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Investigación

Proteómica Funcional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Proteómica Funcional .

Caracterización molecular, identificación y validación de biomarcadores de cáncer colorrectal


El desarrollo del cáncer colorrectal se produce durante décadas como resultado de múltiples y acumulativas alteraciones genéticas que provocan la transformación de una lesión benigna en un adenoma y finalmente en un adenocarcinoma colorrectal (la secuencia adenoma-carcinoma). Este modelo propuesto por Bert Vogelstein en los años 80 que incluía alteraciones en APC, KRAS y p53 actualmente se considera demasiado escueto y múltiples estudios sugieren que la carcinogénesis es un proceso extremadamente complejo con múltiples alteraciones genéticas adicionales en un gran número de oncogenes y genes supresores de tumores. Estas mutaciones producidas en la célula tumoral provocan por un lado alteraciones a nivel de proteína (expresión, localización, mutación, quimeras, proteínas aberrantes, sobreactivación,…) y por otro lado una respuesta inmune humoral (autoanticuerpos) frente a proteínas alteradas en los pacientes -inmunómica- durante la formación y progresión tumoral, que una vez identificadas mediante proteómica pueden servir como biomarcadores de la patología.
Los objetivos de esta línea de investigación consisten en:

i) el análisis mediante proteómica del cáncer colorrectal con el fin de encontrar proteínas alteradas durante la formación y progresión de la enfermedad,

ii) análisis inmunómico y validación de autoantígenos específicos de la enfermedad, y

iii) desarrollo de inmunoensayos que permitan la detección múltiple de autoanticuerpos y proteínas alteradas para el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal
Responsable de la línea: Rodrigo Barderas

 

Identificación de biomarcadores de deterioro cognitivo y Enfermedad de Alzheimer


La enfermedad de Alzheimer (EA) es la forma más común de demencia a nivel mundial. El desarrollo de la EA puede durar más de 20 años, pasando por las fases pre-clínica (surgen los primeros cambios histopatológicos, pero no se manifiestan síntomas clínicos), prodrómica (deterioro cognitivo leve, primeros síntomas clínicos leves) y clínica (enfermedad de Alzheimer). Las dos principales marcas histopatológicas de la EA incluyen la formación de placas amiloides extracelulares por la acumulación del péptido -amiloide, y la formación de ovillos neurofibrilares intraneuronales por la acumulación de la proteína TAU hiperfosforilada.

Además, durante la progresión de la enfermedad se producen también otros cambios histopatológicos, como son pérdida sináptica, disminución de neurotransmisores específicos, inflamación o muerte neuronal. Todos estos cambios están relacionados con alteraciones en las proteínas cerebrales, a nivel de expresión, localización, activación, mutaciones o frameshifts (expresión de proteínas aberrantes).

Además, las técnicas actuales para el diagnóstico de esta enfermedad son técnicas muy invasivas, poco específicas o que permiten un diagnóstico tardío de la enfermedad, cuando los tratamientos actualmente disponibles no van a ser eficaces para frenar la enfermedad.

Por todo ello, la caracterización del contenido proteico del cerebro de estos pacientes permitiría una mejor compresión de la patología, así como de los procesos biológicos que se ven alterados durante su progresión, lo cual posibilitaría la identificación de nuevas dianas terapéuticas y, potencialmente, el desarrollo de nuevos fármacos que permitan el tratamiento temprano y eficaz de la enfermedad. 
Los objetivos de esta línea de investigación consisten en:

i) analizar el contenido proteico del cerebro de pacientes de la EA e individuos sanos para identificar proteínas alteradas durante la progresión de la enfermedad mediante proteómica cuantitativa,

ii) identificar el papel funcional y patológico de dichas proteínas y su potencial implicación en el desarrollo de la enfermedad mediante el empleo de organoides y modelos murinos de la enfermedad,

iii) identificar proteínas desreguladas en individuos con deterioro cognitivo leve que puedan ser útiles para un diagnóstico temprano de la enfermedad mediante proteómica cuantitativa, empleando plasma y PBMCs (células mononucleares de sangre periférica) de dichos individuos y personas sanas,

iv)  identificación de biomarcadores plasmáticos con una alta capacidad diagnóstica de la enfermedad que permitan su diagnóstico temprano mediante análisis sanguíneo, y

v) desarrollo de inmunoensayos que permitan la detección múltiple de autoanticuerpos y proteínas alteradas para el diagnóstico temprano de la Enfermedad de Alzheimer. 
Responsables de la línea: Ana Montero Calle y Rodrigo Barderas Manchado

Otras líneas de Investigación (en colaboración):

Responsable: Rodrigo Barderas Manchado

  • Desarrollo de biosensores para la detección temprana de enfermedades crónicas con un foco especial en cáncer colorrectal y Enfermedad de Alzheimer (Dra. Susana Campuzano Ruiz, UCM).
  • Caracterización proteómica de enfermedades crónicas con un alto componente inflamatorio (Dra. Ana Guzmán Aránguez, UCM).
  • Obtención de anticuerpos y mimotopos mediante Phage Display para la detección de toxinas (Dra. Elena Benito Peña, UCM).
  • Desarrollo de micromotores para la detección de la EA (Dr. Alberto Escarpa, UAH).
  • Super-resolution analysis of protein markers: combining proteomics and super-resolution confocal microscopy (Dra. Susana Rocha, KU Leuven).
  • Proteomics analyses of chronic diseases (Dra. Marta L. Mendes, Luxembourg Institute of Health).

Responsable: Pablo San Segundo Acosta

 

  • Colaboración con la Doctora Bonnie J. Murphy, directora del laboratorio de enzimas redox y metaloproteínas del Instituto Max Planck de Biofísica, para el estudio estructural y bioquímico de NADPH oxidasas bacterianas mediante criomicroscopía electrónica y otras técnicas afines.
  • Colaboración con la Doctora Bonnie J. Murphy y el profesor Seigo Shima (Max Planck Institute of Terrestrial Microbiology), para el estudio de supercomplejos metanogénicos mediante criomicroscopía. 
     

Proyectos de investigación

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Proyectos en curso

  • PROYECTO: Desfragmentación del papel principal en cáncer colorrectal como biomarcadores y para intervención terapéutica de proteínas de unión a RNA, proteínas oscuras y PTMs. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2024-2026. Cuantía: 152.000 €. PI23CIII/00027
  • PROYECTO: Enfermedades crónicas y proteoma fantasma: identificación y validación de proteínas alternativas como marcadores específicos (GhostProtCD). Entidad Financiadora: MINECO. Investigador Principal: Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2023-2027. Cuantía: 200.000 €. PID2022-140307OB-I00
  • PROYECTO: ALADDIN - Accelerated Discovery Nanobody Platform. Entidad Financiadora: European Union: HORIZON-EIC2023-PATHFINDEROPEN-01-01. Investigadores Principales: Luis Ángel Fernández (CNB-CSIC), Rodrigo Barderas Manchado (ISCIII), Dina Schneidman (HUJI), Alar Inla & Lorena Dieguez (INL), Lasse Jensen (LIU), Carmen Palomino (Zirka InnoTech), Georgios Lolas (InCELLIA), Javier Martínez Useros (IIS-FJD). Duración: 2024-2027. Cuantía: 3.316.191 €. 101130574
  • PROYECTO: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclinico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. Entidad Financiadora: Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud 2021-2023. Investigadores Principales: Ángeles Almeida Parra, Mayte Moreno Casbas y Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2022-2024. Cuantía: 1.793.750 €. PMP22/00084 
  • PROYECTO: Desarrollo preclínico y evolución de anticuerpos de segunda generación para el tratamiento del cáncer colorrectal metastásico. Entidad Financiadora: Proyectos de I+D+I vinculados a la medicina personalizada y terapias avanzadas. Investigadores Principales: Jose Ignacio Casal Álvarez, Juan Ignacio Imbaud, Joaquín Arribas y Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2023-2024. Cuantía: 629.877,22 €. PMPTA22/00108
  • PROYECTO: Identificación y validación de biomarcadores de cáncer colorrectal involucrados en la diseminación del tumor. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas. Duración: 2021-2024.  Cuantía: 112.000 €. PI20CIII/00019.

Proyectos anteriores

  • PROYECTO: Análisis inmunómico y proteómico cuantitativo dl cáncer colorrectal y enfermedades crónicas negativamente relacionadas para su diagnóstico temprano. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas. Duración: 2018-2021. Cuantía: 89000 € + Técnico FPII. PI17CIII/00045.
  • PROYECTO: Disfunción de la barrera epitelial y marcadores específicos: hacia conceptos y metodologías emergentes. Entidad Financiadora: MINECO. Investigador Principal: Rodrigo Barderas y Mayte Villalba. Duración: 2015-2017. Cuantía: 140.000 € + costes indirectos. SAF2014-53209-R.
  • PROYECTO: Plataforma en Red de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos (Proteored ISCIII). Entidad Financiadora: ISCIII. Investigador Asociado al Nodo del CIB: Investigador Principal: Ignacio Casal. 2014-2017
  • PROYECTO: ASMA, REACCIONES ADVERSAS Y ALÉRGICAS. Redes Temáticas de Investigación Cooperativa en Salud (ARADyAL). Entidad Financiadora: Ministerio de Economía y competitividad. ISCIII RD16/0006/0014. Investigador Principal: María José Torres. Duración: 2017-2020. Investigador en Grupo UCM.
     
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Dendritic Cells and Microglia Have Non-redundant Functions in the Inflamed Brain with Protective Effects of Type 1 cDCs

Dendritic Cells and Microglia Have Non-redundant Functions in the Inflamed Brain with Protective Effects of Type 1 cDCs. Cell Reports 2020. Contributors: Gallizioli, M.; Miró-Mur, F.; Otxoa-de-Amezaga, A.; Cugota, R.; Salas-Perdomo, A.; Justicia, C.; Brait, V.H.; Ruiz-Jaén, F.; Arbaizar-Rovirosa, M.; Pedragosa, J. et al.

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CD45 expression discriminates waves of embryonic megakaryocytes in the mouse

CD45 expression discriminates waves of embryonic megakaryocytes in the mouse. Haematologica 2018 |Contributors: Cortegano, I.; Serrano, N.; Ruiz, C.; Rodríguez, M.; Prado, C.; Alía, M.; Hidalgo, A.; Cano, E.; de Andrés, B.; Gaspar, M. L.

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Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells.

Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells. Mol Neurobiol 2018 Contributors: Coronel, R.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Muñiz-Moreno, M.; Zambrano, A.; Cano, E.; Liste, I.

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Altered marginal zone and innate-like B cells in aged senescence-accelerated SAMP8 mice with defective IgG1 responses

Altered marginal zone and innate-like B cells in aged senescence-accelerated SAMP8 mice with defective IgG1 responses. Cell Death & Disease 2017 | Contributors: Cortegano, Isabel; Rodriguez, Mercedes; Martin, Isabel; Carmen Prado, Maria; Ruiz, Carolina; Hortiguela, Rafael; Alia, Mario; Vilar, Marcal; Mira, Helena; Cano, Eva et al.

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Senescent accelerated prone 8 (SAMP8) mice as a model of age dependent neuroinflammation

Senescent accelerated prone 8 (SAMP8) mice as a model of age dependent neuroinflammation. Journal of Neuroinflammation.2021-12. Contributors: Andrés Fernández; Elena Quintana; Patricia Velasco; Belén Moreno-Jimenez; Belén de Andrés; Maria Luisa Gaspar; Isabel Liste; Marçal Vilar; Helena Mira; Eva Cano.

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The TLR4-MyD88 Signaling Axis Regulates Lung Monocyte Differentiation Pathways in Response to Streptococcus pneumoniae

The TLR4-MyD88 Signaling Axis Regulates Lung Monocyte Differentiation Pathways in Response to Streptococcus pneumoniae. Frontiers in Immunology 2020. Contributors: Sánchez-Tarjuelo, R.; Cortegano, I.; Manosalva, J.; Rodríguez, M.; Ruíz, C.; Alía, M.; Prado, M.C.; Cano, E.M.; Ferrándiz, M.J.; de la Campa, A.G. et al.

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NFATc3 controls tumour growth by regulating proliferation and migration of human astroglioma cells

NFATc3 controls tumour growth by regulating proliferation and migration of human astroglioma cells. Scientific Reports 2019-06-27. Contributors: Katia Urso; Andrés Fernández; Patricia Velasco; Javier Cotrina; Belén de Andrés; Pilar Sánchez-Gómez; Aurelio Hernández-Laín; Sonsoles Hortelano; Juan Miguel Redondo; Eva Cano

DOI

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Mol Neurobiol 2018 | Contributors: Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Calero, M.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Zambrano, A.; Liste, I.

DOI

Neuronal and Glial Differentiation of Human Neural Stem Cells Is Regulated by Amyloid Precursor Protein (APP) Levels

Neuronal and Glial Differentiation of Human Neural Stem Cells Is Regulated by Amyloid Precursor Protein (APP) Levels. Mol Neurobiol 2018 | Contributors: Coronel, R.; Lachgar, M.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Domínguez-Alvaro, M.; Revilla, A.; Ocaña, I.; Fernández, A.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E. et al.

DOI

DNGR-1 in dendritic cells limits tissue damage by dampening neutrophil recruitment

DNGR-1 in dendritic cells limits tissue damage by dampening neutrophil recruitment. Science 2018-10-19 | Contributors: Carlos del Fresno; Paula Saz-Leal; Michel Enamorado; Stefanie K. Wculek; Sarai Martínez-Cano; Noelia Blanco-Menéndez; Oliver Schulz; Mattia Gallizioli; Francesc Miró-Mur; Eva Cano et al.

DOI

DNGR-1(+) Dendritic Cells are Located in Meningeal Membrane and Choroid Plexus of the Noninjured Brain

DNGR-1(+) Dendritic Cells are Located in Meningeal Membrane and Choroid Plexus of the Noninjured Brain. Glia 2015 | Contributors: Quintana, Elena; Fernandez, Andres; Velasco, Patricia; de Andres, Belen; Liste, Isabel; Sancho, David; Luisa Gaspar, Maria; Cano, Eva.

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NFATc3 promotes Ca2+-dependent MMP3 expression in astroglial cells

NFATc3 promotes Ca2+-dependent MMP3 expression in astroglial cells. Glia 2013 | Contributors: Neria, Fernando; del Carmen Serrano-Perez, Maria; Velasco, Patricia; Urso, Katia; Tranque, Pedro; Cano, Eva

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An update on human stem cell-based therapy in Parkinson’s disease

An update on human stem cell-based therapy in Parkinson’s disease. Current Stem Cell Research and Therapy 2016 | Contributors: González, C.; Bonilla, S.; Flores, A.I.; Cano, E.; Liste, I.

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NFAT transcription factors regulate survival, proliferation, migration, and differentiation of neural precursor cells

NFAT transcription factors regulate survival, proliferation, migration, and differentiation of neural precursor cells. Glia 2015 | Contributors: Serrano-Pérez, M. C.; Fernández, M.; Neria, F.; Berjón-Otero, M.; Doncel-Pérez, E.; Cano, E.; Tranque,

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Regulator of calcineurin 1 (Rcan1) has a protective role in brain ischemia/reperfusion injury

Regulator of calcineurin 1 (Rcan1) has a protective role in brain ischemia/reperfusion injury. Journal of Neuroinflammation 2012 | Contributors: Sobrado, Monica; Ramirez, Belen G.; Neria, Fernando; Lizasoain, Ignacio; Lourdes Arbones, Maria; Minami, Takashi; Miguel Redondo, Juan; Angeles Moro, Maria; Cano, Eva

DOI

A critical review to identify data gaps and improve risk assessment of bisphenol A alternatives for human health.

Mhaouty-Kodja S, Zalko D, Tait S, Testai E, Viguié C, Corsini E, Grova N, Buratti FM, Cabaton NJ, Coppola L, De la Vieja A, Dusinska M, El Yamani N, Galbiati V, Iglesias-Hernández P, Kohl Y, Maddalon A, Marcon F, Naulé L, Rundén-Pran E, Salani F, Santori N, Torres-Ruiz M, Turner JD, Adamovsky O, Aiello-Holden K, Dirven H, Louro H, Silva MJ.Crit Rev Toxicol. 2024 Nov;54(10):696-753.

PUBMED DOI

Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features.

Mateos-Martínez, P., Coronel, R., Sachse, M., González-Sastre, R., Maeso, L., Rodriguez, M.J., Terron, M.C., López Alonso, V.*, Liste I. (2024). Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features. Front Cell Neurosci. Publicado (12.06.2024). IF = 5.3; Q1.

PKD phosphorylation and COP9/Signalosome modulate intracelular Spry2 protein stability

Martínez N, Gragera T, de Lucas MP, Cámara AB, Ballester A, Anta B, Fernández-Medarde A, López-Briones T, Ortega J, Peña-Jiénez D, Barbáchano A, Montero-Calle A, Cordero V, Barderas R, Iglesias T, Yunta M, Oliva JL, Muñoz A, Santos E, Zarich N and Rojas JM. PKD phosphorylation and COP9/Signalosome modulate intracelular Spry2 protein stability. Oncogenesis (2023) 12:20. DOI:10.1038/s41389-023-00465-3

DOI

Isolation and characterization of milk exosomes for use in advanced therapies

Medel-Martínez A, Redrado-Osta A, Crespo-Barreda A, Sancho-Albero M, Sánchez-Paniagua L, Sebastián V, Pardo M, De la Vieja A, and Martín-Duque P. Isolation and characterization of milk exosomes for use in advanced therapies. Biomolecules 2024

Micromotor-based electrochemical immunoassays for reliable determination of amyloid-β (1-42) in Alzheimer's diagnosed clinical samples

Gordón Pidal JM, Moreno-Guzmán M, Montero-Calle A, Valverde A, Pingarrón JM, Campuzano S, Calero M, Barderas R, López MÁ, Escarpa A. Micromotor-based electrochemical immunoassays for reliable determination of amyloid-β (1-42) in Alzheimer's diagnosed clinical samples. Biosens Bioelectron. 2024 249:115988. doi: 10.1016/j.bios.2023.115988.

DOI

Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features

Mateos-Martínez, P., Coronel, R., Sachse, M., González-Sastre, R., Maeso, L., Rodriguez, M.J., Terrón, M.C., López-Alonso, V., Liste, I. (2024). Human cerebral organoids: Cellular composition and subcellular morphological features. Front Cell Neurosci. 18. doi: 10.3389/fncel.2024.1406839.

DOI

Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology

Montero-Calle A, Coronel R, Garranzo-Asensio M, Solís-Fernández G, Rábano A, de los Ríos V, Fernández-Aceñero MJ, Mendes ML, Martínez-Useros J, Megías D, Moreno-Casbas MT, Peláez-García A, Liste I, Barderas R. Proteomics analysis of prefrontal cortex of Alzheimer’s disease patients revealed dysregulated proteins in the disease and novel proteins associated with amyloid-β pathology. Cell. Mol. Life Sci. 80, 141 (2023).

DOI

Bronchoalveolar cytokine profile differentiates Pulmonary Langerhans cell histiocytosis patients from other smoking-related interstitial lung diseases

Barril S, Acebo P, Millan-Billi P, Luque A, Sibila O, Tarín C, Tazi A, Castillo D, Hortelano S. Bronchoalveolar cytokine profile differentiates Pulmonary Langerhans cell histiocytosis patients from other smoking-related interstitial lung diseases. Respir Res. 2023 Dec 18;24(1):320. doi: 10.1186/s12931-023-02622-z.

DOI

Sprouty2 binds Grb2 at two different proline-rich regions, and the mechanism of ERK inhibition is independent of this interaction

Martínez N, García-Domínguez CA, Domingo B, Oliva JL, Zarich N, Sánchez A, Gutiérrez-Eisman S, Llopis J & Rojas JM. Sprouty2 binds Grb2 at two different proline-rich regions, and the mechanism of ERK inhibition is independent of this interaction. Cellular Signalling. 2007; 19: 2277-85. doi: 10.1016/j.cellsig.2007.07.008

DOI

Use of 2D minilungs from human embryonic stem cells to study the interaction of Cryptococcus neoformans with the respiratory tract

Use of 2D minilungs from human embryonic stem cells to study the interaction of Cryptococcus neoformans with the respiratory tract. Rossi SA, García-Barbazán I, Chamorro-Herrero I, Taborda CP, Zaragoza Ó, Zambrano A. Microbes Infect. 2024 Mar-Apr;26(3):105260. doi: 10.1016/j.micinf.2023.105260. Epub 2023 Nov 18. PMID: 37981028.

PUBMED DOI

Olfactory Receptor OR2K2 Expression in Human Choroid Plexus as a Potential Marker in Early Sporadic Alzheimer's Disease

Alves VC, Figueiro-Silva J, Trullas R, Ferrer I, Carro E. Olfactory Receptor OR2K2 Expression in Human Choroid Plexus as a Potential Marker in Early Sporadic Alzheimer's Disease. Genes (Basel). 2024 Mar 21;15(3):385. doi: 10.3390/genes15030385.

DOI

NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma

de Dios O, Ramírez-González MA, Gómez-Soria I, Segura-Collar B, de Andrea CE, Fernández-Rubio L, Hernández-Laín A, Sepúlveda-Sánchez JM, Jiménez-Roldán L, García-Posadas G, Rodríguez-Ruiz ME, Pérez-Núñez A, Wainwright D.A., Gargini R*, Sánchez-Gómez P*. (2024) NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma. J. Immunother. Cancer (in press). (IF: 10.3) (D1) (Immunology / Oncology)1. de Dios O, Ramírez-González MA, Gómez-Soria I, Segura-Collar B, de Andrea CE, Fernández-Rubio L, Hernández-Laín A, Sepúlveda-Sánchez JM, Jiménez-Roldán L, García-Posadas G, Rodríguez-Ruiz ME, Pérez-Núñez A, Wainwright D.A., Gargini R*, Sánchez-Gómez P*. (2024). J. Immunother. Cancer (in press). (IF: 10.3) (D1) (Immunology / Oncology)

Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis

Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis. Al Khleifat A, Iacoangeli A, van Vugt JJFA, Bowles H, Moisse M, Zwamborn RAJ, van der Spek RAA, Shatunov A, Cooper-Knock J, Topp S, Byrne R, Gellera C, López V, Jones AR, Opie-Martin S, Vural A, Campos Y, van Rheenen W, Kenna B, Van Eijk KR, Kenna K, Weber M, Smith B, Fogh I, Silani V, Morrison KE, Dobson R, van Es MA, McLaughlin RL, Vourc'h P, Chio A, Corcia P, de Carvalho M, Gotkine M, Panades MP, Mora JS, Shaw PJ, Landers JE, Glass JD, Shaw CE, Basak N, Hardiman O, Robberecht W, Van Damme P, van den Berg LH, Veldink JH, Al-Chalabi A. NPJ Genom Med. 2022;7(1):8. DOI: 10.1038/s41525-021-00267-9

DOI

Hedgehog signalling modulates immune response and protecs againts Experimental Autoimmune Encephalomyelitis

Ballester A, Guijarro A, Bravo B, Hernández J, Murillas R, Gallego MI and Ballester S. 2022. Hedgehog signalling modulates immune response and protecs againts Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. International Journal of Molecular Sciences (2022) 23, 3171. DOI: 10.3390/ijms23063171

DOI

Effects of nanomolar methylmercury on developing human neural stem cells and zebrafish embryo

Torres-Ruiz, M.; de Alba-Gonzalez, M.; Cañas-Portilla, A.I.; Coronel, R.; Liste, I.; González-Caballero, M.C. (2024). Effects of nanomolar methylmercury on developing human neural stem cells and zebrafish embryo. Food Chem Toxicol. 188, 114684. doi: 10.1016/j.fct.2024.114684

DOI

In Vivo Ultrafast Doppler Imaging Combined with Confocal Microscopy and Behavioral Approaches to Gain Insight into the Central Expression of Peripheral Neuropathy in Trembler-J Mice

Martínez Barreiro M, Vázquez Alberdi L, De León L, Avellanal G, Duarte A, Anzibar Fialho M, Baranger J, Calero M, Rubido N, Tanter M, Negreira C, Brum J, Damián JP, Kun A. In Vivo Ultrafast Doppler Imaging Combined with Confocal Microscopy and Behavioral Approaches to Gain Insight into the Central Expression of Peripheral Neuropathy in Trembler-J Mice. Biology (Basel). 2023 12(10):1324. doi: 10.3390/biology12101324.

DOI

Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment

Hernández, J.A.; Rosca, A.; Suárez, S.; Coronel, R.; Suarez, O.J.; Peran-Ramos, P.; Marina, P.; Rabassa, L.E.; Mateos, P.; Liste, I.; López-Alonso, V.; Torres-Ruiz, M.; Febles, V.M.; Ramos V. (2024). Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment. Front Antennas Propag. 2, 1357649. IF = In progress (New Journal).

Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein regulates tumorigenic and metastatic properties of colorectal cancer cells driving liver metastasis

Solís-Fernández G, Montero-Calle A, Sánchez-Martínez M, Pelaez-Garcia A, Fernandez-Aceñero MJ, Pallares P, Mendiola M, Hendrix J, Hardissom D, Bartolome RA, Hofkens J, Rocha S, Barderas R. Aryl-hydrocarbon receptor-interacting protein regulates tumorigenic and metastatic properties of colorectal cancer cells driving liver metastasis. Br J Cancer 126, 1604–1615 (2022)

DOI

Visualization of Lipid Droplets in the Alveolar Macrophage Cell Line MH-S with Live-cell Imaging by 3D Holotomographic Microscopy (Nanolive)

Pérez-Montero A, Zaragoza O, Luque A, Hortelano S, Acebo P. Visualization of Lipid Droplets in the Alveolar Macrophage Cell Line MH-S with Live-cell Imaging by 3D Holotomographic Microscopy (Nanolive). Bio Protoc. 2023 Mar 5;13(5):e4629. doi: 10.21769/BioProtoc.4629.

DOI

Endothelial nitric oxide synthase regulates N-Ras activation on the Golgi complex of antigen-stimulated T cells

Ibiza S, Pérez-Rodríguez A, Ortega A, Martínez-Ruiz A, Barreiro O, García-Domínguez CA, Víctor VM, Esplugues JV, Rojas JM, Sánchez-Madrid F & Serrador JM. Endothelial nitric oxide synthase regulates N-Ras activation on the Golgi complex of antigen-stimulated T cells. Proceedings of the National Academy of Sciences USA. 2008; 105: 10507- 12. doi:10.1073/pnas.0711062105

DOI

Modeling of Respiratory Diseases Evolving with Fibrosis from Organoids Derived from Human Pluripotent Stem Cells

Modeling of Respiratory Diseases Evolving with Fibrosis from Organoids Derived from Human Pluripotent Stem Cells. Chamorro-Herrero I, Zambrano A. Int J Mol Sci. 2023 Feb 23;24(5):4413. doi: 10.3390/ijms24054413. PMID: 36901843; PMCID: PMC10002124.

PUBMED DOI

Circadian rhythm disruption and retinal dysfunction: a bidirectional link in Alzheimer's disease?

Carrero L, Antequera D, Municio C, Carro E. Circadian rhythm disruption and retinal dysfunction: a bidirectional link in Alzheimer's disease? Neural Regen Res. 2024 Sep 1;19(9):1967-1972. doi: 10.4103/1673-5374.390962.

DOI

Promising anticancer prodrugs based on Pt(IV) complexes with bis-organosilane ligands in axial positions

Navas F, Chocarro-Calvo A, Iglesias-Hernández P, Fernández-García P, Morales V, García-Martínez JM, Sanz R, De la Vieja A*, García Jiménez C* and García Muñoz R*. Promising anticancer prodrugs based on Pt(IV) complexes with bis-organosilane ligands in axial positions. Journal of Medicinal Chemistry. 2024. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c02393. PMID: 38592014

PUBMED DOI

Age-stratified comorbid and pharmacologic analysis of patients with glioblastoma

Rabin EE, Huang J, Kim M, Mozny A, Lauing KL, Penco-Campillo M, Zhai L, Bommi P, Mi X, Power EA, Prabhu VC, Anderson DE, Barton KP, Walunas TL, Schiltz GE, Amidei C, Sanchez-Gomez P, Thakkar JP, Lukas RV, Wainwright DA. (2024) Age-stratified comorbid and pharmacologic analysis of patients with glioblastoma. Brain Behav. Immun. Health Mar 15:38:100753. PMID: 38600951 doi: 10.1016/j.bbih.2024.100753

DOI

Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data

Telomere length analysis in amyotrophic lateral sclerosis using large-scale whole genome sequence data. Al Khleifat A, Iacoangeli A, Jones AR, van Vugt JJFA, Moisse M, Shatunov A, Zwamborn RAJ, van der Spek RAA, Cooper-Knock J, Topp S, van Rheenen W, Kenna B, Van Eijk KR, Kenna K, Byrne R, López V, Opie-Martin S, Vural A, Campos Y, Weber M, Smith B, Fogh I, Silani V, Morrison KE, Dobson R, van Es MA, McLaughlin RL, Vourc'h P, Chio A, Corcia P, de Carvalho M, Gotkine M, Panades MP, Mora JS, Shaw PJ, Landers JE, Glass JD, Shaw CE, Basak N, Hardiman O, Robberecht W, Van Damme P, van den Berg LH, Veldink JH, Al-Chalabi A. Front Cell Neurosci. 2022; 16:1050596.

DOI

Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cels. Journal of Tissue Engineering.

Rosa González; Raquel Coronel; Adela Bernabeu; Patricia Mateos; Andreea Rosca; Victoria López*; Isabel Liste. 2024. Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cels. Journal of Tissue Engineering. SAGE. 15, pp.1-14. D1

The CSN3 subunit of the COP9 signalosome interacts with the HD region of Sos1 regulating stability of this GEF protein

Zarich N, Anta B, Fernández-Medarde A, Ballester A, de Lucas MP, Cámara AB, Anta B, Oliva JL, Rojas-Cabañeros JM and Santos E. The CSN3 subunit of the COP9 signalosome interacts with the HD region of Sos1 regulating stability of this GEF protein. Oncogenesis (2019) 8:2. DOI: 10.1038/s41389-018-0111-1

DOI

Neurotoxicity and endocrine disruption caused by polystyrene nanoparticles in zebrafish embryo

Torres-Ruiz M, de Alba-Gonzalez M, Morales M, Martin-Folgar R, Gonzalez MC, Cañas-Portilla AI* and De la Vieja A*. Neurotoxicity and endocrine disruption caused by polystyrene nanoparticles in zebrafish embryo. Science of the Total Environment 2023 874:162406. doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.162406. PMID: 36841402.

PUBMED DOI

Non-invasive biomarkers for mild cognitive impairment and Alzheimer's disease. Neurobiol Dis

Botello-Marabotto M, Martínez-Bisbal MC, Calero M, Bernardos A, Pastor AB, Medina M, Martínez-Máñez R. Non-invasive biomarkers for mild cognitive impairment and Alzheimer's disease. Neurobiol Dis. 2023 doi: 10.1016/j.nbd.2023.106312.

DOI

Seroreactivity Against Tyrosine Phosphatase PTPRN Links Type 2 Diabetes and Colorectal Cancer and Identifies a Potential Diagnostic and Therapeutic Target

Garranzo-Asensio M, Solís-Fernández G, Montero-Calle A, García-Martínez JM, Fiuza MC, Pallares P, Palacios-Garcia N, García-Jiménez C, Guzman-Aranguez A, Barderas R. Seroreactivity Against Tyrosine Phosphatase PTPRN Links Type 2 Diabetes and Colorectal Cancer and Identifies a Potential Diagnostic and Therapeutic Target. Diabetes 2022;71(3):497–510

DOI

Bronchoalveolar lavage cytokine profile in patients with Pulmonary Langerhans Cell Histiocytosis differs from other interstitial lung diseases Eur

Castillo Villegas D; Barril Farre S; Millan Billi P; Sibila Vidal O; Luque A; Acebo P; Hortelano S. 2020. Bronchoalveolar lavage cytokine profile in patients with Pulmonary Langerhans Cell Histiocytosis differs from other interstitial lung diseases Eur. Respir. J. 2020; 56: Suppl. 64, 5253. https://doi.org/10.1183/13993003.congress-2020.5253

DOI

Epigenetic Inactivation of the ERK inhibitor Spry2 in B-Cell Diffuse Lymphomas

Sánchez A, Setién F, Martínez N, Oliva JL, Herranz M, Fraga MF, Alaminos M, Esteller M & Rojas JM. Epigenetic Inactivation of the ERK inhibitor Spry2 in B-Cell Diffuse Lymphomas. Oncogene. 2008; 27: 4969- 72. doi:10.1038/onc.2008.129

DOI

Effects of Hypocalcemic Vitamin D Analogs in the Expression of DNA Damage Induced in Minilungs from hESCs: Implications for Lung Fibrosis

Effects of Hypocalcemic Vitamin D Analogs in the Expression of DNA Damage Induced in Minilungs from hESCs: Implications for Lung Fibrosis. Magro-Lopez E, Chamorro-Herrero I, Zambrano A. Int J Mol Sci. 2022 Apr 28;23(9):4921. doi: 10.3390/ijms23094921. PMID: 35563311; PMCID: PMC9104735.

PUBMED DOI

Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment

Hernández, J.A.; Rosca, A.; Suárez, S.; Coronel, R.; Suarez, O.J.; Peran-Ramos, P.; Marina, P.; Rabassa, L.E.; Mateos, P.; Liste, I.; López-Alonso, V.; Torres-Ruiz, M.; Febles, V.M.; Ramos V. (2024). Background levels and brain organoid impact of RF field exposure in a healthcare environment. Front Antennas Propag. 2, 1357649. doi: 10.3389/fanpr.2024.1357649.

DOI

EGFR amplification and EGFRvIII predict and participate in TAT-Cx43266-283 antitumor response in preclinical glioblastoma models

Álvarez-Vázquez A, San-Segundo L, Cerveró-García P, Flores-Hernández R, Ollauri-Ibáñez C, Segura-Collar B, Hubert CG, Morrison G, Pollard SM, Lathia JD, Sánchez-Gómez P, Tabernero A. (2024) EGFR amplification and EGFRvIII predict and participate in TAT-Cx43266-283 antitumor response in preclinical glioblastoma models. Neuro Oncol. Mar 20:noae060. PMID: 38507464doi: 10.1093/neuonc/noae060

DOI

Association of NIPA1 repeat expansions with amyotrophic lateral sclerosis in a large international cohort

Association of NIPA1 repeat expansions with amyotrophic lateral sclerosis in a large international cohort. Gijs HP Tazelaar, Annelot M Dekker, Joke JFA van Vugt, Rick AA van der Spek, Henk-Jan Westeneng, Lindy Kool, et al. on behalf of the Project MinE ALS Sequencing Consortium. Neurobiology of aging. 2019;74:9-15. DOI: 10.1016/j.neurobiolaging.2018.09.012

DOI

Editorial: IL-2/IL-2R axis modulation by mesenchymal stromal cells: interaction with immunosuppressive drugs?

Ballester S and Ballester A. Editorial: IL-2/IL-2R axis modulation by mesenchymal stromal cells: interaction with immunosuppressive drugs? Journal of Leukocyte Biology (2017) 101-3, pp.617-619. ISSN 1938-3673, (editorial by invitation) doi:10.1189/jlb.5CE0916-393R

PUBMED DOI

Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cells

González-Sastre, R.; Coronel, R.; Bernabeu-Zornoza, A.; Mateos-Martínez, P.; Rosca, A.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2024). Efficient generation of human cerebral organoids directly from adherent cultures of pluripotent stem cells. J Tissue Eng. 15, 20417314231226027. doi: 10.1177/20417314231226027

DOI

New approach methods to improve human health risk assessment of thyroid hormone system disruption – a PARC project

Ramhøj L, Axelstad M, Baert Y, Cañas-Portilla AI, Chalmel F, Marchandise L, De La Vieja A, Evrard B, Haigis AC, Hamers T, Holbech H, Iglesias-Hernandez P, Knapen D, Morthorst JE, Nikolov NG, Nissen ACV, Oelgeschlaeger M, Renko K, Rogiers V, Schüürmann G, Stinckens E, Houmark M, Torres-Ruiz M, van Duursen M, Vanhaecke T, Vergauwen L, Wedebye EB, Svingen T*. New approach methods to improve human health risk assessment of thyroid hormone system disruption – a PARC project. Frontiers in Toxicology. 2023, 5:1189303. doi: 10.3389/ftox.2023.1189303. PMID: 37265663

PUBMED DOI

TNAP and P2X7R: New Plasma Biomarkers for Alzheimer's Disease

Aivar P, Bianchi C, Di Lauro C, Soria-Tobar L, Alvarez-Castelao B, Calero M, Medina M, Diaz-Hernandez M. TNAP and P2X7R: New Plasma Biomarkers for Alzheimer's Disease. Int J Mol Sci. 2023 24(13):10897. doi: 10.3390/ijms241310897.

DOI

Effects of 700 and 3500 MHz 5G radiofrequency exposure on developing zebrafish embryos

Torres-Ruiz M, Suárez OJ, López V, Marina P, Sanchis A, Liste I, de Alba M, Ramos V. Effects of 700 and 3500 MHz 5G radiofrequency exposure on developing zebrafish embryos. Sci Total Environ. 2024 Jan 8:169475. D1.

Towards Control and Oversight of SARS-CoV-2 Diagnosis and Monitoring through Multiplexed Quantitative Electroanalytical Immune Response Biosensors

Torrente-Rodríguez RM, Montero-Calle A, San Bartolomé C, Cano O, Vázquez M, Iglesias-Caballero M, Corral-Lugo A, McConnell MJ, Pascal M, Mas V, Pingarrón JM, Barderas R, Campuzano S. Towards Control and Oversight of SARS-CoV-2 Diagnosis and Monitoring through Multiplexed Quantitative Electroanalytical Immune Response Biosensors. Angewandte Chemie 2022; 61:e202203662

DOI

alpha-hispanolol induces apoptosis and suppresses migration and invasion of glioblastoma cells likely via downregulation of MMP-2/9 expression

Sánchez-Martín V; Jiménez-García L; Herranz S; Luque A; Acebo P; de las Heras B; Hortelano S. 2019. alpha-hispanolol induces apoptosis and suppresses migration and invasion of glioblastoma cells likely via downregulation of MMP-2/9 expression. Front Pharmacol. 2019 Sep 3;10:935. https://doi.org/10.3389/fphar.2019.00935.

DOI

Cell density-dependent inhibition of epidermal growth factor receptor signaling by p38alpha mitogen- activated protein kinase via Sprouty2 downregulation

Swat A, Dolado I, Rojas JM & Nebreda AR. Cell density-dependent inhibition of epidermal growth factor receptor signaling by p38alpha mitogen- activated protein kinase via Sprouty2 downregulation. Molecular and Cellular Biology. 2009; 29: 3332-43. doi:10.1128/MCB.01955-08

DOI

Minilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract

Minilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract. Sempere J, Rossi SA, Chamorro-Herrero I, González-Camacho F, de Lucas MP, Rojas-Cabañeros JM, Taborda CP, Zaragoza Ó, Yuste J, Zambrano A. Microbiol Spectr. 2022 Jun 29;10(3):e0045322. doi: 10.1128/spectrum.00453-22. Epub 2022 Jun 13. PMID: 35695525; PMCID: PMC9241785.

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Listado de personal

Información adicional

El objetivo principal de la Unidad de PROTEÓMICA FUNCIONAL consiste en la identificación de biomarcadores de las enfermedades crónicas más prevalentes utilizando herramientas proteómicas de última generación. Para ello utilizamos técnicas basadas en espectrometría de masas y microarrays de anticuerpos para identificar proteínas alteradas durante la formación y progresión de dichas enfermedades, así como microarrays de proteínas y fagos para analizar la respuesta humoral que tiene lugar en dichos pacientes e identificar autoanticuerpos como biomarcadores específicos de dichas enfermedades. Asimismo, buscamos desarrollar e implementar nuevos métodos que permitan el diagnóstico temprano de dichas patologías.  Nuestro foco de estudio es el cáncer de colon y enfermedades crónicas relacionadas negativamente. Una vez identificadas las moléculas alteradas buscamos entender mediante ensayos funcionales cómo dichas alteraciones afectan a nivel molecular durante la formación y progresión de dichas patologías con el fin de identificar nuevas dianas terapéuticas que permitan actuar contra ellas.  Las principales contribuciones científicas del Grupo de investigación están enmarcadas en el campo de la Proteómica, Cáncer e Inmunología, contribuyendo en los últimos años a la identificación de proteínas y autoanticuerpos específicos de cáncer colorrectal, y al desarrollo de inmunoensayos que permitan un diagnóstico temprano de la patología.


 

 

Noticias/Actualidad/divulgación
Se puede seguir la actualidad y noticias vinculadas a la Unidad de Proteómica Funcional en la cuenta de X

(Barderas' Lab (@ProteoFun) / X, antiguo Twitter)

 
Premios

Distintos miembros del grupo como investigadores predoctorales, postdoctorales o como IP o en colaboración con el grupo de Electroanalisis y Biosensores Electroquímicos liderado por la Dra. Susana Campuzano Ruiz de la Universidad Complutense de Madrid (@GEBE en X) han obtenido 20 premios a comunicaciones tipo póster o comunicaciones orales.
Entre ellos se quiere destacar:

  1. Premios tipo póster: Premios a la comunicación tipo póster de la EAACI 2015, de la Human Proteome Organization 2014, de la SEPROT 2019, 2022, entre otros.
  2. Entre los premios a comunicaciones orales destacar el Premio IMMUNOTEK a la mejor exposición oral de las jornadas de la Sociedad de Inmunología de la Comunidad de Madrid 2015 (Pablo San Segundo Acosta), Joint Congress de las Sociedades Española, Francesa y Portuguesa de Proteómica 2022 en Vilamoura (2022).
  3. “III Premio de Investigación en Medicina Personalizada de Precisión” de la Fundación Roche y la UCM en Febrero de 2022. Rodrigo Barderas, Susana Campuzano y José Manuel Pingarrón.

Patentes

  • Nuevo método para el diagnósitco de glaucoma o cataratas en un sujeto.

Autores: Ana Montero Calle, Raquel Rejas González, Ana Guzmán Aránguez, Alejandro Valverde, Susana Campuzano y Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P202430051. Fecha de recepción: 22 enero 2024.  

  • Método de Diagnóstico/Pronóstico del cáncer colorrectal basado en la detección en suero de anticuerpos frente a autoantígenos tumorales. 

Autores: Ingrid Babel, José Ignacio Casal Álvarez, Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P201030708. Fecha: 13 de mayo de 2010.

Licenciada a Protein Alternatives, S.L. 

  • Método de obtención de datos útiles para el diagnóstico o el pronóstico del cáncer colorrectal. 

Autores: Ingrid Babel, José Ignacio Casal Álvarez, Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P200930203. Fecha: 29 de mayo de 2009.

Licenciada a Protein Alternatives, S.L. 

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