Protegemos tu salud a través de la Ciencia
Investigación
Biología Computacional
Líneas de investigación
Contenidos con Investigacion .
Biología Computacional
- Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada.
- Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.
Proyectos de investigación
Contenidos con Investigacion .
- 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
- 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
- 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
- 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
- From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
- 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
- 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
- 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM. PI JM Rojas.
- 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
- 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
- 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
- 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
- 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
Publicaciones destacadas
Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis
Montero-Calle A, Jiménez de Ocaña S, Benavente-Naranjo R, Rejas-González R, Bartolomé RA, Martínez-Useros J, Sanz R, Dziaková J, Fernández-Aceñero MJ, Mendiola M, et al. Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis. Cells. 2023; 12:2548.
DOIShoc2/Sur8 protein regulates neurite outgrowth
León G, Sánchez-Ruiloba L, Perez-Rodriguez A, Gragera T, Martinez N, Hernandez S, Anta B, Calero O, Garcia-Domínguez CA, Dura LM, Peña-J Jimenez D, Castro J, Zarich N, Sanchez-Gomez P, Calero M, Iglesias T, Oliva JL & Rojas JM. Shoc2/Sur8 protein regulates neurite outgrowth. PloS ONE. 2014; 9(12):e114837. doi:10.1371/journal.pone.0114837
DOIBeta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism
Zovein AC, Luque A, Turlo KA, Hofmann JJ, Yee KM, Becker MS, Fassler R, Mellman I, Lane TF, Iruela-Arispe ML. Beta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism. Dev Cell. 2010 Jan 19;18(1):39-51. Los dos mpriemros autores han contribuido igualmente en este trabajo. doi: 10.1016/j.devcel.2009.12.006.
DOIEffects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids
Effects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids. Magro-Lopez E, Palmer C, Manso J, Liste I, Zambrano A. Stem Cell Res Ther. 2018 Jul 11;9(1):186. doi: 10.1186/s13287-018-0943-9. PMID: 29996941; PMCID: PMC6042463.
PUBMED DOISalivary Lactoferrin Expression in a Mouse Model of Alzheimer's Disease
Antequera D, Moneo D, Carrero L, Bartolome F, Ferrer I, Proctor G, Carro E. Salivary Lactoferrin Expression in a Mouse Model of Alzheimer's Disease. Front Immunol. 2021 Sep 30;12:749468. doi: 10.3389/fimmu.2021.749468.
DOIBeta interferon restricts the inflammatory potential of CD4+ cells through the boost of the Th2 phenotype, the inhibition of Th17 response and the prevalence of naturally occurring T regulatory cells
Martín-Saavedra FM, González-García C, Bravo B and Ballester S. Beta interferon restricts the inflammatory potential of CD4+ cells through the boost of the Th2 phenotype, the inhibition of Th17 response and the prevalence of naturally occurring T regulatory cells. Molecular Immunology (2008)45-15, pp.4008-4019. ISSN 0161-5890 doi:10.1016/j.molimm.2008.06.006
PUBMED DOIThe IDH-Tau-EGFR triad defines the neovascular landscape of diffuse gliomas by controlling mesenchymal differentiation
Gargini R*, Segura-Collar B*, Hernández-SanMiguel E, Garcia-Escudero V, Romero-Bravo A, Herránz B, Núñez FJ, Cantero D, García-Pérez D, Ayuso-Sacido A, Seoane J, Sepúlveda-Sánchez JM, Hernández-Laín A, Castro MG, García-Escudero R, Ávila J* and Sánchez-Gómez P*. (* Co-corresponding author) (* Co-1st author) (2020) The IDH-Tau-EGFR triad defines the neovascular landscape of diffuse gliomas by controlling mesenchymal differentiation. Sci. Transl. Med.12 (527). PMID: 31969485 doi: 10.1126/scitranslmed.aax1501
DOIAβ42 peptide promotes proliferation and gliogenesis in human neural stem cells
Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Calero, M.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Zambrano, A.; Liste, I. (2019). Aβ42 peptide promotes proliferation and gliogenesis in human neural stem cells. Mol Neurobiol. 56, 4023-4036. doi: 10.1007/s12035-018-1355-7.
DOIDiagnostic accuracy of cerebrospinal fluid biomarkers in genetic prion diseases
Schmitz M, Villar-Piqué A, Hermann P, Escaramís G, Calero M, Chen C, Kruse N, Cramm M, Golanska E, Sikorska B, Liberski PP, Pocchiari M, Lange P, Stehmann C, Sarros S, Martí E, Baldeiras I, Santana I, Žáková D, Mitrová E, Dong XP, Collins S, Poleggi A, Ladogana A, Mollenhauer B, Kovacs GG, Geschwind MD, Sánchez-Valle R, Zerr I, Llorens F. Diagnostic accuracy of cerebrospinal fluid biomarkers in genetic prion diseases. Brain. 2022 145(2):700-712. doi: 10.1093/brain/awab350.
DOIAnchorage of VEGF to the extracellular matrix conveys differential signaling responses to endothelial cells
TT Chen; A Luque; S Lee; SM Anderson; T Segura; ML Iruela-Arispe. 2010. Anchorage of VEGF to the extracellular matrix conveys differential signaling responses to endothelial cells. J Cell Biol. 2010 Feb 22;188(4):595-609. https://doi.org/10.1083/jcb.200906044.
DOINeurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide
Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Lopez-Alonso V, Liste I. Neurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 5820. Q1
Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer
Montero-Calle A, Gomez de Cedron M, Quijada-Freire A, Solís-Fernandez G, López-Alonso V, Espinosa-Salinas I, Pelaez-García A, Fernandez-Aceñero MJ, Ramírez de Molina A, Barderas R. Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer. Front. Oncol. 2022; 12
DOISPROUTY-2 represses the epithelial phenotype of colon carcinoma cells via upregulation of ZEB1 mediated by ETS1 and miR-200/miR-150
Barbáchano A, Fernández-Barral A, Pereira F, Segura MF, Ordóñez-Morán P, Carrillo-de Santa Pau E, González-Sancho JM, Hanniford D, Martínez N, Costales-Carrera A, Real FX, Pálmer HG, Rojas JM, Hernando E & Muñoz A. SPROUTY-2 represses the epithelial phenotype of colon carcinoma cells via upregulation of ZEB1 mediated by ETS1 and miR-200/miR-150. Oncogene. 2016; 35(23):2991-3003. doi:10.1038/onc.2015.366
DOIRadio-Iodide Treatment: From Molecular Aspects to the Clinical View
Gutiérrez-Salmerón M, García-Martínez JM, Martinez-Useros J, Fernandez-Aceñedo MJ, Viollet B, Olivier S, Chauha J, Lucena SR, De la Vieja A, Goding CR and Chocarro-Calvo A* and García-Jiménez C*. Paradoxical activation of AMPK by glucose drives selective EP300 activity in colorectal cancer. Plos Biology 2020 6: e3000732. PMID 32603375. DOI: 10.1371/journal.pbio.3000732
PUBMED DOIAmyloid-β impairs mitochondrial dynamics and autophagy in Alzheimer's disease experimental models
de la Cueva M, Antequera D, Ordoñez-Gutierrez L, Wandosell F, Camins A, Carro E, Bartolome F. Amyloid-β impairs mitochondrial dynamics and autophagy in Alzheimer's disease experimental models. Sci Rep. 2022 Jun 16;12(1):10092. doi: 10.1038/s41598-022-13683-3.
DOIBeta-interferon unbalances the peripheral T cell proinflammatory response in experimental autoimmune encephalomyelitis
Martín-Saavedra FM, Flores N, Dorado B, Eguiluz C, Bravo B, García-Merino A and Ballester S. Beta-interferon unbalances the peripheral T cell proinflammatory response in experimental autoimmune encephalomyelitis. Molecular immunology (2007) 44-14, pp.3597-3607. ISSN 0161-5890 doi:10.1016/j.molimm.2007.03.002
PUBMED DOIThe EGFR-TMEM167A-p53 Axis Defines the Aggressiveness of Gliomas
Segura-Collar B, Gargini R, Tovar-Ambel E, Hernández-SanMiguel E, Epifano C, Pérez de Castro I, Hernández-Laín A, Casas-Tintó S, Sánchez-Gómez P. (2020) The EGFR-TMEM167A-p53 Axis Defines the Aggressiveness of Gliomas. Cancers 12(1):208. PMID: 31947645 doi: 10.3390/cancers12010208
DOINeuronal and glial differentiation of human neural stem cells is regulated by amyloid precursor protein (APP) levels
Coronel, R.; Lachgar, M.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Domínguez-Alvaro, M.; Revilla, A.; Ocaña, I.; Fernández, A.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Liste, I. (2019). Neuronal and glial differentiation of human neural stem cells is regulated by amyloid precursor protein (APP) levels. Mol Neurobiol. 56, 1248-1261. doi: 10.1007/s12035-018-1167-9.
DOISurvival Patterns of Human Prion Diseases in Spain, 1998-2018: Clinical Phenotypes and Etiological Clues
Tejedor-Romero L, López-Cuadrado T, Almazán-Isla J, Calero M, García López FJ, de Pedro-Cuesta J. Survival Patterns of Human Prion Diseases in Spain, 1998-2018: Clinical Phenotypes and Etiological Clues. Front Neurosci. 2022 15:773727. doi: 10.3389/fnins.2021.773727.
DOIContenidos con Investigacion .
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Victoria López Alonso
Responsable de la Unidad de Biología Computacional. Científico Titular ISCIII
Código ORCID: 0000-0001-8129-8352
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Laura Maeso Cuesta
Unidad de Biología Computacional. Técnico de Laboratorio (Contrato PEJ-2021-TL/BMD-21001). Instituto de Salud Carlos III
Código ORCID: https://orcid.org/0009-0007-7453-255
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Rosa González Sastre
Investigadora Predoctoral (Contrato Asociado a Proyecto PID2021-126715OB-100)
Código ORCID: 0000-0003-2503-551X
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Patricia Mateos Martínez
Investigadora Predoctoral (Contrato PFIS-ISCIII)
Código ORCID: 0000-0001-9293-9100
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Diego Suárez
Trabajo Fin de Máster
Listado de personal
Información adicional
La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.
Noticias:
Sesiones comunicativas del grupo:
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11/2021. II Jornadas Científicas de la Escuela Internacional de Doctorado de la UNED (EIDUNED). Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública UNED-IMIENS. Charla de Rosa González Sastre. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/13766
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09/2022. II Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15119
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24/10/2022. IV Jornada Programa de Mentores del ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/15224
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22/06/2023. Jornada de encuentro del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública IMIENS-UNED-ISCIII. Charlas de Rosa González Sastre y Patricia Mateos Martínez. https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16495
- 10/2023. III Jornada de Seguimiento del Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas y Salud Pública del ISCIII y la UNED. Charla de Sabela Martin-Benito https://repisalud.isciii.es/handle/20.500.12105/16871