Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells
Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Calero M, Martínez-Serrano A, Cano E, Zambrano A, Liste I. Mol Neurobiol. 2019 Jun;56(6):4023-4036. doi: 10.1007/s12035-018-1355-7. Epub 2018 Sep 27. PMID: 30259399.
PUBMED DOIReduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease
Antequera D, Carrero L, Gonzalez-Sanchez M, Cantero JL, Orive G, Municio C, Carro E. Reduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease. Aging Dis. 2024 May 7;15(3):945-947. doi: 10.14336/AD.2023.0819.
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DOIEuropean mitochondrial DNA haplogroups and liver fibrosis in HIV and hepatitis C virus coinfected patients
European mitochondrial DNA haplogroups and liver fibrosis in HIV and hepatitis C virus coinfected patients. García-Álvarez M, Guzmán-Fulgencio M, Berenguer J, Micheloud D, Campos Y, López JC, Cosín J, Miralles P, Alvarez E, Resino S. AIDS. 2011;25:1619-926. DOI: 10.1097/QAD.0b013e328349820f
DOINeurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide
Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Martín, A.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2022). Neurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide. Int J Mol Sci. 23, 5820. doi: 10.3390/ijms23105820.
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Torres-Ruiz M*, De la Vieja A, Gonzalez MD, Lopez ME, Castaño-Calvo A, Cañas-Portilla AI. Toxicity of nanoplastics for zebrafish embryos, what we know and where to go next. Science of the Total Environment 2021 797:149125. PMID: 34346375. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.149125
DOIColocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice
Di Tomaso MV, Vázquez Alberdi L, Olsson D, Cancela S, Fernández A, Rosillo JC, Reyes Ábalos AL, Álvarez Zabaleta M, Calero M, Kun A. Colocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice. Biomolecules. 2022 12(3):456. doi: 10.3390/biom12030456.
DOIThe transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence
Garcia-Corzo L, Calatayud-Baselga I, Casares-Crespo L, Mora-Martinez C, Julian Escribano-Saiz J, Hortiguela R, et al. The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence. Front Cell Dev Biol. 2022;10:912319. Q1
ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology.
Pastor-Morate D, Amigo-Morán L, Garranzo-Asensio M, Rejas-González R, Carnicero P, Rodríguez N, Pérez-Robledo JP, Barderas R, Prieto-Nieto I, Domínguez G. ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology. 2024;263:328.
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Sánchez-Molina S, Estarás C, Oliva JL, Akizu N, Asensio-Juan E, Rojas JM & Martínez-Balbás MA. Regulation of CBP andTip60 coordinates histone acetylation at local and global level during Ras-induced transformation. Carcinogenesis 2014; 35(10):2194-202. doi:10.1093/carcin/bgu111
DOIEstablishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish
A Luque; A González-Granja; L González; C Tafalla. 2014. Establishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish Immunol. 2014 May;38(1):255-64. https://doi.org/10.1016/j.fsi.2014.03.027.
DOIRole of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells
Coronel R, Bernabeu-Zornoza A, Palmer C, Muñiz-Moreno M, Zambrano A, Cano E, Liste I. Mol Neurobiol. 2018 Sep;55(9):7107-7117. doi: 10.1007/s12035-018-0914-2. Epub 2018 Jan 30. PMID: 29383688
PUBMED DOIEpigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease
Alves VC, Figueiro-Silva J, Ferrer I, Carro E. Epigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease. Cell Mol Life Sci. 2023 Jul 5;80(8):196. doi: 10.1007/s00018-023-04845-1.
DOISynthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors
Castaño T, Wang H, Campillo NE, Ballester S, González-García C, Hernández J, Pérez C, Cuenca J, Pérez-Castillo A, Martínez A, Huertas O, Gelpí JL, Luque FJ, Ke H and Gil C. Synthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors. ChemMedChem. (2009) 4-5, pp.866-876.PMCID: PMC2952885 doi:10.1002/cmdc.200900043
PUBMED DOICellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target
Gargini R, Segura-Co llar B, Sánchez-Gómez P. (2020) Cellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target. Cancers. 12(6): E1622. PMID: 32570988 doi: 10.3390/cancers12061622
DOIOligomeric and fibrillar species of Aβ42 diversely affect human neural stem cells
Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2021). Oligomeric and fibrillar species of Aβ42 diversely affect human neural stem cells. Int J Mol Sci. 22, 9537. doi: 10.3390/ijms22179537.
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De la Vieja A* and Riesco-Eizaguirre G. Radio-Iodide Treatment: From Molecular Aspects to the Clinical View. Cancers 2021 13(5):995. PMID: 33673669. doi: 10.3390/cancers13050995
DOIBlood DNAMethylation Patterns in Older Adults With Evolving Dementia
Pérez RF, Alba-Linares JJ, Tejedor JR, Fernández AF, Calero M, Román-Domínguez A, Borrás C, Viña J, Ávila J, Medina M, Fraga MF. Blood DNAMethylation Patterns in Older Adults With Evolving Dementia. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 2022 77(9):1743-1749. doi: 10.1093/gerona/glac068.
DOIPrevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain
Varsaki A, Ortiz S, Santorum P, López P, López-Alonso V, Hernández M, Abad D, Rodríguez-Grande J, Ocampo-Sosa AA, Martínez-Suárez JV. Prevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain. Animals (Basel). 2022 Sep 19;12(18):2477. Q1
Contenidos con Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
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22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871