Logo del Gobierno de España Logo del Ministerio de ciencia, innovación y universidades Logo del Instituto de Salud Carlos tercero Logo UFIEC

Protegemos tu salud a través de la Ciencia

Investigación

Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     

Publicaciones destacadas

Categoría
Ordenar

Saliva is a Good Candidate to be the New Gold-Standard Sample for Neurodegenerative Diseases

Orive G, Lopera F, Carro E. Saliva is a Good Candidate to be the New Gold-Standard Sample for Neurodegenerative Diseases. J Alzheimers Dis. 2022;87(4):1497-1501. doi: 10.3233/JAD-220144.

DOI

Choroid Plexus Aquaporins in CSF Homeostasis and the Glymphatic System: Their Relevance for Alzheimer's Disease

Municio C, Carrero L, Antequera D, Carro E. Choroid Plexus Aquaporins in CSF Homeostasis and the Glymphatic System: Their Relevance for Alzheimer's Disease. Int J Mol Sci. 2023 Jan 3;24(1):878. doi: 10.3390/ijms24010878.

DOI

On optimal temozolomide scheduling for slowly growing glioblastomas

Segura-Collar B, Jiménez-Sánchez J, Gargini R, Dragoj M, Sepúlveda-Sánchez JM, Pesic M, Ramírez MA, Ayala-Hernández LE, Sánchez-Gómez P*, Pérez-García VM*. (* Co-corresponding author) (2022) On optimal temozolomide scheduling for slowly growing glioblastomas. Neuro-Oncol. Adv. Sep 27;4(1): vdac155. PMID: 36325374 doi: 10.1093/noajnl/vdac155

DOI

The Project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public

The Project MinE databrowser: bringing large-scale whole-genome sequencing in ALS to researchers and the public. van der Spek RAA, van Rheenen W, Pulit SL, Kenna KP, van den Berg LH, Veldink JH; Project MinE ALS Sequencing Consortium. Amyotroph Lateral Scler Frontotemporal Degener. 2019 ;20:432-440.

DOI

Restrained Th17 response and myeloid cell infiltration into the central nervous system by human decidua-derived mesenchymal stem cells during experimental autoimmune encephalomyelitis

Bravo B, Gallego MI, Flores AI; Bornstein R, Puente-Bedia A, Hernández J, de la Torre P, García-Zaragoza E, Pérez-Tavarez R, Grande J, Ballester A and Ballester S. Restrained Th17 response and myeloid cell infiltration into the central nervous system by human decidua-derived mesenchymal stem cells during experimental autoimmune encephalomyelitis. Stem Cell Research & Therapy (2016) 7, PMCID: PMC4797118 doi:10.1186/s13287-016-0304-5

PUBMED DOI

Internalization and toxicity of polystyrene nanoplastics on inmortalized human neural stem cells

González-Caballero, M.C.; de Alba-González, M.; Torres-Ruiz, M.; Iglesias-Hernández, P.; Zapata, V.; Terrón, M.C.; Sachse, M.; Morales, M.; Martin-Folgar, R.; Liste, I.; Cañas-Portilla, A.I. (2024). Internalization and toxicity of polystyrene nanoplastics on inmortalized human neural stem cells. Chemosphere. 355, 141815. doi: 10.1016/j.chemosphere.2024.141815.

DOI

Vitamin D induces SIRT1 activation through K610 deacetylation in colon cancer

García-Martínez JM, Chocarro-Calvo A, Gutiérrez-Salmerón M, Martinez-Useros J, Fernandez-Aceñedo MJ, Fiuza MC, Cáceres-Rentero J, De la Vieja A, Barbáchano A, Muñoz A, Larriba MJ, and García-Jiménez C*. Vitamin D induces SIRT1 activation through K610 deacetylation in colon cancer. eLife 2023. 12:RP86913. doi: 10.7554/eLife.86913. PMID: 37530744

PUBMED DOI

Hepatitis E Virus Seroprevalence is Associated with Neurodegenerative Disorders in Older People with Dementia: A Case-Control Study

Pérez-García F, Vázquez-Morón S, Burgueño-García I, Muñoz-Gómez MJ, Zea-Sevilla MA, Calero M, Martínez I, Rábano A, Resino S. Hepatitis E Virus Seroprevalence is Associated with Neurodegenerative Disorders in Older People with Dementia: A Case-Control Study. J Infect Dis. 2023 227(7):873-877. doi: 10.1093/infdis/jiac268.

DOI

Low Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells

Coronel R, Lopez-Alonso V, Gallego, M., Liste I. Low Levels of Amyloid Precursor Protein (APP) Promote Neurogenesis and Decrease Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Int J Mol Sci. 2023: 24(19):14635. Q1.

Multiplexed Biosensing Diagnostic Platforms Detecting Autoantibodies to Tumor-Associated Antigens from Exosomes Released by CRC Cells and Tissue Samples Showed High Diagnostic Ability for Colorectal Cancer

Ana Montero-Calle, Itziar Aranguren-Abeigon, María Garranzo-Asensio, Carmen Poves, María Jesús Fernández-Aceñero, Javier Martínez-Useros, Rodrigo Sanz, Jana Dziaková, Javier Rodriguez-Cobos, Guillermo Solís-Fernández, Eloy Povedano, Maria Gamella, Rebeca Magnolia Torrente-Rodríguez, Miren Alonso-Navarro, Vivian de los Ríos, J. Ignacio Casal, Gemma Domínguez, Ana Guzman-Aranguez, Alberto Peláez-García, José Manuel Pingarrón, Susana Campuzano, Rodrigo Barderas. Multiplexed Biosensing Diagnostic Platforms Detecting Autoantibodies to Tumor-Associated Antigens from Exosomes Released by CRC Cells and Tissue Samples Showed High Diagnostic Ability for Colorectal Cancer. Engineering 2021; 7:1393.

DOI

A hispanolone-derived diterpenoid inhibits M2-Macrophage polarization in vitro via JAK/STAT and attenuates chitin induced inflammation in vivo

Jiménez-García L; Higueras MA; Herranz S; Hernández-López M; Luque A; de las Heras B; Hortelano S. 2018. A hispanolone-derived diterpenoid inhibits M2-Macrophage polarization in vitro via JAK/STAT and attenuates chitin induced inflammation in vivo. Biochem Pharmacol. 2018 Aug;154:373-383. https://doi.org/10.1016/j.bcp.2018.06.002.

DOI

SPROUTY-2 and E-cadherin regulate reciprocally and dictate colon cancer cell tumourigenicity

Barbáchano A, Ordóñez-Morán P, García JM, Sánchez A, Pereira F, Larriba MJ, Martínez N, Hernández J, Landolfi S, Bonilla F, Pálmer HG, Rojas JM & Muñoz A. SPROUTY-2 and E-cadherin regulate reciprocally and dictate colon cancer cell tumourigenicity. Oncogene. 2010; 29:4800-13. doi:10.1038/onc.2010.225

DOI

Identification of AAV serotypes for lung gene therapy in human embryonic stem cell-derived lung organoids

Identification of AAV serotypes for lung gene therapy in human embryonic stem cell-derived lung organoids. Meyer-Berg H, Zhou Yang L, Pilar de Lucas M, Zambrano A, Hyde SC, Gill DR. Stem Cell Res Ther. 2020 Oct 23;11(1):448. doi: 10.1186/s13287-020-01950-x. PMID: 33097094; PMCID: PMC7582027.

PUBMED DOI

Implication of salivary lactoferrin and periodontal-mediated infections in Alzheimer's disease

Municio C, Carro E. Implication of salivary lactoferrin and periodontal-mediated infections in Alzheimer's disease. Neural Regen Res. 2023 Dec;18(12):2691-2692. doi: 10.4103/1673-5374.373712.

DOI

IDP-410: a Novel Therapeutic Peptide that Alters N-MYC Stability and Reduces Angiogenesis and Tumor Progression in Glioblastomas

Gargini R, Segura-Collar B, Garranzo-Asensio M, Hortigüela R, Iglesias-Hernández P, Lobato-Alonso D, Moreno-Raja M, Esteban-Martin S, Sepúlveda-Sánchez JM, Nevola L, Sánchez-Gómez P. (2022) IDP-410: a Novel Therapeutic Peptide that Alters N-MYC Stability and Reduces Angiogenesis and Tumor Progression in Glioblastomas. Neurotherapeutics. Jan;19(1):408-420. PMID: 35099769 doi: 10.1007/s13311-021-01176-6

DOI

European mitochondrial haplogroups are associated with CD4+ T cell recovery in HIV-infected patients on combination antiretroviral therapy

European mitochondrial haplogroups are associated with CD4+ T cell recovery in HIV-infected patients on combination antiretroviral therapy. María Guzmán Fulgencio; Juan Berenguer; Dariela Micheloud; Amanda Fernández Rodríguez; Mónica García Álvarez; María Angeles Jiménez Sousa; José María Bellón; Yolanda Campos; Jaime Cosín; Teresa Aldámiz Echevarría; Pilar Catalán; Juan Carlos López; Salvador Resino. The Journal of antimicrobial chemotherapy. 2013; 68: 2349 - 2406. DOI: 10.1093/jac/dkt206

DOI

Comparative assessment of PDE 4 and 7 inhibitors as therapeutic agents in experimental autoimmune encephalomyelitis

González-García C, Bravo B, Ballester A, Gómez-Pérez R, Eguiluz C, Redondo M, Martínez A, Gil C and Ballester S. Comparative assessment of PDE 4 and 7 inhibitors as therapeutic agents in experimental autoimmune encephalomyelitis British Journal of Pharmacology (2013) 170-3, pp.602-613. PMCID: PMC3791998 doi:10.1111/bph.12308

PUBMED DOI

Molecular effects of polystyrene nanoplastics on human neural stem cells

Martin-Folgar, R.; González-Caballero, M.C.; Torres-Ruiz, M.; Cañas-Portilla, A.I.; de Alba-González, M.; Liste, I.; Morales, M. (2024). Molecular effects of polystyrene nanoplastics on human neural stem cells. PLoS One. 19, e0295816. doi: 10.1371/journal.pone.0295816.

DOI

Validation of dynamic risk stratification and impact of BRAF in risk assessment of thyroid cancer, a nation-wide multicenter study

Perez-Fernandez L, Sastre-Marcos J, Zafón C, Oleaga A, Castelblanco E, Capel I, Galofré JC, Guadalix S, De la Vieja A, and Riesco-Eizaguirre G*. Validation of dynamic risk stratification and impact of BRAF in risk assessment of thyroid cancer, a nation-wide multicenter study. Frontiers in Endocrinology 2023. 13:1071775. doi: 10.3389/fendo.2022.1071775. PMID: 36714606.

PUBMED DOI

Identification of Clusterin as a Major ABri- and ADan-Binding Protein Using Affinity Chromatography

Rostagno A, Calero M, Ghiso J. Identification of Clusterin as a Major ABri- and ADan-Binding Protein Using Affinity Chromatography. Methods Mol Biol. 2022 2466:49-60. doi: 10.1007/978-1-0716-2176-9_4.

DOI

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

Noticias:

Sesiones comunicativas del grupo:

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .