Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Liste I Amyloid Precursor Protein (APP) Regulates Gliogenesis and Neurogenesis of Human Neural Stem Cells by Several Signaling Pathways
Coronel R, Bernabeu-Zornoza A, Palmer C, González R, Mateos P, Rosca A., Lopez-Alonso V, Liste I Amyloid Precursor Protein (APP) Regulates Gliogenesis and Neurogenesis of Human Neural Stem Cells by Several Signaling Pathways, Int J Mol Sci. 2023: 24(16):12964. Q1.
In-depth proteomics characterization of ∆Np73 effectors identifies key proteins with diagnostic potential implicated in lymphangiogenesis, vasculogenesis and metastasis in colorectal cancer
Garranzo-Asensio M, Rodríguez-Cobos J, San Millán C, Poves C, Fernández-Aceñero MJ, Pastor-Morate D, Viñal D, Montero-Calle A, Solís-Fernández G, Ceron MA, Gámez-Chiachio M, Rodríguez N, Guzmán-Aránguez A, Barderas R, Domínguez G. In-depth proteomics characterization of ∆Np73 effectors identifies key proteins with diagnostic potential implicated in lymphangiogenesis, vasculogenesis and metastasis in colorectal cancer. Molecular Oncology 2022; 16: 2672.
DOIScreening Assays to Characterize Novel Endothelial Regulators Involved in the Inflammatory Response
MA Higueras; L Jiménez-García; S Herranz; S Hortelano; A Luque. 2017. Screening Assays to Characterize Novel Endothelial Regulators Involved in the Inflammatory Response. J Vis Exp. 2017 Sep 15;(127). https://doi.org/10.3791/55824.
DOIThe C-terminus of H-Ras as a target for the covalent binding of reactive compounds modulating Rasdependent pathways
Oeste CL, Díez-Dacal B, Bray F, García de Lacoba M, de la Torre BG, Andreu D, Ruiz-Sánchez AJ, Pérez-Inestrosa E, García-Domínguez CA, Rojas, JM & Pérez-Sala D. The C-terminus of H-Ras as a target for the covalent binding of reactive compounds modulating Rasdependent pathways. PloS ONE. 2011; 6(1): e15866. doi:10.1371/journal.pone.0015866
DOIPhysiological and pathological effects of amyloid-β species in neural stem cell biology
Physiological and pathological effects of amyloid-β species in neural stem cell biology. Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Monteagudo M, Zambrano A, Liste I. Neural Regen Res. 2019 Dec;14(12):2035-2042. doi: 10.4103/1673-5374.262571. PMID: 31397330; PMCID: PMC6788229.
PUBMED DOILactoferrin as Immune-Enhancement Strategy for SARS-CoV-2 Infection in Alzheimer's Disease Patients
Bartolomé F, Rosa L, Valenti P, Lopera F, Hernández-Gallego J, Cantero JL, Orive G, Carro E. Lactoferrin as Immune-Enhancement Strategy for SARS-CoV-2 Infection in Alzheimer's Disease Patients. Front Immunol. 2022 Apr 25;13:878201. doi: 10.3389/fimmu.2022.878201
DOINetrin-1 in Glioblastoma Neovascularization: The New Partner in Crime?
Vásquez X, Sánchez-Gómez P*, Palma V*. (* Co-corresponding author) (2021) Netrin-1 in Glioblastoma Neovascularization: The New Partner in Crime? Int J Mol Sci. 2021 Jul 31;22(15):8248. PMID: 34361013 doi: 10.3390/ijms22158248.
DOIMitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes• Mitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes
Mitochondrial haplogroups are associated with clinical pattern of AIDS progression in HIV-infected patients. Journal of acquired immune deficiency syndromes. María Guzmán Fulgencio; José Luis Jiménez; Mónica García Álvarez; José María Bellón; Amanda Fernández Rodriguez; Yolanda Campos; Carmen Rodríguez; Juan González Garcia; Melchor Riera; Pompeyo Viciana; Ma Ángeles Muñoz Fernández; Salvador Resino. J Acquir Immune Defic Syndr. 2013 ;63:178-83. DOI: 10.1097/QAI.0b013e3182893f74
DOICombined use of pharmacophoric models together with drug metabolism and genotoxicity "in silico" studies in the hit finding process
Jerez MJ, Jerez M, González-García C, Ballester S and Castro A. Combined use of pharmacophoric models together with drug metabolism and genotoxicity "in silico" studies in the hit finding process. Journal of Computer-Aided Molecular Design (2013) 27-1, pp.79-90. ISSN 1573-4951 doi:10.1007/s10822-012-9627-1
PUBMED DOIBasolateral sorting of the sodium iodide symporter (NIS) is mediated by AP-1 clathrin adaptor complexes
Koumarianou P, Fernández-Méndez C, Mielu LM, Fajardo-Delgado D, Santisteban P* and De la Vieja A*. Basolateral sorting of the sodium iodide symporter (NIS) is mediated by AP-1 clathrin adaptor complexes. Thyroid 2022. doi: 10.1089/thy.2022.0163. PMID: 35833460. NOTA: Artículo seleccionado para portada de la revista.
PUBMED DOIIntensity distribution segmentation in ultrafast Doppler combined with scanning laser confocal microscopy for assessing vascular changes associated with ageing in murine hippocampi
Anzibar Fialho M, Vázquez Alberdi L, Martínez M, Calero M, Baranger J, Tanter M, Damián JP, Negreira C, Rubido N, Kun A, Brum J. Intensity distribution segmentation in ultrafast Doppler combined with scanning laser confocal microscopy for assessing vascular changes associated with ageing in murine hippocampi. Sci Rep. 2022 12(1):6784. doi: 10.1038/s41598-022-10457-9. Erratum in: Sci Rep. 2022 10;12(1):7626.
DOIAge-dependent nasal immune responses in non-hospitalized bronchiolitis children
Cortegano I, Rodriguez M, Hernan-Gomez S, Arrabal A, Garcia-Vao C, Rodriguez J, et al. Age-dependent nasal immune responses in non-hospitalized bronchiolitis children. Front Immunol. 2022;13:1011607. Q1.
Structural and mechanistic insights into Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase
Dubach VRA, San Segundo-Acosta P, Murphy BJ. Structural and mechanistic insights into Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase. Nature Structural & Molecular Biology. 2024
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L Jiménez-García; PG Través; R López-Fontal; S Herranz; MA Higueras; B de las Heras; S Hortelano; A Luque. 2016. 8,9-dehydrohispanolone-15,16-lactol diterpene prevents LPS-triggered inflammatory response by inhibiting endothelial activation. Biochem J. 2016 Jul 15;473(14):2061-71. https://doi.org/10.1042/BCJ20160343.
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García-Domínguez CA, Martínez N, Gragera T, Pérez-Rodríguez A, Retana D, León G, Sánchez A, Oliva JL, Pérez-Sala D & Rojas JM. Sprouty2 and Spred1-2 proteins inhibit the activation of the ERK pathway elicited by cyclopentenone prostanoids. PloS ONE. 2011; 6(2): e16787. doi:10.1371/journal.pone.0016787
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Effects of chlorpyrifos on cell death and cellular phenotypic specification of human neural stem cells. Sandoval L, Rosca A, Oniga A, Zambrano A, Ramos JJ, González MC, Liste I, Motas M. Sci Total Environ. 2019 Sep 15;683:445-454. doi: 10.1016/j.scitotenv.2019.05.270. Epub 2019 May 20. PMID: 31136966
PUBMED DOILow levels of amyloid precursor protein (APP) promote neurogenesis and decrease gliogenesis in human neural stem cells
Coronel, R.; López-Alonso, V.; Gallego, M.I.; Liste, I. (2023). Low levels of amyloid precursor protein (APP) promote neurogenesis and decrease gliogenesis in human neural stem cells. Int J Mol Sci. 24, 14635. doi: 10.3390/ijms241914635.
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Carrero L, Antequera D, Alcalde I, Megías D, Figueiro-Silva J, Merayo-Lloves J, Municio C, Carro E. Disturbed circadian rhythm and retinal degeneration in a mouse model of Alzheimer's disease. Acta Neuropathol Commun. 2023 Mar 31;11(1):55. doi: 10.1186/s40478-023-01529-6.
DOITumor-derived pericytes driven by EGFR mutations govern the vascular and immune microenvironment of gliomas
Segura-Collar B, Garranzo-Asensio M, Herranz B, Hernández-SanMiguel E, Cejalvo T, Casas BS, Matheu A, Pérez-Núñez Á, Sepúlveda-Sánchez JM, Hernández-Laín A, Palma V, Gargini R, Sánchez-Gómez P. (2021) Tumor-derived pericytes driven by EGFR mutations govern the vascular and immune microenvironment of gliomas. Cancer Res. 81(8):2142-2156. PMID: 33593822 doi: 10.1158/0008-5472.CAN-20-3558
DOIClinical and cellular consequences of the mutation m.12300G>A in the mitochondrial tRNA(Leu(CUN)
Clinical and cellular consequences of the mutation m.12300G>A in the mitochondrial tRNA(Leu(CUN). Martín Jiménez, R.; Martín Hernández, E.; Cabello, A.;García Silva, MT.; Arenas, J.; Campos, Y. 2012. Mitochondrion. 12: 288-293. DOI: 10.1016/j.mito.2011.10.004
DOIContenidos con Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
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22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871