the central nervous system by human decidua-derived mesenchymal stem cells during experimental autoimmune encephalomyelitis. Stem Cell Research & Therapy (2016) 7, PMCID: PMC4797118 doi:10.1186/s13287-016-0304-5
PUBMED DOIImplication of salivary lactoferrin and periodontal-mediated infections in Alzheimer's disease
Municio C, Carro E. Implication of salivary lactoferrin and periodontal-mediated infections in Alzheimer's disease. Neural Regen Res. 2023 Dec;18(12):2691-2692. doi: 10.4103/1673-5374.373712.
DOIMitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes• Mitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes
Mitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes. María Guzmán Fulgencio; José Luis Jiménez; Mónica García Álvarez; José María Bellón; Amanda Fernández Rodriguez; Yolanda Campos; Carmen Rodríguez; Juan González Garcia; Melchor Riera; Pompeyo Viciana; Ma Ángeles Muñoz Fernández; Salvador Resino. J Acquir Immune Defic Syndr. 2013 ;63:178-83. DOI: 10.1097/QAI.0b013e3182893f74
DOIIn-depth proteomics characterization of ∆Np73 effectors identifies key proteins with diagnostic potential implicated in lymphangiogenesis, vasculogenesis and metastasis in colorectal cancer
Garranzo-Asensio M, Rodríguez-Cobos J, San Millán C, Poves C, Fernández-Aceñero MJ, Pastor-Morate D, Viñal D, Montero-Calle A, Solís-Fernández G, Ceron MA, Gámez-Chiachio M, Rodríguez N, Guzmán-Aránguez A, Barderas R, Domínguez G. In-depth proteomics characterization of ∆Np73 effectors identifies key proteins with diagnostic potential implicated in lymphangiogenesis, vasculogenesis and metastasis in colorectal cancer. Molecular Oncology 2022; 16: 2672.
DOIScreening Assays to Characterize Novel Endothelial Regulators Involved in the Inflammatory Response
MA Higueras; L Jiménez-García; S Herranz; S Hortelano; A Luque. 2017. Screening Assays to Characterize Novel Endothelial Regulators Involved in the Inflammatory Response. J Vis Exp. 2017 Sep 15;(127). https://doi.org/10.3791/55824.
DOIPhysiological and pathological effects of amyloid-β species in neural stem cell biology
Physiological and pathological effects of amyloid-β species in neural stem cell biology. Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Monteagudo M, Zambrano A, Liste I. Neural Regen Res. 2019 Dec;14(12):2035-2042. doi: 10.4103/1673-5374.262571. PMID: 31397330; PMCID: PMC6788229.
PUBMED DOIContenidos con Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
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22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871