Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Intraepithelial paracrine Hedgehog signaling induces the expansion of ciliated cells that express diverse progenitor cell markers in the basal epithelium of the mouse mammary gland
García-Zaragoza, E.; Pérez-Tavarez, R.; Ballester, A.; Lafarga, V.; Jiménez- Reinoso, A.; Jiménez-Reinoso, A.; Ramírez, A.; Murillas, R. and Gallego, M.I. Intraepithelial paracrine Hedgehog signaling induces the expansion of ciliated cells that express diverse progenitor cell markers in the basal epithelium of the mouse mammary gland. Dev. Biol. (2012) 372-1, pp.28-44. PMID: 23000969 doi:10.1016/j.ydbio.2012.09.005
PUBMED DOIMesenchymal Stem Cells delivery in individuals with different pathologies. Multimodal tracking, safety and future applications
Belmar-López C, Vassaux G, Medel-Martinez A, Burnet J, Quintanilla M, Ramón Y Cajal S, Hernandez-Losa J, De la Vieja A*, and Martin-Duque P*. Mesenchymal Stem Cells delivery in individuals with different pathologies. Multimodal tracking, safety and future applications. International Journal of Molecular Sciences 2022 Jan 31;23(3):1682. doi: 10.3390/ijms23031682. PMID: 35163605
PUBMED DOICurcumin and Ethanol Effects in Trembler-J Schwann Cell Culture
Vázquez Alberdi L, Rosso G, Velóz L, Romeo C, Farias J, Di Tomaso MV, Calero M, Kun A. Curcumin and Ethanol Effects in Trembler-J Schwann Cell Culture. Biomolecules. 2022 12(4):515. doi: 10.3390/biom12040515.
DOITelomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data
Al Khleifat A, Iacoangeli A, Jones AR, van Vugt J, Moisse M, Shatunov A, et al. Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data. Front Cell Neurosci. 2022;16:1050596. Q1.
Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data
Al Khleifat A, Iacoangeli A, Jones AR, van Vugt J, Moisse M, Shatunov A, et al. Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data. Front Cell Neurosci. 2022;16:1050596. Q1.
An HPF1/PARP1-Based Chemical Biology Strategy for Exploring ADP-Ribosylation
Bonfiglio JJ, Leidecker O, Dauben H, Longarini EJ, Colby T, San Segundo-Acosta P, Perez KA, Matic I. An HPF1/PARP1-Based Chemical Biology Strategy for Exploring ADP-Ribosylation. Cell. 2020; 183:1086-1102.e23.
DOIRegulation of endothelial dynamics by PGC-1alpha relies on ROS control of VEGF-A signaling Free Radic Biol Med
I Prieto; C Sánchez-Ramos; A Luque; E Arza; Y Olmos; M Monsalve. (3/6). 2016. Regulation of endothelial dynamics by PGC-1alpha relies on ROS control of VEGF-A signaling Free Radic Biol Med. 2016 Apr;93:41-51. https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2016.01.021
DOISos GEFs: old concepts and new perspectives
Rojas JM, Oliva JL & Santos E. Mammalian Sos GEFs: old concepts and new perspectives. Genes & Cancer. 2011; 2: 298-305. doi: 10.1177/1947601911408078
DOIEarly induction of senescence and immortalization in PGC-1α-deficient mouse embryonic fibroblasts
Early induction of senescence and immortalization in PGC-1α-deficient mouse embryonic fibroblasts. Prieto I, Zambrano A, Laso J, Aranda A, Samper E, Monsalve M. Free Radic Biol Med. 2019 Jul;138:23-32. doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2019.04.015. Epub 2019 Apr 25. PMID: 31029787.
PUBMED DOIAmyloid precursor protein (APP) regulates gliogenesis and neurogenesis of human neural stem cells by several signaling pathways
Coronel, R.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; González-Sastre, R.; Rosca, A.; Mateos-Martínez, P.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2023). Amyloid precursor protein (APP) regulates gliogenesis and neurogenesis of human neural stem cells by several signaling pathways. Int J Mol Sci. 24, 12964. doi: 10.3390/ijms241612964.
DOIAltered Clock Gene Expression in Female APP/PS1 Mice and Aquaporin-Dependent Amyloid Accumulation in the Retina
Carrero L, Antequera D, Alcalde I, Megias D, Ordoñez-Gutierrez L, Gutierrez C, Merayo-Lloves J, Wandosell F, Municio C, Carro E. Altered Clock Gene Expression in Female APP/PS1 Mice and Aquaporin-Dependent Amyloid Accumulation in the Retina. Int J Mol Sci. 2023 Oct 27;24(21):15679. doi: 10.3390/ijms242115679.
DOIBlood-Brain Barrier Disruption: A Common Driver of Central Nervous System Diseases
Segura-Collar B, Mata-Martínez P, Hernández-Laín A, Sánchez-Gómez P*, Gargini R*. (* co-corresponding) (2021) Blood-Brain Barrier Disruption: A Common Driver of Central Nervous System Diseases. The Neuroscientist. Jan 15: 1073858420985838. PMID: 33446074 doi: 10.1177/1073858420985838
DOIProteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology
Montero-Calle, A.; Coronel, R.; Garranzo-Asensio, M.; Solís-Fernández, G.; Rábano, A.; de los Ríos, V.; Fernández-Aceñero, M.J.; Mendes, M.L.; Martínez-Useros, J.; Megías, D.; Moreno-Casbas, M.T.; Peláez-García, A.; Liste, I.; Barderas, R. (2023). Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology. Cell Mol Life Sci. 80, 141. doi: 10.1007/s00018-023-04791-y
DOIHuman immunodeficiency virus type 1 chronic infection is associated with different gene expression in MT-4, H9 and U937 cell lines
Olivares I, Ballester A, Lombardia L, Domínguez O and López-Galíndez C. Human immunodeficiency virus type 1 chronic infection is associated with different gene expression in MT-4, H9 and U937 cell lines. Virus research (2009) 139-1, pp.22-31. ISSN0168-1702 doi:10.1016/j.virusres.2008.09.010
PUBMED DOIThe complex regulation of NIS expression and activity in thyroid and extrathyroidal tissues
Riesco-Eizaguirre G*, Santisteban P and De la Vieja A*. The complex regulation of NIS expression and activity in thyroid and extrathyroidal tissues. Endocrine-Related Cancer 2021 28(10):T141-T165. PMID: 34387194. doi: 10.1530/ERC-21-0217
DOINew insights into the genetic etiology of Alzheimer's disease and related dementias
Bellenguez et al. New insights into the genetic etiology of Alzheimer's disease and related dementias. Nat Genet. 2022 54(4):412-436. doi: 10.1038/s41588-022-01024-z.
DOIMetabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer
Montero-Calle A, Gomez de Cedron M, Quijada-Freire A, Solis-Fernandez G, Lopez-Alonso V, Espinosa-Salinas I, et al. Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer. Front Oncol. 2022;12:903033. Q1
Multiplexed monitoring of a novel autoantibody diagnostic signature of colorectal cancer using HaloTag technology-based electrochemical immunosensing platform
Garranzo-Asensio M, Guzmán-Aránguez A, Povedano E, Ruiz-Valdepeñas Montiel V, Poves C, Fernandez-Aceñero MJ, Montero-Calle A, Solís-Fernández G, Fernandez-Diez S, Camps J, Arenas M, Rodríguez-Tomàs E, Joven J, Sanchez-Martinez M, Rodriguez N, Dominguez G, Yáñez-Sedeño P, Pingarrón JM, Campuzano S, Barderas R. Multiplexed monitoring of a novel autoantibody diagnostic signature of colorectal cancer using HaloTag technology-based electrochemical immunosensing platform. Theranostics 2020; 10(7):3022-3034.
DOIIntersectin 1 enhances Cbl ubiquitylation of epidermal growth factor receptor through regulation of Sprouty2-Cbl interaction
Okur MN, Zhu JO, Fong CW, Martinez N, Garcia-Dominguez C, Rojas JM, Guy G & O'Bryan J. Intersectin 1 enhances Cbl ubiquitylation of epidermal growth factor receptor through regulation of Sprouty2-Cbl interaction. Molecular and Cellular Biology. 2012; 32(4):817-25. doi:10.1128/MCB.05647-11
DOITumor suppressor ARF regulates tissue microenvironment and tumorgrowth through modulation of macrophage polarization Oncotarget
L Jiménez-García; S Herranz; MA Higueras; (AC); A Luque; S Hortelano. 2016. Tumor suppressor ARF regulates tissue microenvironment and tumorgrowth through modulation of macrophage polarization Oncotarget. 2016 Oct 11;7(41):66835-66850. https://doi.org/10.18632/oncotarget.11652.
DOIContenidos con Investigacion .
-
Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
-
Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
-
Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
-
Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
-
-
Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
-
11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
-
09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
-
24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
-
22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871