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Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

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  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     

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New insights into the genetic etiology of Alzheimer's disease and related dementias

Bellenguez et al. New insights into the genetic etiology of Alzheimer's disease and related dementias. Nat Genet. 2022 54(4):412-436. doi: 10.1038/s41588-022-01024-z.

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Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer

Montero-Calle A, Gomez de Cedron M, Quijada-Freire A, Solis-Fernandez G, Lopez-Alonso V, Espinosa-Salinas I, et al. Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer. Front Oncol. 2022;12:903033. Q1

Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology

Montero-Calle, A.; Coronel, R.; Garranzo-Asensio, M.; Solís-Fernández, G.; Rábano, A.; de los Ríos, V.; Fernández-Aceñero, M.J.; Mendes, M.L.; Martínez-Useros, J.; Megías, D.; Moreno-Casbas, M.T.; Peláez-García, A.; Liste, I.; Barderas, R. (2023). Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology. Cell Mol Life Sci. 80, 141. doi: 10.1007/s00018-023-04791-y

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Human immunodeficiency virus type 1 chronic infection is associated with different gene expression in MT-4, H9 and U937 cell lines

Olivares I, Ballester A, Lombardia L, Domínguez O and López-Galíndez C. Human immunodeficiency virus type 1 chronic infection is associated with different gene expression in MT-4, H9 and U937 cell lines. Virus research (2009) 139-1, pp.22-31. ISSN0168-1702 doi:10.1016/j.virusres.2008.09.010

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Reduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease

Antequera D, Carrero L, Gonzalez-Sanchez M, Cantero JL, Orive G, Municio C, Carro E. Reduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease. Aging Dis. 2024 May 7;15(3):945-947. doi: 10.14336/AD.2023.0819.

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Regulation of CBP andTip60 coordinates histone acetylation at local and global level during Ras-induced transformation

Sánchez-Molina S, Estarás C, Oliva JL, Akizu N, Asensio-Juan E, Rojas JM & Martínez-Balbás MA. Regulation of CBP andTip60 coordinates histone acetylation at local and global level during Ras-induced transformation. Carcinogenesis 2014; 35(10):2194-202. doi:10.1093/carcin/bgu111

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ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology.

Pastor-Morate D, Amigo-Morán L, Garranzo-Asensio M, Rejas-González R, Carnicero P, Rodríguez N, Pérez-Robledo JP, Barderas R, Prieto-Nieto I, Domínguez G. ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology. 2024;263:328.

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Establishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish

A Luque; A González-Granja; L González; C Tafalla. 2014. Establishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish Immunol. 2014 May;38(1):255-64. https://doi.org/10.1016/j.fsi.2014.03.027.

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Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells

Coronel R, Bernabeu-Zornoza A, Palmer C, Muñiz-Moreno M, Zambrano A, Cano E, Liste I. Mol Neurobiol. 2018 Sep;55(9):7107-7117. doi: 10.1007/s12035-018-0914-2. Epub 2018 Jan 30. PMID: 29383688

PUBMED DOI

Cellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target

Gargini R, Segura-Co llar B, Sánchez-Gómez P. (2020) Cellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target. Cancers. 12(6): E1622. PMID: 32570988 doi: 10.3390/cancers12061622

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Toxicity of nanoplastics for zebrafish embryos, what we know and where to go next

Torres-Ruiz M*, De la Vieja A, Gonzalez MD, Lopez ME, Castaño-Calvo A, Cañas-Portilla AI. Toxicity of nanoplastics for zebrafish embryos, what we know and where to go next. Science of the Total Environment 2021 797:149125. PMID: 34346375. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.149125

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Colocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice

Di Tomaso MV, Vázquez Alberdi L, Olsson D, Cancela S, Fernández A, Rosillo JC, Reyes Ábalos AL, Álvarez Zabaleta M, Calero M, Kun A. Colocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice. Biomolecules. 2022 12(3):456. doi: 10.3390/biom12030456.

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The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence

Garcia-Corzo L, Calatayud-Baselga I, Casares-Crespo L, Mora-Martinez C, Julian Escribano-Saiz J, Hortiguela R, et al. The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence. Front Cell Dev Biol. 2022;10:912319. Q1

Neurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide

Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Martín, A.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2022). Neurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide. Int J Mol Sci. 23, 5820. doi: 10.3390/ijms23105820.

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Synthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors

Castaño T, Wang H, Campillo NE, Ballester S, González-García C, Hernández J, Pérez C, Cuenca J, Pérez-Castillo A, Martínez A, Huertas O, Gelpí JL, Luque FJ, Ke H and Gil C. Synthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors. ChemMedChem. (2009) 4-5, pp.866-876.PMCID: PMC2952885 doi:10.1002/cmdc.200900043

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Epigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease

Alves VC, Figueiro-Silva J, Ferrer I, Carro E. Epigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease. Cell Mol Life Sci. 2023 Jul 5;80(8):196. doi: 10.1007/s00018-023-04845-1.

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Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis

Montero-Calle A, Jiménez de Ocaña S, Benavente-Naranjo R, Rejas-González R, Bartolomé RA, Martínez-Useros J, Sanz R, Dziaková J, Fernández-Aceñero MJ, Mendiola M, et al. Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis. Cells. 2023; 12:2548.

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Beta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism

Zovein AC, Luque A, Turlo KA, Hofmann JJ, Yee KM, Becker MS, Fassler R, Mellman I, Lane TF, Iruela-Arispe ML. Beta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism. Dev Cell. 2010 Jan 19;18(1):39-51. Los dos mpriemros autores han contribuido igualmente en este trabajo. doi: 10.1016/j.devcel.2009.12.006.

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Effects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids

Effects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids. Magro-Lopez E, Palmer C, Manso J, Liste I, Zambrano A. Stem Cell Res Ther. 2018 Jul 11;9(1):186. doi: 10.1186/s13287-018-0943-9. PMID: 29996941; PMCID: PMC6042463.

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Detrimental pro-senescence effects of vitamin D on lung fibrosis

Guijarro T, Magro-Lopez E, Manso J, Garcia-Martinez R, Fernandez-Aceñero MJ, Liste I, Zambrano A. Mol Med. 2018 Dec 19;24(1):64. doi: 10.1186/s10020-018-0064-z. PMID: 30567504; PMCID: PMC6299997.

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Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

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