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Investigación

Proteómica Funcional

Líneas de investigación

Contenidos con Investigacion Proteómica Funcional .

Caracterización molecular, identificación y validación de biomarcadores de cáncer colorrectal


El desarrollo del cáncer colorrectal se produce durante décadas como resultado de múltiples y acumulativas alteraciones genéticas que provocan la transformación de una lesión benigna en un adenoma y finalmente en un adenocarcinoma colorrectal (la secuencia adenoma-carcinoma). Este modelo propuesto por Bert Vogelstein en los años 80 que incluía alteraciones en APC, KRAS y p53 actualmente se considera demasiado escueto y múltiples estudios sugieren que la carcinogénesis es un proceso extremadamente complejo con múltiples alteraciones genéticas adicionales en un gran número de oncogenes y genes supresores de tumores. Estas mutaciones producidas en la célula tumoral provocan por un lado alteraciones a nivel de proteína (expresión, localización, mutación, quimeras, proteínas aberrantes, sobreactivación,…) y por otro lado una respuesta inmune humoral (autoanticuerpos) frente a proteínas alteradas en los pacientes -inmunómica- durante la formación y progresión tumoral, que una vez identificadas mediante proteómica pueden servir como biomarcadores de la patología.
Los objetivos de esta línea de investigación consisten en:

i) el análisis mediante proteómica del cáncer colorrectal con el fin de encontrar proteínas alteradas durante la formación y progresión de la enfermedad,

ii) análisis inmunómico y validación de autoantígenos específicos de la enfermedad, y

iii) desarrollo de inmunoensayos que permitan la detección múltiple de autoanticuerpos y proteínas alteradas para el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal
Responsable de la línea: Rodrigo Barderas

 

Identificación de biomarcadores de deterioro cognitivo y Enfermedad de Alzheimer


La enfermedad de Alzheimer (EA) es la forma más común de demencia a nivel mundial. El desarrollo de la EA puede durar más de 20 años, pasando por las fases pre-clínica (surgen los primeros cambios histopatológicos, pero no se manifiestan síntomas clínicos), prodrómica (deterioro cognitivo leve, primeros síntomas clínicos leves) y clínica (enfermedad de Alzheimer). Las dos principales marcas histopatológicas de la EA incluyen la formación de placas amiloides extracelulares por la acumulación del péptido -amiloide, y la formación de ovillos neurofibrilares intraneuronales por la acumulación de la proteína TAU hiperfosforilada.

Además, durante la progresión de la enfermedad se producen también otros cambios histopatológicos, como son pérdida sináptica, disminución de neurotransmisores específicos, inflamación o muerte neuronal. Todos estos cambios están relacionados con alteraciones en las proteínas cerebrales, a nivel de expresión, localización, activación, mutaciones o frameshifts (expresión de proteínas aberrantes).

Además, las técnicas actuales para el diagnóstico de esta enfermedad son técnicas muy invasivas, poco específicas o que permiten un diagnóstico tardío de la enfermedad, cuando los tratamientos actualmente disponibles no van a ser eficaces para frenar la enfermedad.

Por todo ello, la caracterización del contenido proteico del cerebro de estos pacientes permitiría una mejor compresión de la patología, así como de los procesos biológicos que se ven alterados durante su progresión, lo cual posibilitaría la identificación de nuevas dianas terapéuticas y, potencialmente, el desarrollo de nuevos fármacos que permitan el tratamiento temprano y eficaz de la enfermedad. 
Los objetivos de esta línea de investigación consisten en:

i) analizar el contenido proteico del cerebro de pacientes de la EA e individuos sanos para identificar proteínas alteradas durante la progresión de la enfermedad mediante proteómica cuantitativa,

ii) identificar el papel funcional y patológico de dichas proteínas y su potencial implicación en el desarrollo de la enfermedad mediante el empleo de organoides y modelos murinos de la enfermedad,

iii) identificar proteínas desreguladas en individuos con deterioro cognitivo leve que puedan ser útiles para un diagnóstico temprano de la enfermedad mediante proteómica cuantitativa, empleando plasma y PBMCs (células mononucleares de sangre periférica) de dichos individuos y personas sanas,

iv)  identificación de biomarcadores plasmáticos con una alta capacidad diagnóstica de la enfermedad que permitan su diagnóstico temprano mediante análisis sanguíneo, y

v) desarrollo de inmunoensayos que permitan la detección múltiple de autoanticuerpos y proteínas alteradas para el diagnóstico temprano de la Enfermedad de Alzheimer. 
Responsables de la línea: Ana Montero Calle y Rodrigo Barderas Manchado

Otras líneas de Investigación (en colaboración):

Responsable: Rodrigo Barderas Manchado

  • Desarrollo de biosensores para la detección temprana de enfermedades crónicas con un foco especial en cáncer colorrectal y Enfermedad de Alzheimer (Dra. Susana Campuzano Ruiz, UCM).
  • Caracterización proteómica de enfermedades crónicas con un alto componente inflamatorio (Dra. Ana Guzmán Aránguez, UCM).
  • Obtención de anticuerpos y mimotopos mediante Phage Display para la detección de toxinas (Dra. Elena Benito Peña, UCM).
  • Desarrollo de micromotores para la detección de la EA (Dr. Alberto Escarpa, UAH).
  • Super-resolution analysis of protein markers: combining proteomics and super-resolution confocal microscopy (Dra. Susana Rocha, KU Leuven).
  • Proteomics analyses of chronic diseases (Dra. Marta L. Mendes, Luxembourg Institute of Health).

Responsable: Pablo San Segundo Acosta

 

  • Colaboración con la Doctora Bonnie J. Murphy, directora del laboratorio de enzimas redox y metaloproteínas del Instituto Max Planck de Biofísica, para el estudio estructural y bioquímico de NADPH oxidasas bacterianas mediante criomicroscopía electrónica y otras técnicas afines.
  • Colaboración con la Doctora Bonnie J. Murphy y el profesor Seigo Shima (Max Planck Institute of Terrestrial Microbiology), para el estudio de supercomplejos metanogénicos mediante criomicroscopía. 
     

Proyectos de investigación

Contenidos con Investigacion Proteómica Funcional .

Proyectos en curso

  • PROYECTO: Desfragmentación del papel principal en cáncer colorrectal como biomarcadores y para intervención terapéutica de proteínas de unión a RNA, proteínas oscuras y PTMs. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2024-2026. Cuantía: 152.000 €. PI23CIII/00027
  • PROYECTO: Enfermedades crónicas y proteoma fantasma: identificación y validación de proteínas alternativas como marcadores específicos (GhostProtCD). Entidad Financiadora: MINECO. Investigador Principal: Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2023-2027. Cuantía: 200.000 €. PID2022-140307OB-I00
  • PROYECTO: ALADDIN - Accelerated Discovery Nanobody Platform. Entidad Financiadora: European Union: HORIZON-EIC2023-PATHFINDEROPEN-01-01. Investigadores Principales: Luis Ángel Fernández (CNB-CSIC), Rodrigo Barderas Manchado (ISCIII), Dina Schneidman (HUJI), Alar Inla & Lorena Dieguez (INL), Lasse Jensen (LIU), Carmen Palomino (Zirka InnoTech), Georgios Lolas (InCELLIA), Javier Martínez Useros (IIS-FJD). Duración: 2024-2027. Cuantía: 3.316.191 €. 101130574
  • PROYECTO: Medicina Personalizada (MedPer) en la detección precoz del deterioro cognitivo (DC) preclinico. Desarrollo de un modelo predictivo de riesgo. Entidad Financiadora: Proyectos de Investigación de Medicina Personalizada de Precisión de la Acción Estratégica en Salud 2021-2023. Investigadores Principales: Ángeles Almeida Parra, Mayte Moreno Casbas y Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2022-2024. Cuantía: 1.793.750 €. PMP22/00084 
  • PROYECTO: Desarrollo preclínico y evolución de anticuerpos de segunda generación para el tratamiento del cáncer colorrectal metastásico. Entidad Financiadora: Proyectos de I+D+I vinculados a la medicina personalizada y terapias avanzadas. Investigadores Principales: Jose Ignacio Casal Álvarez, Juan Ignacio Imbaud, Joaquín Arribas y Rodrigo Barderas Manchado. Duración: 2023-2024. Cuantía: 629.877,22 €. PMPTA22/00108
  • PROYECTO: Identificación y validación de biomarcadores de cáncer colorrectal involucrados en la diseminación del tumor. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas. Duración: 2021-2024.  Cuantía: 112.000 €. PI20CIII/00019.

Proyectos anteriores

  • PROYECTO: Análisis inmunómico y proteómico cuantitativo dl cáncer colorrectal y enfermedades crónicas negativamente relacionadas para su diagnóstico temprano. Entidad Financiadora: AES-ISCIII. Investigador Principal: Rodrigo Barderas. Duración: 2018-2021. Cuantía: 89000 € + Técnico FPII. PI17CIII/00045.
  • PROYECTO: Disfunción de la barrera epitelial y marcadores específicos: hacia conceptos y metodologías emergentes. Entidad Financiadora: MINECO. Investigador Principal: Rodrigo Barderas y Mayte Villalba. Duración: 2015-2017. Cuantía: 140.000 € + costes indirectos. SAF2014-53209-R.
  • PROYECTO: Plataforma en Red de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos (Proteored ISCIII). Entidad Financiadora: ISCIII. Investigador Asociado al Nodo del CIB: Investigador Principal: Ignacio Casal. 2014-2017
  • PROYECTO: ASMA, REACCIONES ADVERSAS Y ALÉRGICAS. Redes Temáticas de Investigación Cooperativa en Salud (ARADyAL). Entidad Financiadora: Ministerio de Economía y competitividad. ISCIII RD16/0006/0014. Investigador Principal: María José Torres. Duración: 2017-2020. Investigador en Grupo UCM.
     
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Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells

Aβ42 Peptide Promotes Proliferation and Gliogenesis in Human Neural Stem Cells. Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Calero M, Martínez-Serrano A, Cano E, Zambrano A, Liste I. Mol Neurobiol. 2019 Jun;56(6):4023-4036. doi: 10.1007/s12035-018-1355-7. Epub 2018 Sep 27. PMID: 30259399.

PUBMED DOI

Reduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease

Antequera D, Carrero L, Gonzalez-Sanchez M, Cantero JL, Orive G, Municio C, Carro E. Reduced Salivary Lactoferrin Levels in Early-Onset Alzheimer's Disease. Aging Dis. 2024 May 7;15(3):945-947. doi: 10.14336/AD.2023.0819.

DOI

Immune profiling of gliomas reveals a connection with Tau function and the tumor vasculature

Cejalvo T*, Gargini R*, Segura-Collar B, Mata P, Herránz B, Cantero D, Ruano Y, García-Pérez D, Pérez-Núñez A, Ramos A, Hernández-Laín A, Cruz Martín-Soberón M, Sánchez-Gómez P# and Sepúlveda-Sánchez JM# (# Co-corresponding author) (* Co-1st author). (2020) Immune profiling of gliomas reveals a connection with Tau function and the tumor vasculature. Cancers. 12-11, pp.E3230. PMID: 33147752doi: 10.3390/cancers12113230

DOI

European mitochondrial DNA haplogroups and metabolic disorders in HIV/HCV-coinfected patients on highly active antiretroviral therapy

European mitochondrial DNA haplogroups and metabolic disorders in HIV/HCV-coinfected patients on highly active antiretroviral therapy. Micheloud D, Berenguer J, Guzmán-Fulgencio M, Campos Y, García-Álvarez M, Catalán P, Cosín J, Miralles P, López JC, Resino S.J Acquir Immune Defic Syndr. 2011 ; 58:371-8. DOI: 10.1097/QAI.0b013e31822d2629

DOI

European mitochondrial DNA haplogroups and liver fibrosis in HIV and hepatitis C virus coinfected patients

European mitochondrial DNA haplogroups and liver fibrosis in HIV and hepatitis C virus coinfected patients. García-Álvarez M, Guzmán-Fulgencio M, Berenguer J, Micheloud D, Campos Y, López JC, Cosín J, Miralles P, Alvarez E, Resino S. AIDS. 2011;25:1619-926. DOI: 10.1097/QAD.0b013e328349820f

DOI

Neurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide

Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Martín, A.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2022). Neurogenesis is increased in human neural stem cells by Aβ40 peptide. Int J Mol Sci. 23, 5820. doi: 10.3390/ijms23105820.

DOI

Toxicity of nanoplastics for zebrafish embryos, what we know and where to go next

Torres-Ruiz M*, De la Vieja A, Gonzalez MD, Lopez ME, Castaño-Calvo A, Cañas-Portilla AI. Toxicity of nanoplastics for zebrafish embryos, what we know and where to go next. Science of the Total Environment 2021 797:149125. PMID: 34346375. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.149125

DOI

Colocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice

Di Tomaso MV, Vázquez Alberdi L, Olsson D, Cancela S, Fernández A, Rosillo JC, Reyes Ábalos AL, Álvarez Zabaleta M, Calero M, Kun A. Colocalization Analysis of Peripheral Myelin Protein-22 and Lamin-B1 in the Schwann Cell Nuclei of Wt and TrJ Mice. Biomolecules. 2022 12(3):456. doi: 10.3390/biom12030456.

DOI

The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence

Garcia-Corzo L, Calatayud-Baselga I, Casares-Crespo L, Mora-Martinez C, Julian Escribano-Saiz J, Hortiguela R, et al. The transcription factor LEF1 interacts with NFIX and switches isoforms during adult hippocampal neural stem cell quiescence. Front Cell Dev Biol. 2022;10:912319. Q1

ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology.

Pastor-Morate D, Amigo-Morán L, Garranzo-Asensio M, Rejas-González R, Carnicero P, Rodríguez N, Pérez-Robledo JP, Barderas R, Prieto-Nieto I, Domínguez G. ΔNp73 and its effector targets promote colorectal peritoneal carcinosis and predict survival. The Journal of Pathology. 2024;263:328.

DOI

Regulation of CBP andTip60 coordinates histone acetylation at local and global level during Ras-induced transformation

Sánchez-Molina S, Estarás C, Oliva JL, Akizu N, Asensio-Juan E, Rojas JM & Martínez-Balbás MA. Regulation of CBP andTip60 coordinates histone acetylation at local and global level during Ras-induced transformation. Carcinogenesis 2014; 35(10):2194-202. doi:10.1093/carcin/bgu111

DOI

Establishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish

A Luque; A González-Granja; L González; C Tafalla. 2014. Establishment and characterization of a rainbow trout heart endothelial cell line with susceptibility to viral hemorrhagic septicemia virus (VHSV) Fish Shellfish Immunol. 2014 May;38(1):255-64. https://doi.org/10.1016/j.fsi.2014.03.027.

DOI

Role of Amyloid Precursor Protein (APP) and Its Derivatives in the Biology and Cell Fate Specification of Neural Stem Cells

Coronel R, Bernabeu-Zornoza A, Palmer C, Muñiz-Moreno M, Zambrano A, Cano E, Liste I. Mol Neurobiol. 2018 Sep;55(9):7107-7117. doi: 10.1007/s12035-018-0914-2. Epub 2018 Jan 30. PMID: 29383688

PUBMED DOI

Epigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease

Alves VC, Figueiro-Silva J, Ferrer I, Carro E. Epigenetic silencing of OR and TAS2R genes expression in human orbitofrontal cortex at early stages of sporadic Alzheimer's disease. Cell Mol Life Sci. 2023 Jul 5;80(8):196. doi: 10.1007/s00018-023-04845-1.

DOI

Synthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors

Castaño T, Wang H, Campillo NE, Ballester S, González-García C, Hernández J, Pérez C, Cuenca J, Pérez-Castillo A, Martínez A, Huertas O, Gelpí JL, Luque FJ, Ke H and Gil C. Synthesis, structural analysis, and biological evaluation of thioxoquinazoline derivatives as phosphodiesterase 7 inhibitors. ChemMedChem. (2009) 4-5, pp.866-876.PMCID: PMC2952885 doi:10.1002/cmdc.200900043

PUBMED DOI

Cellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target

Gargini R, Segura-Co llar B, Sánchez-Gómez P. (2020) Cellular plasticity and tumor microenvironment in gliomas: the struggle to hit a moving target. Cancers. 12(6): E1622. PMID: 32570988 doi: 10.3390/cancers12061622

DOI

Oligomeric and fibrillar species of Aβ42 diversely affect human neural stem cells

Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; López-Alonso, V.; Liste, I. (2021). Oligomeric and fibrillar species of Aβ42 diversely affect human neural stem cells. Int J Mol Sci. 22, 9537. doi: 10.3390/ijms22179537.

DOI

Radio-Iodide Treatment: From Molecular Aspects to the Clinical View

De la Vieja A* and Riesco-Eizaguirre G. Radio-Iodide Treatment: From Molecular Aspects to the Clinical View. Cancers 2021 13(5):995. PMID: 33673669. doi: 10.3390/cancers13050995

DOI

Blood DNAMethylation Patterns in Older Adults With Evolving Dementia

Pérez RF, Alba-Linares JJ, Tejedor JR, Fernández AF, Calero M, Román-Domínguez A, Borrás C, Viña J, Ávila J, Medina M, Fraga MF. Blood DNAMethylation Patterns in Older Adults With Evolving Dementia. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 2022 77(9):1743-1749. doi: 10.1093/gerona/glac068.

DOI

Prevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain

Varsaki A, Ortiz S, Santorum P, López P, López-Alonso V, Hernández M, Abad D, Rodríguez-Grande J, Ocampo-Sosa AA, Martínez-Suárez JV. Prevalence and Population Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Dairy Cattle Farms in the Cantabria Region of Spain. Animals (Basel). 2022 Sep 19;12(18):2477. Q1

Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis

Montero-Calle A, Jiménez de Ocaña S, Benavente-Naranjo R, Rejas-González R, Bartolomé RA, Martínez-Useros J, Sanz R, Dziaková J, Fernández-Aceñero MJ, Mendiola M, et al. Functional Proteomics Characterization of the Role of SPRYD7 in Colorectal Cancer Progression and Metastasis. Cells. 2023; 12:2548.

DOI

Shoc2/Sur8 protein regulates neurite outgrowth

León G, Sánchez-Ruiloba L, Perez-Rodriguez A, Gragera T, Martinez N, Hernandez S, Anta B, Calero O, Garcia-Domínguez CA, Dura LM, Peña-J Jimenez D, Castro J, Zarich N, Sanchez-Gomez P, Calero M, Iglesias T, Oliva JL & Rojas JM. Shoc2/Sur8 protein regulates neurite outgrowth. PloS ONE. 2014; 9(12):e114837. doi:10.1371/journal.pone.0114837

DOI

Detrimental pro-senescence effects of vitamin D on lung fibrosis

Guijarro T, Magro-Lopez E, Manso J, Garcia-Martinez R, Fernandez-Aceñero MJ, Liste I, Zambrano A. Mol Med. 2018 Dec 19;24(1):64. doi: 10.1186/s10020-018-0064-z. PMID: 30567504; PMCID: PMC6299997.

PUBMED DOI

Beta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism

Zovein AC, Luque A, Turlo KA, Hofmann JJ, Yee KM, Becker MS, Fassler R, Mellman I, Lane TF, Iruela-Arispe ML. Beta1 integrin establishes endothelial cell polarity and arteriolar lumen formation via a Par3-dependent mechanism. Dev Cell. 2010 Jan 19;18(1):39-51. Los dos mpriemros autores han contribuido igualmente en este trabajo. doi: 10.1016/j.devcel.2009.12.006.

DOI

Effects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids

Effects of lung and airway epithelial maturation cocktail on the structure of lung bud organoids. Magro-Lopez E, Palmer C, Manso J, Liste I, Zambrano A. Stem Cell Res Ther. 2018 Jul 11;9(1):186. doi: 10.1186/s13287-018-0943-9. PMID: 29996941; PMCID: PMC6042463.

PUBMED DOI

Salivary Lactoferrin Expression in a Mouse Model of Alzheimer's Disease

Antequera D, Moneo D, Carrero L, Bartolome F, Ferrer I, Proctor G, Carro E. Salivary Lactoferrin Expression in a Mouse Model of Alzheimer's Disease. Front Immunol. 2021 Sep 30;12:749468. doi: 10.3389/fimmu.2021.749468.

DOI

Beta interferon restricts the inflammatory potential of CD4+ cells through the boost of the Th2 phenotype, the inhibition of Th17 response and the prevalence of naturally occurring T regulatory cells

Martín-Saavedra FM, González-García C, Bravo B and Ballester S. Beta interferon restricts the inflammatory potential of CD4+ cells through the boost of the Th2 phenotype, the inhibition of Th17 response and the prevalence of naturally occurring T regulatory cells. Molecular Immunology (2008)45-15, pp.4008-4019. ISSN 0161-5890 doi:10.1016/j.molimm.2008.06.006

PUBMED DOI

The IDH-Tau-EGFR triad defines the neovascular landscape of diffuse gliomas by controlling mesenchymal differentiation

Gargini R*, Segura-Collar B*, Hernández-SanMiguel E, Garcia-Escudero V, Romero-Bravo A, Herránz B, Núñez FJ, Cantero D, García-Pérez D, Ayuso-Sacido A, Seoane J, Sepúlveda-Sánchez JM, Hernández-Laín A, Castro MG, García-Escudero R, Ávila J* and Sánchez-Gómez P*. (* Co-corresponding author) (* Co-1st author) (2020) The IDH-Tau-EGFR triad defines the neovascular landscape of diffuse gliomas by controlling mesenchymal differentiation. Sci. Transl. Med.12 (527). PMID: 31969485 doi: 10.1126/scitranslmed.aax1501

DOI

Aβ42 peptide promotes proliferation and gliogenesis in human neural stem cells

Bernabeu-Zornoza, A.; Coronel, R.; Palmer, C.; Calero, M.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Zambrano, A.; Liste, I. (2019). Aβ42 peptide promotes proliferation and gliogenesis in human neural stem cells. Mol Neurobiol. 56, 4023-4036. doi: 10.1007/s12035-018-1355-7.

DOI

Diagnostic accuracy of cerebrospinal fluid biomarkers in genetic prion diseases

Schmitz M, Villar-Piqué A, Hermann P, Escaramís G, Calero M, Chen C, Kruse N, Cramm M, Golanska E, Sikorska B, Liberski PP, Pocchiari M, Lange P, Stehmann C, Sarros S, Martí E, Baldeiras I, Santana I, Žáková D, Mitrová E, Dong XP, Collins S, Poleggi A, Ladogana A, Mollenhauer B, Kovacs GG, Geschwind MD, Sánchez-Valle R, Zerr I, Llorens F. Diagnostic accuracy of cerebrospinal fluid biomarkers in genetic prion diseases. Brain. 2022 145(2):700-712. doi: 10.1093/brain/awab350.

DOI

Anchorage of VEGF to the extracellular matrix conveys differential signaling responses to endothelial cells

TT Chen; A Luque; S Lee; SM Anderson; T Segura; ML Iruela-Arispe. 2010. Anchorage of VEGF to the extracellular matrix conveys differential signaling responses to endothelial cells. J Cell Biol. 2010 Feb 22;188(4):595-609. https://doi.org/10.1083/jcb.200906044.

DOI

Neurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide

Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Lopez-Alonso V, Liste I. Neurogenesis Is Increased in Human Neural Stem Cells by A40 Peptide. Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 5820. Q1

Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer

Montero-Calle A, Gomez de Cedron M, Quijada-Freire A, Solís-Fernandez G, López-Alonso V, Espinosa-Salinas I, Pelaez-García A, Fernandez-Aceñero MJ, Ramírez de Molina A, Barderas R. Metabolic Reprogramming Helps to Define Different Metastatic Tropisms in Colorectal Cancer. Front. Oncol. 2022; 12

DOI

SPROUTY-2 represses the epithelial phenotype of colon carcinoma cells via upregulation of ZEB1 mediated by ETS1 and miR-200/miR-150

Barbáchano A, Fernández-Barral A, Pereira F, Segura MF, Ordóñez-Morán P, Carrillo-de Santa Pau E, González-Sancho JM, Hanniford D, Martínez N, Costales-Carrera A, Real FX, Pálmer HG, Rojas JM, Hernando E & Muñoz A. SPROUTY-2 represses the epithelial phenotype of colon carcinoma cells via upregulation of ZEB1 mediated by ETS1 and miR-200/miR-150. Oncogene. 2016; 35(23):2991-3003. doi:10.1038/onc.2015.366

DOI

Radio-Iodide Treatment: From Molecular Aspects to the Clinical View

Gutiérrez-Salmerón M, García-Martínez JM, Martinez-Useros J, Fernandez-Aceñedo MJ, Viollet B, Olivier S, Chauha J, Lucena SR, De la Vieja A, Goding CR and Chocarro-Calvo A* and García-Jiménez C*. Paradoxical activation of AMPK by glucose drives selective EP300 activity in colorectal cancer. Plos Biology 2020 6: e3000732. PMID 32603375. DOI: 10.1371/journal.pbio.3000732

PUBMED DOI

Amyloid-β impairs mitochondrial dynamics and autophagy in Alzheimer's disease experimental models

de la Cueva M, Antequera D, Ordoñez-Gutierrez L, Wandosell F, Camins A, Carro E, Bartolome F. Amyloid-β impairs mitochondrial dynamics and autophagy in Alzheimer's disease experimental models. Sci Rep. 2022 Jun 16;12(1):10092. doi: 10.1038/s41598-022-13683-3.

DOI

Beta-interferon unbalances the peripheral T cell proinflammatory response in experimental autoimmune encephalomyelitis

Martín-Saavedra FM, Flores N, Dorado B, Eguiluz C, Bravo B, García-Merino A and Ballester S. Beta-interferon unbalances the peripheral T cell proinflammatory response in experimental autoimmune encephalomyelitis. Molecular immunology (2007) 44-14, pp.3597-3607. ISSN 0161-5890 doi:10.1016/j.molimm.2007.03.002

PUBMED DOI

The EGFR-TMEM167A-p53 Axis Defines the Aggressiveness of Gliomas

Segura-Collar B, Gargini R, Tovar-Ambel E, Hernández-SanMiguel E, Epifano C, Pérez de Castro I, Hernández-Laín A, Casas-Tintó S, Sánchez-Gómez P. (2020) The EGFR-TMEM167A-p53 Axis Defines the Aggressiveness of Gliomas. Cancers 12(1):208. PMID: 31947645 doi: 10.3390/cancers12010208

DOI

Neuronal and glial differentiation of human neural stem cells is regulated by amyloid precursor protein (APP) levels

Coronel, R.; Lachgar, M.; Bernabeu-Zornoza, A.; Palmer, C.; Domínguez-Alvaro, M.; Revilla, A.; Ocaña, I.; Fernández, A.; Martínez-Serrano, A.; Cano, E.; Liste, I. (2019). Neuronal and glial differentiation of human neural stem cells is regulated by amyloid precursor protein (APP) levels. Mol Neurobiol. 56, 1248-1261. doi: 10.1007/s12035-018-1167-9.

DOI

Survival Patterns of Human Prion Diseases in Spain, 1998-2018: Clinical Phenotypes and Etiological Clues

Tejedor-Romero L, López-Cuadrado T, Almazán-Isla J, Calero M, García López FJ, de Pedro-Cuesta J. Survival Patterns of Human Prion Diseases in Spain, 1998-2018: Clinical Phenotypes and Etiological Clues. Front Neurosci. 2022 15:773727. doi: 10.3389/fnins.2021.773727.

DOI

ILK mediates LPS-induced vascular adhesion receptor expression and subsequent leukocyte trans-endothelial migration

S Hortelano; R López-Fontal; PG Través; N Villa; C Grashoff; L Boscá; A Luque. 2010. ILK mediates LPS-induced vascular adhesion receptor expression and subsequent leukocyte trans-endothelial migration. Cardiovasc Res. 2010. May 1;86(2):283-92. https://doi.org/10.1093/cvr/cvq050.

DOI

Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis

Al-Chalabi, Al Khleifat A, Iacoangeli A, van Vugt J, Moisse M, Zwamborn R, van der Spek R, Shatunov A, Cooper-Knock, Topp S, Byrne R, Gellera C, López Alonso V et al. “Structural variation analysis of 6,500 whole genome sequences in amyotrophic lateral sclerosis". NPJ Genomic Medicine 2022, 7(1). Q1.

Phage-Derived and Aberrant HaloTag Peptides Immobilized on Magnetic Microbeads for Amperometric Biosensing of Serum Autoantibodies and Alzheimer's Disease Diagnosis

Alejandro Valverde, Ana Montero-Calle, Beatriz Arévalo, Dr. Pablo San Segundo-Acosta, Dr. Verónica Serafín, Miren Alonso-Navarro, Guillermo Solís-Fernández, Prof. José M. Pingarrón, Dr. Susana Campuzano, Dr. Rodrigo Barderas. Phage-Derived and Aberrant HaloTag Peptides Immobilized on Magnetic Microbeads for Amperometric Biosensing of Serum Autoantibodies and Alzheimer's Disease Diagnosis. Analysis and Sensing. 2021; 1:161.

DOI

PGA1-induced apoptosis involves specific activation of H-Ras and N-Ras in cellular endomembranes

Anta B, Pérez-Rodríguez A, Castro J, García-Domínguez CA, Ibiza S, Martínez N, Durá LM, Hernández S, Gragera T, Peña-Jiménez D, Yunta M, Zarich N, Crespo P, Serrador JM, Santos E, Muñoz A, Oliva JL & Rojas-Cabañeros JM. PGA1-induced apoptosis involves specific activation of H-Ras and N-Ras in cellular endomembranes. Cell Death and Disease. 2016; 7(7):e2311. doi:10.1038/cddis.2016.219

DOI

A Two-Dimensional Human Minilung System (Model) for Respiratory Syncytial Virus Infections

A Two-Dimensional Human Minilung System (Model) for Respiratory Syncytial Virus Infections. Magro-Lopez E, Guijarro T, Martinez I, Martin-Vicente M, Liste I, Zambrano A. Viruses. 2017 Dec 10;9(12):379. doi: 10.3390/v9120379. PMID: 29232863; PMCID: PMC5744153.

PUBMED DOI

La Nutrición de yodo en España. Necesidades para el Futuro

Vila L, Lucas A, Donnay S, De la Vieja A, Wengrovicz S, Santiago P, Bandrés O, Velasco I, García-Fuentes E, Ares S, Moreno JC, Espada M, Muñoz JA, Galofré JC and Puig-Domingo M. La Nutrición de yodo en España. Necesidades para el Futuro. Endocrinología Diabetes y Nutrición 2019 67(1):61-69. PMID: 30962160. DOI: 10.1016/j.endinu.2019.02.009

DOI

Differentially Aquaporin 5 Expression in Submandibular Glands and Cerebral Cortex in Alzheimer's Disease

Antequera D, Carrero L, Cunha Alves V, Ferrer I, Hernández-Gallego J, Municio C, Carro E. Differentially Aquaporin 5 Expression in Submandibular Glands and Cerebral Cortex in Alzheimer's Disease. Biomedicines. 2022 Jul 8;10(7):1645. doi: 10.3390/biomedicines10071645.

DOI

The activity of interleukin-4 receptor alpha-chain promoter is regulated by a GT box element

13. Dorado B, Martín-Saavedra FM, Jerez MJ, Ballester S. The activity of interleukin-4 receptor alpha-chain promoter is regulated by a GT box element. Molecular Immunology (2006) 43-11, pp.1808-1816. ISSN 0161-5890 doi:10.1016/j.molimm.2005.10.016

PUBMED DOI

Novel Functions of the Neurodegenerative-Related Gene Tau in Cancer

Gargini R*, Segura-Collar B*, Sánchez-Gómez P. (* Co-1st author) (2019) Novel Functions of the Neurodegenerative-Related Gene Tau in Cancer. Front Aging Neurosci. 11:231. PMID: 31551755 doi: 10.3389/fnagi.2019.00231

DOI

Effects of chlorpyrifos on cell death and cellular phenotypic specification of human neural stem cells

Sandoval, L., Rosca, A., Oniga, A., Zambrano, A., Ramos, J.J., González, M.C., Liste, I., Motas, M. (2019). Effects of chlorpyrifos on cell death and cellular phenotypic specification of human neural stem cells. Sci Total Environ. 683, 445-454. doi: 10.1016/j.scitotenv.2019.05.270.

DOI

Unraveling autoimmune and neurodegenerative diseases by amperometric serological detection of antibodies against aquaporin-4

Arévalo B, Blázquez M, Serafín V, Montero-Calle A, Calero M, Valverde A, Barderas R, Campuzano S, Yáñez-Sedeño P, Pingarrón JM. Unraveling autoimmune and neurodegenerative diseases by amperometric serological detection of antibodies against aquaporin-4. Bioelectrochemistry. 2022 144:108041. doi: 10.1016/j.bioelechem.2021.108041.

DOI

Oligomeric and Fibrillar Species of Abeta42 Diversely Affect Human Neural Stem Cells

Bernabeu-Zornoza A, Coronel R, Palmer C, Lopez-Alonso V, Liste I. Oligomeric and Fibrillar Species of Abeta42 Diversely Affect Human Neural Stem Cells. Int J Mol Sci. 2021,22(17). Q1

The Molecular Misreading of APP and UBB Induces a Humoral Immune Response in Alzheimer’s Disease Patients with Diagnostic Ability

Montero-Calle, A., San Segundo-Acosta, P., Garranzo-Asensio, M., Rábana, A, Barderas, R. The Molecular Misreading of APP and UBB Induces a Humoral Immune Response in Alzheimer’s Disease Patients with Diagnostic Ability. Mol Neurobiol 57, 1009–1020 (2020)

DOI

The CSN3 subunit of the COP9 signalosome interacts with the HD region of Sos1 regulating stability of this GEF protein.

Zarich N, Anta B, Fernández-Medarde A, Ballester A, de Lucas MP, Cámara AB, Anta B, Oliva JL, Rojas-Cabañeros JM & Santos E. The CSN3 subunit of the COP9 signalosome interacts with the HD region of Sos1 regulating stability of this GEF protein. Oncogenesis. 2019; 8(1):2. doi:10.1038/s41389-018-0111-1

DOI

Induction of DNA double-strand breaks and cellular senescence by human respiratory syncytial virus

Induction of DNA double-strand breaks and cellular senescence by human respiratory syncytial virus. Martínez I, García-Carpizo V, Guijarro T, García-Gomez A, Navarro D, Aranda A, Zambrano A. Virulence. 2016 May 18;7(4):427-42. doi: 10.1080/21505594.2016.1144001. Epub 2016 Jan 25. PMID: 26809688; PMCID: PMC4871660.

PUBMED DOI

Role of Iodide Metabolism in physiology and cancer

De la Vieja A* and Santisteban P. Role of Iodide Metabolism in physiology and cancer. Endocrine-Related Cancer 2018 25(4):R225-R245. PMID: 29437784. doi: 10.1530/ERC-17-0515.

PUBMED DOI

Increased YKL-40 but Not C-Reactive Protein Levels in Patients with Alzheimer's Disease

Blanco-Palmero VA, Rubio-Fernández M, Antequera D, Villarejo-Galende A, Molina JA, Ferrer I, Bartolome F, Carro E. Increased YKL-40 but Not C-Reactive Protein Levels in Patients with Alzheimer's Disease. Biomedicines. 2021 Aug 27;9(9):1094. doi: 10.3390/biomedicines9091094.

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Grb2 is a negative modulator of the intrinsic Ras-GEF activity of hSos1

Zarich N, Oliva JL, Martínez N, Jorge R, Ballester A, Gutiérrez-Eisman S, García-Vargas S, Rojas JM. Grb2 is a negative modulator of the intrinsic Ras-GEF activity of hSos1. Molecular Biology of the Cell (2006) 17-8, pp.3591-3597.PMCID: PMC1525251 doi:10.1091/mbc.E05-12-1104

PUBMED DOI

Oncogenic dependence of glioma cells to Kish/TMEM167A regulation of vesicular trafficking

Portela M#, Segura B#, Argudo I, Sáiz A, Gargini R, Sánchez-Gómez P*, Casas-Tintó S*. (* Co-corresponding authors) (# Co-1st author) (2019) Oncogenic dependence of glioma cells to Kish/TMEM167A regulation of vesicular trafficking. GLIA 67(2):404-417. PMID: 30506943 doi: 10.1002/glia.23551

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Brain organoid as a model to study the role of mitochondria in neurodevelopmental disorders: Achievements and weaknesses

Coronel, R.; García-Moreno, E.; Siendones, E.; Barrero, M.J.; Martinez-Delgado, B.; Santos-Ocaña, C.; Liste, I.; Cascajo- Almenara, M.V. (2024). Brain organoid as a model to study the role of mitochondria in neurodevelopmental disorders: Achievements and weaknesses. Front Cell Neurosci. 18. doi: 10.3389/fncel.2024.1403734.

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Listado de personal

Información adicional

El objetivo principal de la Unidad de PROTEÓMICA FUNCIONAL consiste en la identificación de biomarcadores de las enfermedades crónicas más prevalentes utilizando herramientas proteómicas de última generación. Para ello utilizamos técnicas basadas en espectrometría de masas y microarrays de anticuerpos para identificar proteínas alteradas durante la formación y progresión de dichas enfermedades, así como microarrays de proteínas y fagos para analizar la respuesta humoral que tiene lugar en dichos pacientes e identificar autoanticuerpos como biomarcadores específicos de dichas enfermedades. Asimismo, buscamos desarrollar e implementar nuevos métodos que permitan el diagnóstico temprano de dichas patologías.  Nuestro foco de estudio es el cáncer de colon y enfermedades crónicas relacionadas negativamente. Una vez identificadas las moléculas alteradas buscamos entender mediante ensayos funcionales cómo dichas alteraciones afectan a nivel molecular durante la formación y progresión de dichas patologías con el fin de identificar nuevas dianas terapéuticas que permitan actuar contra ellas.  Las principales contribuciones científicas del Grupo de investigación están enmarcadas en el campo de la Proteómica, Cáncer e Inmunología, contribuyendo en los últimos años a la identificación de proteínas y autoanticuerpos específicos de cáncer colorrectal, y al desarrollo de inmunoensayos que permitan un diagnóstico temprano de la patología.


 

 

Noticias/Actualidad/divulgación
Se puede seguir la actualidad y noticias vinculadas a la Unidad de Proteómica Funcional en la cuenta de X

(Barderas' Lab (@ProteoFun) / X, antiguo Twitter)

 
Premios

Distintos miembros del grupo como investigadores predoctorales, postdoctorales o como IP o en colaboración con el grupo de Electroanalisis y Biosensores Electroquímicos liderado por la Dra. Susana Campuzano Ruiz de la Universidad Complutense de Madrid (@GEBE en X) han obtenido 20 premios a comunicaciones tipo póster o comunicaciones orales.
Entre ellos se quiere destacar:

  1. Premios tipo póster: Premios a la comunicación tipo póster de la EAACI 2015, de la Human Proteome Organization 2014, de la SEPROT 2019, 2022, entre otros.
  2. Entre los premios a comunicaciones orales destacar el Premio IMMUNOTEK a la mejor exposición oral de las jornadas de la Sociedad de Inmunología de la Comunidad de Madrid 2015 (Pablo San Segundo Acosta), Joint Congress de las Sociedades Española, Francesa y Portuguesa de Proteómica 2022 en Vilamoura (2022).
  3. “III Premio de Investigación en Medicina Personalizada de Precisión” de la Fundación Roche y la UCM en Febrero de 2022. Rodrigo Barderas, Susana Campuzano y José Manuel Pingarrón.

Patentes

  • Nuevo método para el diagnósitco de glaucoma o cataratas en un sujeto.

Autores: Ana Montero Calle, Raquel Rejas González, Ana Guzmán Aránguez, Alejandro Valverde, Susana Campuzano y Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P202430051. Fecha de recepción: 22 enero 2024.  

  • Método de Diagnóstico/Pronóstico del cáncer colorrectal basado en la detección en suero de anticuerpos frente a autoantígenos tumorales. 

Autores: Ingrid Babel, José Ignacio Casal Álvarez, Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P201030708. Fecha: 13 de mayo de 2010.

Licenciada a Protein Alternatives, S.L. 

  • Método de obtención de datos útiles para el diagnóstico o el pronóstico del cáncer colorrectal. 

Autores: Ingrid Babel, José Ignacio Casal Álvarez, Rodrigo Barderas.

Número de solicitud: P200930203. Fecha: 29 de mayo de 2009.

Licenciada a Protein Alternatives, S.L. 

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