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Investigación

Biología Computacional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

Biología Computacional

  • Uso de la Biología Computacional para investigación de mecanismos moleculares alterados en enfermedades crónicas (neurodegeneración y cancer) que puedan contribuir a prevenir, diagnosticar precozmente, y tratar la enfermedad de manera individualizada. 
  • Búsqueda e interpretación de vías de señalización, variantes génicas y genes biomarcadores obtenidos por técnicas de secuenciación profunda y técnicas de genotipado masivo.

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Biología Computacional .

  • 2022-2025: Modelos humanos neurales para estudiar la evolución celular y proteómica en la enfermedad de Alzheimer. PI22/00055. Proyecto de Acción Estratégica en Salud Intramural. PI I Liste, CoIP V. López-Alonso.
  • 2022-2024: CAM Ayudas para la contratación de técnico de Garantia Juvenil
  • 2022-2025: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclínico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. PMP22/00084. Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud. IP. A. Almeida Parra.
  • 2022-2025: Implicaciones de la proteína precursora amiloide (APP): neurodesarrollo y enfermedad de Alzheimer. PID2021-126715OB-I00. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad. Ministerio de Ciencia e Innovación. PI I. Liste
  • From 2017-2022. Project MinE International groundbreaking genetic ALS research (www.projectmine.com).
  • 2020 – 2022: ELA-BASE: Una cohorte para un estudio piloto longitudinal de Medicina de Precisión en Esclerosis Lateral Amiotrófica (ELA). UFIECPY 354/19-TS.Actividad Singular dentro del Programa de prestación de servicios científico-técnicos en los centros del ISCIII. Programa Intramural 2019 ISCIII. PI Y. Campos.
  • 2020–2021: Spanish Ministry of Economy and Competitiveness: Ayudas para la contratación de estudiantes, Garantia Juvenil. V. López-Alonso
  • 01/04/2015 - 01/04/2021: New therapeutic strategies for resistant colorectal cancer. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer. CGB14142035THOM.  PI JM Rojas. 
  • 2017-2020: MicroRNAs y marcadores de metabolismo lipídico como potencial enlace entre la disfunción vascular y la patofisiología de la enfermedad de Alzheimer. SAF2016-78603-R MINECO. PI M Medina.
  • 2017-2020: Papel fisiológico de la proteína Shoc2/Sur8 y estudio de su implicación en patologías humanas. SAF2016-78852-R MINECO. PI JM Rojas.
  • 2019: Proyecto MinE: del análisis biocomputacional de genomas de pacientes con Esclerosis Lateral Amiotrófica al desarrollo de un modelo de motoneurona diferenciada a partir de células madre pluripotenciales inducidas obtenidas de cultivos de fibroblastos humanos de origen dérmico. GGVP 345/18 FUNDELA. IP Y Campos.
  • 2011-2013. IMBIOMEDvision: Promoting and Monitoring Biomedical Informatics in Europa Grant agreement no: 270107 Comisión Europea. IP V López-Alonso
  • 2011-2012. COMBIOMED. Red Temática de Investigación Cooperativa en Biomedicina Computacional RD07/0067/00 Fondo de Investigación Sanitaria. Instituto de Salud Carlos III. IP y Coordinación V. López-Alonso
     
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Nephrotic syndrome associated with severe hypertriglyceridemia in a pediatric patient: Questions

Corredor-Andrés B, Muñoz-Calvo MT, Calero O, Aparicio C, Argente J, Calero M. Nephrotic syndrome associated with severe hypertriglyceridemia in a pediatric patient: Questions. Pediatr Nephrol. 2018 33(11):2073-2074. doi.org/10.1007/s00467-018-3894-6.

DOI

Nephrotic syndrome associated with severe hypertriglyceridemia in a pediatric patient: Answers

Corredor-Andrés B, Muñoz-Calvo MT, Calero O, Aparicio C, Argente J, Calero M. Nephrotic syndrome associated with severe hypertriglyceridemia in a pediatric patient: Answers. Pediatr Nephrol. 2018 33(11):2075-2078. doi: 10.1007/s00467-018-3919-1.

DOI

Argyrophilic Grain Pathology in Frontotemporal Lobar Degeneration: Demographic, Clinical, Neuropathological, and Genetic Features

Gil MJ, Manzano MS, Cuadrado ML, Fernández C, Góméz E, Matesanz C, Calero M, Rábano A. Argyrophilic Grain Pathology in Frontotemporal Lobar Degeneration: Demographic, Clinical, Neuropathological, and Genetic Features. J Alzheimers Dis. 2018 63(3):1109-1117. doi: 10.3233/JAD-171115.

DOI

Decreased generation of C-terminal fragments of ApoER2 and increased reelin expression in Alzheimer's disease

Mata-Balaguer T, Cuchillo-Ibañez I, Calero M, Ferrer I, Sáez-Valero J. Decreased generation of C-terminal fragments of ApoER2 and increased reelin expression in Alzheimer's disease. FASEB J. 2018 9:fj201700736RR. doi: 10.1096/fj.201700736RR.

DOI

Detecting Circulating MicroRNAs as Biomarkers in Alzheimer's Disease

Kenny A, Jimenez-Mateos EM, Calero M, Medina M, Engel T. Detecting Circulating MicroRNAs as Biomarkers in Alzheimer's Disease. Methods Mol Biol. 2018 1779:471-484. doi: 10.1007/978-1-4939-7816-8_29.

DOI

A fast and cost-effective method for apolipoprotein E isotyping as an alternative to APOE genotyping for patient screening and stratification

Calero O, García-Albert L, Rodríguez-Martín A, Veiga S, Calero M. A fast and cost-effective method for apolipoprotein E isotyping as an alternative to APOE genotyping for patient screening and stratification. Sci Rep. 2018 8(1):5969. doi: 10.1038/s41598-018-24320-3.

DOI

Cerebrospinal fluid neurofilament light levels in neurodegenerative dementia: Evaluation of diagnostic accuracy in the differential diagnosis of prion diseases

Zerr I, Schmitz M, Karch A, Villar-Piqué A, Kanata E, Golanska E, Díaz-Lucena D, Karsanidou A, Hermann P, Knipper T, Goebel S, Varges D, Sklaviadis T, Sikorska B, Liberski PP, Santana I, Ferrer I, Zetterberg H, Blennow K, Calero O, Calero M, Ladogana A, Sánchez-Valle R, Baldeiras I, Llorens F. Cerebrospinal fluid neurofilament light levels in neurodegenerative dementia: Evaluation of diagnostic accuracy in the differential diagnosis of prion diseases. Alzheimers Dement. 2018 14:751-763. doi: 10.1016/j.jalz.2017.12.008.

DOI

Risk of transmission of sporadic Creutzfeldt-Jakob disease by surgical procedures: systematic reviews and quality of evidence

López FJG, Ruiz-Tovar M, Almazán-Isla J, Alcalde-Cabero E, Calero M, de Pedro-Cuesta J. Risk of transmission of sporadic Creutzfeldt-Jakob disease by surgical procedures: systematic reviews and quality of evidence. Euro Surveill. 2017 22(43). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.43.

DOI

MicroRNA Profile in Patients with Alzheimer's Disease: Analysis of miR-9-5p and miR-598 in Raw and Exosome Enriched Cerebrospinal Fluid Samples

Riancho J, Vázquez-Higuera JL, Pozueta A, Lage C, Kazimierczak M, Bravo M, Calero M, Gonalezález A, Rodríguez E, Lleó A, Sánchez-Juan P. MicroRNA Profile in Patients with Alzheimer's Disease: Analysis of miR-9-5p and miR-598 in Raw and Exosome Enriched Cerebrospinal Fluid Samples. J Alzheimers Dis. 2017 57(2):483-491. doi: 10.3233/JAD-161179.

DOI

Early diagnosis of mild cognitive impairment and Alzheimer's disease based on salivary lactoferrin

Carro E, Bartolomé F, Bermejo-Pareja F, Villarejo-Galende A, Molina JA, Ortiz P, Calero M, Rabano A, Cantero JL, Orive G. Early diagnosis of mild cognitive impairment and Alzheimer's disease based on salivary lactoferrin. Alzheimers Dement (Amst). 2017 8:131-138. doi: 10.1016/j.dadm.2017.04.002. eCollection 2017.

Drivers: A Biologically Contextualized, Cross-Inferential View of the Epidemiology of Neurodegenerative Disorders

de Pedro-Cuesta J, Martínez-Martín P, Rábano A, Alcalde-Cabero E, José García López F, Almazán-Isla J, Ruiz-Tovar M, Medrano MJ, Avellanal F, Calero O, Calero M. Drivers: A Biologically Contextualized, Cross-Inferential View of the Epidemiology of Neurodegenerative Disorders. J Alzheimers Dis. 2016 51(4):1003-1022. doi: 10.3233/JAD-150884.

DOI

Development of a novel multiplex beads-based assay for autoantibody detection for colorectal cancer diagnosis

Villar-Vázquez R, Padilla G, Fernández-Aceñero MJ, Suárez A, Fuente E, Pastor C, Calero M, Barderas R, Casal JI. Development of a novel multiplex beads-based assay for autoantibody detection for colorectal cancer diagnosis. Proteomics. 2016 16(8):1280-90. doi: 10.1002/pmic.201500413.

DOI

Etiologic Framework for the Study of Neurodegenerative Disorders as Well as Vascular and Metabolic Comorbidities on the Grounds of Shared Epidemiologic and Biologic Features

de Pedro-Cuesta J, Martínez-Martín P, Rábano A, Ruiz-Tovar M, Alcalde-Cabero E, Calero M. Etiologic Framework for the Study of Neurodegenerative Disorders as Well as Vascular and Metabolic Comorbidities on the Grounds of Shared Epidemiologic and Biologic Features. Front Aging Neurosci. 2016 8:138. doi: 10.3389/fnagi.2016.00138. eCollection 2016.

DOI

Exome Aggregation Consortium (ExAC), Daly MJ, MacArthur DG. Quantifying prion disease penetrance using large population control cohorts

Minikel EV, Vallabh SM, Lek M, Estrada K, Samocha KE, Sathirapongsasuti JF, McLean CY, Tung JY, Yu LP, Gambetti P, Blevins J, Zhang S, Cohen Y, Chen W, Yamada M, Hamaguchi T, Sanjo N, Mizusawa H, Nakamura Y, Kitamoto T, Collins SJ, Boyd A, Will RG, Knight R, Ponto C, Zerr I, Kraus TF, Eigenbrod S, Giese A, Calero M, de Pedro-Cuesta J, Haïk S, Laplanche JL, Bouaziz-Amar E, Brandel JP, Capellari S, Parchi P, Poleggi A, Ladogana A, O'Donnell-Luria AH, Karczewski KJ, Marshall JL, Boehnke M, Laakso M, Mohlke KL, Kähler A, Chambert K, McCarroll S, Sullivan PF, Hultman CM, Purcell SM, Sklar P, van der Lee SJ, Rozemuller A, Jansen C, Hofman A, Kraaij R, van Rooij JG, Ikram MA, Uitterlinden AG, van Duijn CM; Exome Aggregation Consortium (ExAC), Daly MJ, MacArthur DG. Quantifying prion disease penetrance using large population control cohorts. Sci Transl Med. 2016 8(322):322ra9. doi: 10.1126/scitranslmed.aad5169.

DOI

Combined Alzheimer's disease and cerebrovascular staging explains advanced dementia cognition

Zea-Sevilla MA, Fernández-Blázquez MA, Calero M, Bermejo-Velasco P, Rábano A. Combined Alzheimer's disease and cerebrovascular staging explains advanced dementia cognition. Alzheimers Dement. 2015 11(11):1358-66. doi: 10.1016/j.jalz.2015.01.004.

DOI

MAPT H1 Haplotype is Associated with Late-Onset Alzheimer's Disease Risk in APOEɛ4 Noncarriers: Results from the Dementia Genetics Spanish Consortium

59. Pastor P, Moreno F, Clarimón J, Ruiz A, Combarros O, Calero M, de Munain AL, Bullido MJ, de Pancorbo MM, Carro E, Antonell A, Coto E, Ortega-Cubero S, Hernandez I, Tárraga L, Boada M, Lleó A, Dols-Icardo O, Kulisevsky J, Vázquez-Higuera JL, Infante J, Rábano A, Fernández-Blázquez MÁ, Valentí M, Indakoetxea B, Barandiarán M, Gorostidi A, Frank-García A, Sastre I, Lorenzo E, Pastor MA, Elcoroaristizabal X, Lennarz M, Maier W, Rámirez A, Serrano-Ríos M, Lee SE, Sánchez-Juan P. MAPT H1 Haplotype is Associated with Late-Onset Alzheimer's Disease Risk in APOEɛ4 Noncarriers: Results from the Dementia Genetics Spanish Consortium. J Alzheimers Dis. 2015 49(2):343-52. doi: 10.3233/JAD-150555.

DOI

Additional mechanisms conferring genetic susceptibility to Alzheimer's disease

Calero M, Gómez-Ramos A, Calero O, Soriano E, Avila J, Medina M. Additional mechanisms conferring genetic susceptibility to Alzheimer's disease. Front Cell Neurosci. 2015 9:138. doi: 10.3389/fncel.2015.00138.

DOI

A genome wide association study links glutamate receptor pathway to sporadic Creutzfeldt-Jakob disease risk

Sanchez-Juan P, Bishop MT, Kovacs GG, Calero M, Aulchenko YS, Ladogana A, Boyd A, Lewis V, Ponto C, Calero O, Poleggi A, Carracedo Á, van der Lee SJ, Ströbel T, Rivadeneira F, Hofman A, Haïk S, Combarros O, Berciano J, Uitterlinden AG, Collins SJ, Budka H, Brandel JP, Laplanche JL, Pocchiari M, Zerr I, Knight RS, Will RG, van Duijn CM. A genome wide association study links glutamate receptor pathway to sporadic Creutzfeldt-Jakob disease risk. PLoS One. 2015 10(4):e0123654. doi: 10.1371/journal.pone.0123654.

DOI

Amyloid precursor protein metabolism and inflammation markers in preclinical Alzheimer disease

Alcolea D, Martínez-Lage P, Sánchez-Juan P, Olazarán J, Antúnez C, Izagirre A, Ecay-Torres M, Estanga A, Clerigué M, Guisasola MC, Sánchez Ruiz D, Marín Muñoz J, Calero M, Blesa R, Clarimón J, Carmona-Iragui M, Morenas-Rodríguez E, Rodríguez-Rodríguez E, Vázquez Higuera JL, Fortea J, Lleó A. Amyloid precursor protein metabolism and inflammation markers in preclinical Alzheimer disease. Neurology. 2015 85(7):626-33. doi: 10.1212/WNL.0000000000001859.

DOI

Validation of 14-3-3 Protein as a Marker in Sporadic Creutzfeldt-Jakob Disease Diagnostic

Schmitz M, Ebert E, Stoeck K, Karch A, Collins S, Calero M, Sklaviadis T, Laplanche JL, Golanska E, Baldeiras I, Satoh K, Sanchez-Valle R, Ladogana A, Skinningsrud A, Hammarin AL, Mitrova E, Llorens F, Kim YS, Green A, Zerr I. Validation of 14-3-3 Protein as a Marker in Sporadic Creutzfeldt-Jakob Disease Diagnostic. Mol Neurobiol. 2015

Cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (CADASIL) associated with a novel C82R mutation in the NOTCH3 gene

Zea-Sevilla MA, Bermejo-Velasco P, Serrano-Heranz R, Calero M. Cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (CADASIL) associated with a novel C82R mutation in the NOTCH3 gene. J Alzheimers Dis. 2015 43(2):363-7. doi: 10.3233/JAD-141218.

DOI

A phase II trial of tideglusib in Alzheimer's disease

Lovestone S, Boada M, Dubois B, Hüll M, Rinne JO, Huppertz HJ, Calero M, Andrés MV, Gómez-Carrillo B, León T, del Ser T; ARGO investigators. A phase II trial of tideglusib in Alzheimer's disease. J Alzheimers Dis. 2015 45(1):75-88. doi: 10.3233/JAD-141959

DOI

A blood-based, 7-metabolite signature for the early diagnosis of Alzheimer's disease

Olazarán J, Gil-de-Gómez L, Rodríguez-Martín A, Valentí-Soler M, Frades-Payo B, Marín-Muñoz J, Antúnez C, Frank-García A, Acedo-Jiménez C, Morlán-Gracia L, Petidier-Torregrossa R, Guisasola MC, Bermejo-Pareja F, Sánchez-Ferro Á, Pérez-Martínez DA, Manzano-Palomo S, Farquhar R, Rábano A, Calero M. A blood-based, 7-metabolite signature for the early diagnosis of Alzheimer's disease. J Alzheimers Dis. 2015 45(4):1157-73. doi: 10.3233/JAD-142925.

DOI

Comparative Incidence of Conformational, Neurodegenerative Disorders

de Pedro-Cuesta J, Rábano A, Martínez-Martín P, Ruiz-Tovar M, Alcalde-Cabero E, Almazán-Isla J, Avellanal F, Calero M. Comparative Incidence of Conformational, Neurodegenerative Disorders. PLoS One. 2015 10(9):e0137342. doi: 10.1371/journal.pone.0137342. eCollection 2015. Erratum in: PLoS One. 2015;10(10):e0140304.

DOI

The Vallecas Project: A Cohort to Identify Early Markers and Mechanisms of Alzheimer's Disease

Olazarán J, Valentí M, Frades B, Zea-Sevilla MA, Ávila-Villanueva M, Fernández-Blázquez MÁ, Calero M, Dobato JL, Hernández-Tamames JA, León-Salas B, Agüera-Ortiz L, López-Álvarez J, Larrañaga P, Bielza C, Álvarez-Linera J, Martínez-Martín P. The Vallecas Project: A Cohort to Identify Early Markers and Mechanisms of Alzheimer's Disease. Front Aging Neurosci. 2015 7:181. doi: 10.3389/fnagi.2015.00181. eCollection 2015

DOI

Shoc2/Sur8 protein regulates neurite outgrowth

Olazarán J, Valentí M, Frades B, Zea-Sevilla MA, Ávila-Villanueva M, Fernández-Blázquez MÁ, Calero M, Dobato JL, Hernández-Tamames JA, León-Salas B, Agüera-Ortiz L, López-Álvarez J, Larrañaga P, Bielza C, Álvarez-Linera J, Martínez-Martín P. The Vallecas Project: A Cohort to Identify Early Markers and Mechanisms of Alzheimer's Disease. Front Aging Neurosci. 2015 7:181. doi: 10.3389/fnagi.2015.00181. eCollection 2015.

DOI

ApoE gene and exceptional longevity: Insights from three independent cohorts

Garatachea N, Emanuele E, Calero M, Fuku N, Arai Y, Abe Y, Murakami H, Miyachi M, Yvert T, Verde Z, Zea MA, Venturini L, Santiago C, Santos-Lozano A, Rodríguez-Romo G, Ricevuti G, Hirose N, Rábano A, Lucia A. ApoE gene and exceptional longevity: Insights from three independent cohorts. Exp Gerontol. 2014 53:16-23. doi: 10.1016/j.exger.2014.02.004.

DOI

Argyrophilic grain pathology as a natural model of tau propagation

Rábano A, Rodal I, Cuadros R, Calero M, Hernández F, Ávila J. Argyrophilic grain pathology as a natural model of tau propagation. J Alzheimers Dis. 2014 40 Suppl 1:S123-33. doi: 10.3233/JAD-132288.

DOI

Towards an age-dependent transmission model of acquired and sporadic Creutzfeldt-Jakob disease

de Pedro-Cuesta J, Mahillo-Fernandez I, Calero M, Rábano A, Cruz M, Siden Å, Martínez-Martín P, Laursen H, Ruiz-Tovar M, Mølbak K; EUROSURGYCJD Research Group. Towards an age-dependent transmission model of acquired and sporadic Creutzfeldt-Jakob disease. PLoS One. 2014 9(10):e109412. doi: 10.1371/journal.pone.0109412. eCollection 2014.

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Listado de personal

Información adicional

La Unidad de Biología Computacional de la UFIEC tiene como línea de investigación principal la aplicación de métodos computacionales para la interpretación funcional de los datos obtenidos por las tecnologías de alto rendimiento, y la posibilidad de integración de esta información con los datos clínicos para aplicaciones diagnósticas y terapéuticas de enfermedades crónicas.

 

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Sesiones comunicativas del grupo:

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